主人公ゲンキ一行。ワルモンからは「ムー様に逆らう愚か者」、デュラハンからは「勇者諸君」と呼ばれている。
佐倉ゲンキ
声 - 横山智佐本作の主人公。その名前の通り、自己紹介の際に「元気印のゲンキ」と称するほどの元気いっぱいの熱血少年で、『モンスターファーム』の大ファンである小学生。第1期では10歳、第2期では11歳。寒いのと塩辛とニンジンが苦手。モンスターファームのゲーム大会「モンスター甲子園」で優勝したことによって先行的に手に入れた『モンスターファーム200X』を起動させたことによってファームの世界に引き込まれてしまう。スリルのあること（冒険に憧れていた）が好きで、現実世界に物足りなさを常に感じていた。モノリスから「ガッツの源」といわれる。モンスターを心から愛しており、モンスターを戦いの道具として利用しようとするムーに怒りと悔しさを覚え、ヒノトリを探すことを決意する（アランともそのことで衝突したことがある）。ファームの世界に来てからは身体能力が飛躍的に上昇している模様[注 1]で、人間の子供ながら常人離れした身のこなしで戦闘にも参加し、大抵は足にいつも履いているローラースケートのローラーを使って相手を蹴り飛ばして攻撃する。前述のように熱血過ぎる性格の為に他者と意見を衝突させたり、猪突猛進な面がある事からよく怪我をすることが多い。しかしどんな時でも諦めない不屈の精神を持ち、他者を自然と引っ張っていく。その真っ直ぐな瞳はハヤブサなどに「いい目」と度々評される。現実世界での知識や常識を、モンスター世界でも上手く有効活用するようにしている隠れた才能もある。最終決戦ではムーとヒノトリが消滅の余波に飛ばされる形で現実世界へと戻る。なお、現実ではゲンキがファームの世界に飛ばされてから3時間ほどしか経っていなかった。『伝説への道』ではファームの世界での冒険は心の中にしまい、日常へと戻っていたが、やはり現実にどこか物足りなさを感じていた。1年後、だれもいない駄菓子屋にあるゲーム機を起動させたことで再びファームの世界に赴き、邪悪な魂が封印されている黒い円盤石を守るために、ホリィ達と旅をする。同時にレジェンド杯で優勝してウィナーズプレートにはめ込まれているガイア石を求めて、数々の大会にモッチーと共に参加する。そのため、本人が戦う機会は若干減り、ブリーダーとしてモッチー達に指示を出す機会が増えた。ゲーム大会優勝経験者という自負から理詰めの作戦を立てて戦おうとしたことがあるが、結局は失敗に終わり、再会したアランの助言から自分の役割はガッツを与える事と自覚し、以降はそういったことをしなくなった。エピローグではファームの世界を行き来できるようになり、世界の再興に貢献している場面が描かれている。
ホリィ
声 - 國府田マリ子本作ではガイア族の末裔といわれる少女として登場する。ゲンキより年上でアニメ登場時は14歳。第1期中盤で誕生日を迎えて15歳になった。故郷の町をワルモン四天王のナーガによって滅ぼされたことから、ムー打倒のためスエゾーと共に旅を始める。ムーに対抗できる唯一のモンスターであるヒノトリを感知できるガイア石を持ち、それに祈るとヒノトリがいる方角を知ることができる。このガイア石の力を使えるのはホリィが住んでいた故郷の住人でもごく一部の人物（ホリィとホリィの父親・長老など）だけである。仲間内ではまとめ役であり、旅の目的の中心人物である。理性的で心優しい性格だが、番組初期はややきつい一面や、鍋とフライパンで武装してワルモン達に果敢に立ち向かうような姿も見られた。ムーの正体が闇に囚われた父親であることを後に知り、深く苦悩する。また、そのムーの持つ宝刀を手に入れ、以降護身用の武器として携帯するようになった。活発なゲンキと違って戦う力はあまりないが、エンドブリンガーとの戦いでは、ゲンキ達が1度倒された中、単身で戦っている。バジャールとの戦いでは、ホリィとモッチー以外は全てバジャールが持つ壺の中に閉じ込められるという絶望的な状況で、町の遺した仕掛け（大量の爆弾）を活用して打ち勝った。『伝説への道』ではモッチーの円盤石を見つけ復活させ、共に旅を続ける。その旅の途中で邪悪な魂が封印されている黒い円盤石を発見し、ワルモンから円盤石を守り、ガイアを取り戻して父親を復活させることを目指すようになる。漫画版では、アニメより若干内向的で極度の音痴という設定になっている（漫画版第6話「モッチーは役立たず?」参照）。また、アニメ版では基本的にゲンキのことを「ゲンキ」と呼ぶが、漫画版では「ゲンキくん」と呼ぶ。
モッチー
声 - 白鳥由里ゲンキが持ってきた「モンスターファーム200X」から生まれてきたモンスター。語尾に「チー」がつく。生まれたばかりなため赤ん坊のように何も知らず、そのため最初は幸せに暮らさせるため老夫婦の所に置いて行かれようとしていた。事実上生みの親となったゲンキのパートナー的な存在となる。甘えん坊で、よくゲンキやホリィに甘える。しかし闘うときは勇気と力を振り絞って闘う。話が進むにつれて徐々に成長を果たし、新技を次々と習得していくなど頼もしい存在となっていく。ワルモン四天王ピクシーの部下であるマグマグミとの戦闘で「さくら吹雪」を習得。その後新たな必殺技を覚えていないとスエゾーに言われて落ち込んだこともあったが、ワルモン四天王のガリとの戦いで「モッチ砲」を習得した。実は5つに分離したヒノトリの魂を持つモンスターの1人であり、最終決戦ではヒノトリの肉体と融合してムーと戦った。最後は再び5つの魂に分離し、光となってどこかへと飛んで行ったが、円盤石に戻っていた事が後に明らかになる。『伝説への道』ではホリィによって円盤石から復活した後、黒い円盤石をワルモン一派から守るため戦ったが、円盤石に戻ったことで技はすべてリセットされていたために勝負にならなかったが、必死で円盤石を守るという強い思いによってゲンキと再会。邪悪な魂を復活させようと企むワルモン達を追っ払った。レジェンド杯ではモストとの死闘の末に敗れているが、モストとは深い絆で結ばれており、レジェンド杯で戦う前にモストと出会い、モストの最強技である「もっさま」を学んだ。モストはレジェンド杯が終わり、モッチーと別れた後に心の中で再会と再戦を望んでいた。エピローグではゲンキを迎えに行く為、現実世界へとやって来ている（なお、現実世界に来ている場合はゲンキ以外の人間には見えていないが、ゲンキのような純粋な心を持つ子供には見えている）。「音痴」である。「モッチー」という名前をつけたのはゲンキ。アニメ第1話でモッチーの名前をホリィ達と考えていた。「ボヨヨン丸」「桃色モモちゃん」「おたま」などの候補が上がっていたがモッチーは嫌がった。困っていたゲンキが「桜餅」を思い浮かべたことがきっかけ。漫画版では、再生当初は「チー」しかしゃべれす、何時まで経っても人語を喋れず、技も覚えない事に対してスエゾーに「出来そこない」と呼ばれる。その後モッチーは、何か役に立とうとして食べれそうな実を持ってくるも毒を持つ実だった。知らなかったとは言え、毒を持つ実をゲンキ達に誤って食べさせてしまったことに責任を感じ、一度はメンバーから離れる。しかし、ワルモンに襲われたゲンキを「さくら吹雪」で救出、同時にしゃべれるようになるという立派な成長を遂げ「役立たず」の汚名を返上し、再び一行のもとへ戻った（第6話「モッチーは役立たず?」より）。
スエゾー
声 - 高木渉ホリィのパートナーで、ホリィが初めて発見し、誕生させた円盤石に眠っていたモンスター。