ジェームズ・エドワーズ→J（英語版）
演 - ウィル・スミス破天荒かつ血気盛んで軽い性格のお調子者だが正義感は非常に強く、かつてはニューヨーク市警察では凄腕の敏腕刑事だった（しかしあまりにも周りとの能力の差が大きく、同僚からは煙たがられていた）。捜査中に偶然エイリアンを追い詰め、その能力を見込まれてKからスカウトされ、選考の結果、MIBのエージェントとなる。口が達者で、相手に有無を言わさずに喋り続けるのが得意技。Kとの張り込みの最中にも、寡黙なKの横で延々と喋り続けている。加入当初は地球の水準をはるかに超えるMIBの科学技術や、見たことのない異星の生物の存在に戸惑いつつ、トレーニングを真面目に受けないなど不真面目な態度をとっていたが次第に頭角を現す。美人とハイテク機器に弱い。幼少時代にもKと会っていたことが3作目で明かされた。

ローレル・ウィーバー→L
演 - リンダ・フィオレンティーノ病院で死体解剖を専門する検死官。奇妙な縁でMIBと関わる。解剖した死体がエイリアンであることを即座に見抜き、エドワーズの話を信じるが、機密保持のためにKに記憶を消された。その後、ローゼンバーグの秘密解明にも尽力したが、またも記憶を消された。病院にKとJがバグを追って乗り込んだ際、バグに人質にされ、機内食として拘束されたが、機転を利かせて脱出し、最後はバグにとどめを刺した。命の借りがあるKとJは彼女の記憶を消せず、MIBにスカウトしてJの新たなパートナーとなった。その後、4年以上Jとコンビを組んで活躍したが、検死官に戻りたがったためにJが記憶を消し、元の生活に戻った[注釈 1]。とてもスタイルがよく、顔立ちの整った美人で、Jは一目惚れした。バグに脅されてもひるまず立ち向かえる勇気と行動力を持つ。

エドガー/バグ
演 - ヴィンセント・ドノフリオ亭主関白な農夫で妻に何かと暴言を吐いていた。ある日、自分の敷地内に侵入したエイリアンのバグによって、生きたまま皮膚の内側の肉体すべてを食われる。バグはゴキブリに似たエイリアンで、人間をとことん毛嫌いしており、同族が殺されると激怒する。たっぷり入った砂糖水が大好物。人間に化けるためエドガーの皮膚をかぶって行動するが、人間社会の常識が理解できておらず、奇天烈な行動をしたことで妻に正体を悟られた。終盤でエドガーの皮膚を剥ぎ取って見せた本体は頭部から尻尾まで含めて、エドガーの2、3倍の大きさだった。その後はKとJの二人と対決する。Kを飲み込みJを圧倒したが、最期はKがスペースガンで体内から破壊され、残った上半身もウィーバー（後のL）によって始末された。尚終盤までエドガーに擬態していたものの、被っている皮自体はあくまで死体の表皮に過ぎないため、時間の経過とともに腐敗が進行し、外見が劣化していた。

Z
演 - リップ・トーンMIB創設メンバーの一人で、ニューヨーク本部のトップ。Kの才能を見込んでスカウトした他、MIBの創設の数々に関わった長い付き合い。様々な逸話があるが、MIBが黒のスーツ着用なのは、彼が太めの体型を少しでもカバーしようとしたためらしい。

D
演 - リチャード・ハミルトンKの前の相棒。かなりの高齢のため、動きに機敏さが無くなって足を引っ張ってしまい、引退を決意。直後にKから記憶をニューラライズされる。
ジーブス
演 - トニー・シャルーブダウンタウンにある「ユニバーサル質店」の主人で、JがMIBに加わる以前からの知り合い。正体はエイリアンで、頭が吹き飛ばされてもすぐに生えてくる。主に時計などの盗品からスペースガンまでの闇売買に手を染めている[注釈 2]。片目の黒目がズレている。
ベアトリス
演 - シオバン・ファロンエドガーの妻。性格が悪いわけではないがエドガーの件で警察に信用してもらえず、馬鹿にされたことから性格が冷めてしまった。エドガーからは酷い扱いを受けていたものの、彼が宇宙人に殺されたと周りに必死で訴えるなど、どこか彼に対しては悲しげな様子だった。最後は話を聞いたKたちに記憶を改竄させられる形で今回の件を忘れた。
ローゼンバーグ
演 - マイク・ナスバウム貴金属店の店主。正体はエイリアンで、人間型ロボットの顔の中に本体の小さな体が入っていた。アルキリアン星の王族であり、「銀河」の守護を任務としている。他のアルキリア星人と落ち合ったレストランに先回りしていたバグに襲われ、死体置き場で「戦争を阻止しろ。銀河系の場所はオリオンのベルト」と、Jとローレルに言い残し、息絶える。
アルキリア星人
演 - カレル・ストルイケンローゼンバーグと会うために地球を訪れたエイリアン。MIB本部での入境審査では外交官であると答えている。ローゼンバーグと面会したレストランで、共にバグに襲われて死亡。
オリオン
ローゼンバーグが飼っているネコ。首輪の宝石には銀河系の一つがある。エドガー（バグ）にも勇敢に立ち向かった他、ローゼンバーグの正体であるエイリアンが生き絶えた際にも悲しそうな様子を浮かべるなど、エイリアンに対する耐性はある模様。死体置き場を訪れたバグに銀河を奪われ、その後の動向は不明。
フランク・ザ・パグ（英語版）
声 -　ティム・ブラニーマンハッタンの小さな鍵屋で飼われているパグだが、実はエイリアン。Jは最初、陰気な顔つきの鍵屋の方をエイリアンと思っていた。宇宙外交に詳しく、バグと「銀河」に関する情報を伝えた。2作目では成り行きでJの相棒となり、映画のポスターにはJやKと共に黒ジャケット姿で写っている。
ジェンセン
演 - ケント・フォールコンJ（エドワーズ）の他にMIBのエージェント採用試験を受けた候補生の一人。本人曰く陸軍士官学校を首席で卒業し、階級は少尉。自分達がここへ集められた理由を説明して欲しいとエドワーズが質問した際「エリート中のエリートであるから」とZに対し真っ先に応える。しかし、エドワーズからは説明になっていないと笑われる。最終的にはKがエドワーズを推したために、他の候補生と共にZから記憶をニューラライズされ、不合格扱いとなった。
レジック
演 - パトリック・ブリンマンハッタンに住む、人間に化けたエイリアン。同じくエイリアンで妊婦でもある妻がおり、K達が彼らの無断移動を調べに来た際に、Jの手助けで妻が無事出産する。指定居住区域であるマンハッタンを無断で離れた上、予定にはない臨時の宇宙船で地球を離れようとしており、Kは妊娠中の妻を連れてまで逃げようとしていた様子から地球に危機が迫っている事を悟り、バグの密入国船に関して調べるきっかけとなった。
ニュートン
演 - デヴィッド・クロスローレルがいる病院で通用口の受付を担当している男。エドガー（バグ）が「銀河」を持っているオリオン目当てに訪れた際、受付を担当したニュートンが彼の目の前で虫を潰し、殺虫剤まで取り出した為に怒りを買い、殺されたかと思われたが、2作目で生存していたことがわかった。
アイテム
宇宙ガン（スペースガン）
MIBが開発した対宇宙人用戦闘銃。大きさは掌サイズの小型から拳銃サイズやバズーカのような大型まで様々である。Jは初心者ということで、掌サイズの小さな銃を渡されたが、実はその小さな銃はバズーカ並みという凄まじい威力がある。さらに1発の反動もとてつもなく、Jは知らずに扱った為に3回吹き飛ばされている。
エレクトロバイオメカニカルニュートラルトランスミッティングゼロシナプスレポジショナー（ニューラライザー）
宇宙人を目撃した一般市民の記憶を消去する装置で、小さな棒型の形状。通称「ピカッ」「記憶でっち上げ装置」。扱う場合はMIB専用のサングラスを装着することで記憶消去を防ぎ、ピカッと光った後にニセの記憶を説明して新しい記憶を刷り込む。原理は「ターゲットあるいは目撃者の脳内の電気信号（インパルス）を絶縁させて記憶を消去し、催眠状態にすることで偽の記憶を植え付ける」といったもの。MIBのエージェントが引退する際にも使用して記憶を操作する。続編の『MIB3』における主要舞台の1969年においては、当時のモデルであるニューラライザーが登場するが、こちらは棒状の本体と腰に装着したバッテリーとがケーブルで繋がっている仕様。また、同作中にはより複雑な記憶操作を可能とする大型のニューラライザーも登場するが、こちらは記憶操作を行う相手を中に入れてから実行するシステムとなっているものの、特殊な事情により記憶操作は実施されずに終わった。なお、ニューラライザーで実行可能なのは宇宙人を目撃した一般市民の記憶を消すのみであって何かしらの「物的証拠」はどうにもならないため、冒頭でKが射殺した宇宙人犯罪者のマイキーについては証拠隠滅班を呼んだ上で、マイキーの血が付着したサボテンは全て火炎放射器で焼却処分し、同じく血を浴びた国境警備隊の隊員については同僚共々ニューラライザーで記憶を操作した上で、隊員のみ「君は地下のガス管が爆発して、壊れた下水管から飛び散った下水を浴びた。向こうで検査と消毒を受けるように」とKから指示を受けた。
LTD Crown Victoria
全MIBに支給される公用車。シフトレバーに赤いボタンが付いている。普段は1987年型の旧型車で、それを目にしたJは「ハイテク満載の組織なのに、車はオヤジ趣味かよ」とバカにしたが、赤いボタンを押すとジェットエンジンが現れ、重力変換を起こす。トンネル通過時には赤いボタンの機能で天井を走行し、渋滞を回避した。
ロケーション

メトロポリタン・トランスポーテーション・オーソリティ (MTA)

ソロモン・R・グッゲンハイム美術館

バッテリー・パーク

マクドゥーガル・ストリート

クイーンズ＝ミッドタウン・トンネル

パーク・アヴェニュー

フラッシング・メドウズ・コロナ・パーク(New York State Pavilion)

リンカーン・センター(Lincoln Center for the Performing Arts)

日本語吹替

役名俳優日本語吹替
ソフト版日本テレビ版[3]
Kトミー・リー・ジョーンズ坂口芳貞菅生隆之
エドワーズ→Jウィル・スミス江原正士東地宏樹
ローレルリンダ・フィオレンティーノ日野由利加唐沢潤
エドガー/バグヴィンセント・ドノフリオ大友龍三郎玄田哲章