2010年8月現在、全世界で約2万8500箇所の礼拝施設を構え、日本国内には約340箇所ある。また、神の儀式を執行するとされる神殿は世界に177（2023年10月現在）あり、日本には東京と福岡と札幌と沖縄にある。合衆国の宗派としては4位の規模としているが、2001年のニューヨーク市立大学の調査では、10位に留まると推定している。

教会の本部はアメリカ合衆国のユタ州ソルトレイクシティにある。ジョセフ・スミス・ジュニアから続く歴代16代目の教会の最高指導者はトーマス・スペンサー・モンソンであったが、彼は2018年1月2日に死去した。
歴史と沿革2代目の大管長であるブリガム・ヤング

設立当初は、その教義の大胆さや政治的思惑により、武力による衝突があった。当時は、社会的に受容しがたい共同体生活と一夫多妻制などの許容に代表されるプロテスタント思想に逆行する教義と習慣に基づいた行動、集団による政治的脅威および、教会による実業活動の破綻に起因した投資家の大損害などが地元住民の反感を招いた。ミズーリ州ではモルモン戦争が勃発した。

ジョセフ・スミス・ジュニアは、あくまで「イエス・キリストの純粋な教え」という主張を繰り返したが、なんらかの損害を被った地元住民らには受容されがたく、暴動罪の容疑で収監されていたイリノイ州カーセージの牢獄にてジョセフ・スミス・ジュニアと兄のハイラム・スミスは共に住民による襲撃によって殺害された。

後を継いだブリガム・ヤングはアメリカ合衆国連邦政府と対立（ユタ戦争など）と譲歩を繰り返しながら、教会の一団を1846年よりイリノイ州より西部に移動させた。1847年に彼らが到達した地域は、1850年にユタ準州として承認された。

ブリガム・ヤングの後を引き継いだ指導者は、連邦政府や他の教派との融和傾向を強めていった。その後、クリーブランド政権（民主党）下の1896年にユタ州はアメリカ合衆国45番目の州として承認された。現在、ユタ州は共和党支持層の安定地盤とされている。

かつて存在していた明白な対立は現代ではあまり見られない。しかし今なお、末日聖徒イエス・キリスト教会を脱会した人々の中には、精神的被害を訴えたり、批判活動を展開する人は存在しており、特に批判活動をしている運動家は「反モルモン」と呼ばれる（「末日聖徒イエス・キリスト教会への批判（英語版）」参照）。

末日聖徒の歴史は大きく次の時期に分けることができる。
教会設立以前

1820年早春より、ジョセフ・スミス・ジュニアが『新約聖書』の「ヤコブの手紙」1章5節より啓発を受け、森に入って祈ったところ、父なる神とイエス・キリストの両者が現れて、教会を設立するよう伝えられたという。末日聖徒イエス・キリスト教会ではこの出来事を最初の示現と呼んでいる。1830年3月26日、『モルモン書』がニューヨーク州パルマイラで発行された。
教会設立早期

1830年4月6日、ニューヨーク州フェイエットタウンシップにてジョセフ・スミスを中心とする6人を代表として当該教会が創設された。1831年、教会の本部をオハイオ州カートランドに移した。1838年に現在の当該教会の名称となった。ジョセフ・スミスの護身用拳銃 ペッパーボックス襲撃され燃える神殿
対立の時代

急速な教会の発展に伴って武力衝突が本格化し、創始者ジョセフ・スミスが殺害される。

1839年、教会の本部をイリノイ州ノーヴーに移した。ノーヴーは旧約聖書の言語ヘブライ語で「美しい所」の意とされる[20]。1840年代初頭、当初彼らを好意的に見ていた近隣住民は、モルモン教会の排他性や結束の強さに脅威を感じ、危機感を持ち、うらみを抱くようになった[20]。

モルモン教会を脱会した人物がジョセフ・スミスに対抗するため新聞を創刊し、モルモン教会のさまざまな汚点を追及すると、スミスはモルモン教支配下の警官を動員し、武力を持って新聞発行を阻止するために印刷機を破壊した。この破壊行為によってスミスは反逆罪の容疑で逮捕・収監された[20]。この時に暴徒2名が死亡し、1名が負傷した[20]。ウィリアム・ウッドによれば、スミスらはその信仰が問題にされたのではなく、その犯罪行為によって逮捕されたという[20]。1844年6月27日、武装し、暴徒と化した住民が監獄を襲撃した。末日聖徒イエス・キリスト教会の記録（教義と聖約135章）[LDS 4]によれば、ジョセフ・スミスは彼の兄ハイラム・スミスおよび後の末日聖徒イエス・キリスト教会の第3代大管長ジョン・テーラー並びにウィラード・リチャーズと共にイリノイ州カーセージの監獄に収監中、150人ないし200人とされる武装した市民の襲撃を受けた[LDS 4]。この襲撃で教会の創始者ジョセフ・スミスとその兄ハイラム・スミスは銃撃によって殺害された[LDS 4]。
開拓者時代とユタ戦争

迫害を逃れて米国西部へ移住し教勢が拡大する。

1846年、末日聖徒の一団はイリノイ州よりアメリカ西部への移動を始めた。残留者グループは1860年に別教団を創設した。