地区制度導入以前は1位に2球団が並んだ場合、アメリカンリーグは1試合制、ナショナルリーグは3試合制のプレーオフを実施していた。
ワールドシリーズ

ワールドシリーズはアメリカンリーグ、ナショナルリーグの優勝チームが対戦する。7戦4勝制で行われ、4勝したチームがワールドシリーズチャンピオンとなる。例外として、1903年と1919年から1921年の4回は9戦5勝制で行われた。

現在、ワールドシリーズチャンピオンになった経験があるチームは30チーム中25チームで、残りの5チームは一度もワールドシリーズチャンピオンの栄冠を獲得していない。なかでもシアトル・マリナーズはリーグ優勝もかなっていない[83]。これまでの最多出場チームはニューヨーク・ヤンキースの40回でありヤンキースは1960年以前から存在するナショナルリーグの8球団を全部ワールドシリーズで倒している。ヤンキースの優勝回数27回も30チーム中で最多である。
ドラフトとマイナーリーグ

ドラフトは、戦力の均衡を目的に1965年から導入された[84]。毎年6月または7月に開催され、学生および独立リーグの選手を対象に、ウェーバー方式で1チームあたり数十名の新人選手が指名される。指名選手とはマイナー契約（40人ロースター外での契約）しか締結できないため、ほぼ全ての選手はマイナーリーグで数年間の育成を経たのち、有望選手がMLB昇格を果たしていく。

またシーズンオフの12月（ウィンターミーティング最終日）には、40人ロースター外で且つMLB傘下に一定年数以上在籍している他チームの現役選手を指名し獲得できるルール・ファイブ・ドラフト（ルール 5 ドラフト）が開催される。この制度は選手の飼い殺しを防ぐ目的で行われる。詳細は「ドラフト会議 (MLB)」を参照

マイナーリーグベースボール（Minor League Baseball, MiLB）は、独立採算制で運営されている北アメリカのプロ野球リーグのうち、MLBの傘下に入る協定を結んでいるリーグを指す[85]。MiLB所属チームは、最上位のAAA級を筆頭に5階級のクラスに分かれ、各クラス内でリーグを組み、公式戦を実施している。MLB所属チームは、各クラスのMiLB所属チームを直営するか、または各地域の既存の独立資本チームと選手育成契約 (PDL) を結んで選手およびコーチを派遣することで、自らの下部組織としている。

MiLBは、各フランチャイズでの野球振興のほか、MLBチームがドラフト・インターナショナルFA・FAで獲得した選手、故障したMLB所属選手、MiLBチームが独自に獲得した選手たちの育成・調整目的の場となり、これらの選手をMLBに供給する役割も担っている。詳細は「マイナーリーグベースボール」を参照
コミッショナー制度

歴代コミッショナー代コミッショナー在任期間
1ケネソー・M・ランディス1920年 - 1944年
2ハッピー・チャンドラー1945年 - 1951年
3フォード・フリック1951年 - 1965年
4ウィリアム・エッカート1965年 - 1968年
5ボウイ・キューン1969年 - 1984年
6ピーター・ユベロス1984年 - 1989年
7バート・ジアマッティ1989年
8フェイ・ヴィンセント1989年 - 1992年
9バド・セリグ(1992年 - 1998年)[注 11]
1998年 - 2015年
10ロブ・マンフレッド2015年 - 現在
詳細は「MLBコミッショナー」を参照

1920年にブラックソックス事件が発覚し、野球人気が低迷した。人気を回復するため中長期的な展望、戦略、迅速な意思決定をする必要に迫られた各オーナーたちが話し合い、中立的な意思決定機関として1920年にコミッショナー制度が導入された。そして、連邦地裁判事だったケネソー・マウンテン・ランディスが初代コミッショナーに就任。制度導入以後はしばらくコミッショナーと両リーグ会長の三頭体制をとっていたが、1999年を最後に両リーグ会長職は廃止されている。
経営

スポーツチームの資産価値トップ50（2022年）[86]順位リーグチーム数
1NFL30
2NBA7
3MLB5
4プレミアリーグ4
5ラ・リーガ2
6ブンデスリーガ1
リーグ・アン1

MLBは経営においてはカルテルであり、これについてはアメリカの法令において特別な例外規定により独占禁止法の適用を免れている。このためチームの総数の制限、収益の組織的分配、本来なら個人の自由な経済活動を制限するドラフト制度などを合法的に行える。特にドラフト制度と収益の分配は各チームの実力を均一化させ試合内容を充実することで、観客動員数およびテレビの視聴率を上げている。一方で日本のプロ野球は経営自体はたいてい赤字でチームのオーナー企業の宣伝が経済活動の基盤である。このため強いチーム（のオーナー企業）がわざわざ弱いチーム（のオーナー企業）に便宜を図って実力の均衡を図ることにメリットが存在しない。野球チームの経営はオーナー企業の広報活動の二次的なものに過ぎないからである。MLBでのそれぞれのチームはたいてい独立組織で黒字であり、逆に複数の企業がそのチームの威光の宣伝効果を求めてスポンサーになるという構造になっている。またMLBのチーム数は大都市のステータスとしてプロ野球チームの招致を希望するアメリカの都市の数より少なめに設置されている。これによりアメリカのプロ野球チームはさまざまな経済的優遇措置を招致都市から引き出すことができる。そのもっとも重要なものは、チームが使用するスタジアムを地元の自治体の予算で建設し無料で使用できることで、これだけで毎年で数百万ドル（数億円）にあたる補助金となっている。日本のプロ野球チームが二軍を維持するのがやっとなのに、アメリカのプロ野球チームが五軍まで維持できるのは経営そのものにこのような構造的違いがあるからである。

MLBの2006年の観客動員数は前年比1.5%増の7,604万3,902人と3年連続で増加し過去最高を記録している。30チーム中24チームが200万人を超え、8チームが300万人を超えており、年々入場券の平均価格が上がっているにも拘らず観客動員数は増加傾向である。現在までの年間観客動員数最多チームはニューヨーク・ヤンキースで420万518人、最少チームはフロリダ・マーリンズで116万5,120人、全チームの平均は253万4797人となっている。また、2006年のマイナーリーグベースボールの観客動員数は4,171万357人で、MLBと合わせた観客動員数は1億1,775万4,259人となっている。入場券の売り上げだけで巨額なものとなっており、放送権収入、商標権収入、スポンサー収入、グッズ収入なども含めたMLB全体の総収入は1995年に約13億8,499万ドル、1996年に約17億7,517万ドル、1999年に約27億8,687万ドル、2005年に約47億3,300万ドルなどと年々増加し、2006年には約52億ドル（約6,130億円）に達した。これは、NFLの約60億ドルに次ぐ額となっている。

その後も放映権の高騰などMLBの総収入は増加を続け、2014年には90億ドル、2018年には103億ドルを記録するなど増加の一途をたどっている。

また、チームの資産価値も年々上昇しており、アメリカの経済誌フォーブスが2014年4月に発表したMLB各チームの平均資産価値は8億1,000万ドルとなっている。1位はニューヨーク・ヤンキースの25億ドルであり、2014年8月時点ではNFLのダラス・カウボーイズとニューイングランド・ペイトリオッツに次いでアメリカのプロスポーツチームとして3番目の規模である。MLB30位（最下位）のタンパベイ・デビルレイズは4億8500万ドルの価値と算定されている。また、2014年の統計ではMLBの30チーム中19チームが黒字である。赤字のチームにヤンキースやドジャースもあるが、後述の課徴金制度のためヤンキースなどの収入の多いチームは多額の課徴金を支払っており、これが赤字の原因の一つとなっている。さらに、各チームの収入にヤンキースはYESネットワークによる収入、カブスはWGNによる収入が含まれていないなど実際には各チームの収入はもっと多いとされている。また、チームの収益が選手年俸の伸びより速く増加しているため、全体の営業利益は2004年の1億3,200万ドルから2005年には3億6,000万ドルにまで増加している。選手の平均年俸も年々増加し、2001年に初めて200万ドルを超え、2006年の平均年俸は269万9,292ドルとなっている。また、2008年の全30チームの年俸合計額は28億7,935万7,538ドルで過去最高を更新している[87][88]。