ムワッヒド朝によるユダヤ教とキリスト教徒への迫害・虐殺を避けるためイスラームに偽装改宗するが、それでも危険と判断しアルメリア地方へ移住。ここも程なくムワッヒド朝軍の侵攻に晒され、モロッコのフェズに移住した。放浪の旅の中での見聞は、モーシェの視野の成長に大きく寄与した[6]。モーシェは旅の合間にユダヤ暦を扱った論文を書き上げ、『ミシュナー註解』の編集に取り掛かった[6]。

フェズ居住中、モーシェは隠れユダヤ教徒（棄教を強制されて表面上は改宗したように見せかけたユダヤ教徒）を攻撃する匿名の書簡に反論する文書をしたためた。これが公刊された最初の論文となった[17]。フェズでモーシェたちは強制的に改宗させられる危機に直面するが[18][19]、一家は信仰の放棄と殉教のどちらも選択せず、1165年4月にパレスチナ行きの船に乗って出立した[14]。翌5月にアッコンに到着、パレスチナでは十字軍に護衛されながらユダヤ教の聖地を訪問した。

1166年にカイロ南部のフスタート（旧カイロ）に移住するが、同年に父ヨセフを亡くす[14]。ここでイスラーム教徒の友人の助けを借りてイスラーム法廷で、本来ならば非常に難しいイスラームへの改宗の無効化を勝ち取る。父の死後にラビ職に就くが、モーシェは報酬を受け取ろうとはしなかった[20]。そのため、弟のダビデが遺産を元手に宝石商を始め、モーシェの代わりに一家を支えた[21]。ヨセフの没後は宝石商を営む弟ダビデが生計を支えていたが、ダビデが海難事故で亡くなると一家は困窮し、モーシェは医業によって家計を支えることを決意する[14]。移住後、現地のユダヤ教徒社会の指導者として活躍し[10]、職務には無給で従事した[14]。ユダヤ人社会で起きた法的問題に当を得た回答をし、相談者たちはモーシェを称賛した[22]。しかし、健康を害して床に臥せることが多くなり、しばしばカライ派と対立した[18]。フスタート移住後、バビロニア派とパレスチナ派に分かれた、異なる宗教儀礼を行う現地のユダヤ人の統合を試みた[23]。

移住後にかねてから編集していた『ミシュナー註解』を完成させ、1168年に発表した。1173年、モーシェはエジプトを支配するアイユーブ朝の君主サラーフッディーン（サラディン）の妃に仕えていた女性と結婚する[24]。

モーシェはアイユーブ朝のカーディー・アル＝ファーディルと親交を結び、1185年[25]（あるいは1187年ごろ[26]）に宮廷医に指名される。