翌1876年、現在まで続くナショナルリーグ (NL) が発足。このリーグが最初のメジャーリーグとされる。1876年4月22日フィラデルフィアにあるジェファーソン・ストリート・グラウンズで最初の試合が行われた。ナショナルリーグは所属選手の契約を強制し高額報酬によるライバルリーグへの流出を防ぎ、これまでは頻繁に起きた優勝を逃したチームの消化試合の中止をなくし全てのスケジュールを予定通り行うなど、ナショナル・アソシエーションの欠点を改善していった[7][8]。契約に「リーグ間の移籍禁止条項」を設けたことで初期には選手との対立もあったが結果的にこれが功を奏し、ライバルリーグはユニオン・アソシエーション(UA、1884年)、プレイヤーズ・リーグ(PL、1890年)といずれも短命に終わった。最も成功したアメリカン・アソシエーション(AA、1882年 ? 1891年)とは1884年から1890年にかけてナショナルリーグとリーグ優勝チーム同士の対戦(現在のワールドシリーズ)が行われた。
解体した2つのリーグにいたチームは1892年にナショナルリーグに統合されたが、12球団あったナショナルリーグは1900年から8球団へ統合・削減し、ボルチモア、クリーブランド、ルイビル、ワシントンD.C.から球団がなくなる。一方でウエスタンリーグというマイナーリーグが1900年にアメリカンリーグ (AL) へと改称し、ルイビルを除くナショナルリーグの球団削減でメジャー球団がなくなった都市へ進出。翌1901年にアメリカンリーグは自らを「メジャーリーグ」と宣言したが、ナショナルリーグがそれに反発、シカゴのレランドホテルで他のマイナーリーグも交えた会議が行われた。この会議でアメリカンリーグはメジャーリーグとして容認され、数多く存在するマイナーリーグを総括する新しいナショナル・アソシエーションが設立された。ナショナル・アソシエーションはマイナーリーグベースボール (MiLB) として今日まで続いている[9]。1902年、ナショナルリーグ、アメリカンリーグ、ナショナル・アソシエーションはそれぞれの独立経営と、共同経営を併せ持つ新しい協定に調印した。この合意は、のちにブランチ・リッキーにより洗練され、整備されていった今日のマイナーリーグの基礎となる分類システムも確立した。この翌年から両リーグ勝者によるワールドシリーズが行われることになる[10][11]。
後に短命となったマイナーリーグのいくつかは正式にメジャーリーグとみなされ、その統計と記録は現在の2つのメジャーリーグのものに含まれている。1969年に、アメリカプロ野球100周年を機にMLB機構の指定により『野球記録特別委員会』が設置され、そこで過去消滅したリーグを含め以下の6つのリーグを「メジャーリーグ」として認める、という決定がなされた。
ナショナルリーグ(1876年 - 現在)
アメリカンリーグ(1901年 - 現在)
アメリカン・アソシエーション(1882年 - 1891年)[12]
ユニオン・アソシエーション(1884年)[13]
プレイヤーズ・リーグ(1890年)[14]
フェデラル・リーグ(1913年から3年のうち運営基盤が確立していた1914年・1915年の2年間)[15][16]
それ以外の野球リーグでプロとして活動した経歴を持つ選手の記録については、現在この裁定に基づき、どこからどこまでをメジャーリーグ記録とするかといった分類が行われている。ただしこの裁定には一部研究者が異論を唱えており、ナショナル・アソシエーション(1871年 - 1875年)[注 2]、アフリカ系アメリカ人(黒人)中心に運営された「ニグロリーグ」のうち、特に運営基盤が確立されていた1920年 - 1948年の期間[注 3]、現在のアメリカンリーグの前身でマイナーリーグであった「ウェスタンリーグ」がアメリカンリーグと改称しナショナル・リーグの傘下であった1900年のアメリカンリーグなどもメジャーリーグとして扱うべきなどの意見がある。2020年12月17日、MLB機構は、「ニグロリーグ」に含まれる下記の7つのリーグの記録についてメジャーリーグの地位を与えると発表した[17][18][19]。
ニグロナショナルリーグ (第1期)(英語版) (1920年 - 1931年)
イースタンカラードリーグ(英語版)(1923年 - 1928年)
アメリカンニグロリーグ(英語版)(1929年)
イーストウエストリーグ(英語版)(1932年)
ニグロサザンリーグ(英語版)(1932年シーズンのみ)
ニグロナショナルリーグ (第2期)(英語版)(1933年 - 1948年)
ニグロアメリカンリーグ(英語版)(1937年 - 1948年シーズンのみ)
デッドボール時代サイ・ヤング (1911年のベースボールカード)詳細は「デッドボール時代」および「ブラックソックス事件」を参照
1900年から1919年までの期間は、一般に「デッドボール時代」と呼ばれる。