解体した2つのリーグにいたチームは1892年にナショナルリーグに統合されたが、12球団あったナショナルリーグは1900年から8球団へ統合・削減し、ボルチモア、クリーブランド、ルイビル、ワシントンD.C.から球団がなくなる。一方でウエスタンリーグというマイナーリーグが1900年にアメリカンリーグ (AL) へと改称し、ルイビルを除くナショナルリーグの球団削減でメジャー球団がなくなった都市へ進出。翌1901年にアメリカンリーグは自らを「メジャーリーグ」と宣言したが、ナショナルリーグがそれに反発、シカゴのレランドホテルで他のマイナーリーグも交えた会議が行われた。この会議でアメリカンリーグはメジャーリーグとして容認され、数多く存在するマイナーリーグを総括する新しいナショナル・アソシエーションが設立された。ナショナル・アソシエーションはマイナーリーグベースボール (MiLB) として今日まで続いている[9]。1902年、ナショナルリーグ、アメリカンリーグ、ナショナル・アソシエーションはそれぞれの独立経営と、共同経営を併せ持つ新しい協定に調印した。この合意は、のちにブランチ・リッキーにより洗練され、整備されていった今日のマイナーリーグの基礎となる分類システムも確立した。この翌年から両リーグ勝者によるワールドシリーズが行われることになる[10][11]。

後に短命となったマイナーリーグのいくつかは正式にメジャーリーグとみなされ、その統計と記録は現在の2つのメジャーリーグのものに含まれている。1969年に、アメリカプロ野球100周年を機にMLB機構の指定により『野球記録特別委員会』が設置され、そこで過去消滅したリーグを含め以下の6つのリーグを「メジャーリーグ」として認める、という決定がなされた。

ナショナルリーグ（1876年 - 現在）

アメリカンリーグ（1901年 - 現在）

アメリカン・アソシエーション（1882年 - 1891年）[12]

ユニオン・アソシエーション（1884年）[13]

プレイヤーズ・リーグ（1890年）[14]

フェデラル・リーグ（1913年から3年のうち運営基盤が確立していた1914年・1915年の2年間）[15][16]

それ以外の野球リーグでプロとして活動した経歴を持つ選手の記録については、現在この裁定に基づき、どこからどこまでをメジャーリーグ記録とするかといった分類が行われている。ただしこの裁定には一部研究者が異論を唱えており、ナショナル・アソシエーション（1871年 - 1875年）[注 2]、アフリカ系アメリカ人（黒人）中心に運営された「ニグロリーグ」のうち、特に運営基盤が確立されていた1920年 - 1948年の期間[注 3]、現在のアメリカンリーグの前身でマイナーリーグであった「ウェスタンリーグ」がアメリカンリーグと改称しナショナル・リーグの傘下であった1900年のアメリカンリーグなどもメジャーリーグとして扱うべきなどの意見がある。