『ザ☆ヘッドマスターズ』にて、地球をボディーにするグランドガルバトロン計画を企てる。だが、サイバトロン戦士たちの手によって妨害され、ヘッドマスターの攻撃を受け氷山に消え消息不明となった。1人称は「俺」と言うことが多くなった。

海外版のその後

『ザ・リバース』にてセイバートロン星に眠るプラズマエネルギーを利用して、サイバトロン壊滅を企むが失敗。手を結んだネビュロン人のロード・ザラクと共に再び宇宙に放逐される。
生い立ち
メガトロン

メガトロンは、サイバトロンとデストロンとの戦争が勃発して間もない980万年前、リージ・マキシモの手によって誕生した（コンボイがそうであったように、素質のある誰かを改造した可能性もある）。そのころのデストロンにはまともな指揮系統や支配体制が存在しておらず、各地のデストロンが散発的に戦闘している状態であった。メガトロンは各地のデストロンを力で支配し、さらに洗脳マシン「ロボ・スマッシャー」などを駆使しこの問題を解決、統率の取れた「デストロン軍団」を作り上げ、サイバトロン制圧に乗り出した。

マーベルコミックではアニメとは異なり自身と対立するレーザーウェーブ（Shockwave）の送り込んだアニマトロンに殺害され、一度はレーザーウェーブに実権を奪われる。しかし、後に復活を果たす。
ガルバトロン

ザ・ムービーにてガルバトロンとして復活を遂げた。

コンボイとの激戦の末負傷したメガトロンはスタースクリームの手で宇宙に放逐されてしまう。だがユニクロンの手でさらなる攻撃力を持った姿、ガルバトロンとして復活した。同様に放逐された兵士たちも新たな部下として再生。デストロンの新たな指導者として戴冠式を行っていたスタースクリームを瞬殺、リーダーの座に復帰する。
その後の顛末
日本独自展開『リターンオブコンボイ』

デストロン新大帝ダークノヴァによってガルバトロンは発見され、銃型戦闘機「ガンジェット」に変形するスーパーメガトロン（Super Megatron）として復活する。時同じくして復活したかつてのライバル、コンボイと死闘を演じた。人間を食べることでパワーアップする能力を持ち、「悪」としての存在感を高めているが、額に「SM」の刻印があることがしばしばネタにされている。後にさらなる強化改造がなされ、「飛行重戦車」に変形するウルトラメガトロン（Ultra Megatron）となった。

玩具は2020年9月、タカラトミーモール限定商品としてGENERATION SELECTS スーパーメガトロンが販売された[5]。

同玩具は2016年7月に販売されたLG23ガルバトロン[6]の一部仕様を変更して設計されており、スーパージェットモード（前述の「ガンジェット」に相当）への変形も再現されているが、フォルムはオリジナルデザインとは多少異なる。

ウルトラメガトロンへの進化も再現可能でウルトラタンクモード（前述の「飛行重戦車」に相当。ただし、フォルムはオリジナルデザインとは前後が逆転している他、ウイングが畳まれているなど、形状は玩具オリジナルとなっている）への変形も可能の他、玩具オリジナル設定としてオメガモードフェイスへの変形も備えている。
『G-2』

闘いの後遺症により悪の心を失ったメガトロンはコンボイと和平を結び、永きに亘るサイバトロンとデストロンとの戦いに終止符を打った。しかし、平和の使者として送った部下が地球人によって殺害されたことを知り、憤慨したメガトロンは「ロボット生命体以外の生物はすべて宇宙にとって悪になる」とし、再び地球侵略を目指す。

玩具は米国における銃規制が厳しくなったため、拳銃から戦車にモチーフが変更。新開発の関節によりアクションフィギアの側面も強調されたフル可動する逸品である。

また、この時期以後、セイバートロン時代のメガトロンも戦車に変形していたという設定になる。

これは後にカラーリングなどを変更したものがブラジオンとして販売され、その後、『ロボットマスターズ』で大幅な改修（頭とエンブレムをコンボイからメガトロンに変えることができるシステム）が行われリバースコンボイ/リバースメガトロン（Rebirth Convoy / Rebirth Megatron）として販売された。
武装・能力

融合カノン砲(Nuclear Charged Fusion Cannon) / SFガン右腕に装着されているレーザー砲で、メガトロンの主力兵器である。玩具における設定であるテックスペックでは「ブラックホールを作り出し反物質を引き出す」とあり、群を抜く破壊力の恐ろしさが強調されている。ブラックホール作成は次元の狭間に連結することで行われる。ブラックホールを利用した反物質生成メカニズムは詳細不明。生成された反物質の利用法も詳細不明だが、他の武装の反物質利用のエピソードとしては反物質エネルゴンキューブを取り込むことによってメガトロンが変形した拳銃から発射されるレーザーが強化される話がある。威力はエネルギーの消耗の度合いや精神状況によって大差が出るらしく、調子の良い時には一撃で厚い岩盤を消し飛ばし、デバスターやガーディアンなどの合体戦士を戦闘不能に陥れるほどの打撃力を発揮する。逆に彼が慌てたりすると威力が大幅に低下するようであり、恐竜相手に大したダメージを与えられなかったこともある。『ムービー』ではシャトルを襲撃した際にサイバトロンを次々と機能停止に追いやっている。また、カノン砲の上部に四角い紫色のバリアーを張って攻撃を防いだり、発射口にレンズを展開して塞いだ状態で、レンズからコンピューターのプログラムを書き換える光線を発射したりできる。ガルバトロンも砲身はSFガンとして右腕に装備されており、アニメでもスラルという1つの星を壊滅寸前に追い込み、メガトロンにも劣らぬ威力のほどを見せ付けた。また、SFガンから発射されるレーザーをロケット噴射のように使用し、飛行スピードを速めることが可能。

ビーム砲背中に搭載されたビーム砲で、ガンモードでの砲身に当たる。前面を向くと右脇腹に移動する。玩具では右脇腹で固定。


エナジーフレイル（「エナジーメイス」とする文献もある）右手を紫色のモーニングスターに変化させたもの。初代『トランスフォーマー』第2話にのみ登場した武器。


丸ノコギリ左手を収納して発射する。初代『トランスフォーマー』第4話で使用。


レーザー砲左手を変化させたもの。初代『トランスフォーマー』第4話で使用。


データ探知機能左手を機械に当ててデータの送信先を察知する。初代『トランスフォーマー』第5話で使用。


胸部ハッチ左右に一対存在し、エネルゴンキューブを搭載できる。初代『トランスフォーマー』第5話で展開していた。


ビームガンエレクトロメスをも消し去るビームを発射する。初代『トランスフォーマー』第17話で使用。


電磁パルス右手から発生させる。コンボイの胸部にこれを浴びせて機能停止させた。初代『トランスフォーマー』第23話で使用。


ビーム発射機能両目から紫色のビームを放つ。初代『トランスフォーマー』第65話で使用。


レーザーダガー紫色のエナジーを発する短剣。『ザ・ムービー』にてコンボイとの一騎討ちの際に使用。コンボイの身体を切りつけた。地面から拾い上げていたため、メガトロン本人のものかは不明。


ブラスター小銃。『ザ・ムービー』にてコンボイとの一騎討ちの際に使用。コンボイに追い詰められた際、ホットロディマスを盾にして目の前にあったのを拾いコンボイに致命傷を負わせた。

玩具
メガトロン

ニューミクロマンのガンロボの流用品で、さらに元となった拳銃は1960年代のドラマ、0011ナポレオン・ソロに出てきた特別仕様のワルサーP38。TFでは1985年6月に「16」のナンバーを与えられて発売されたが、身体のメッキ部分がアニメに準じた灰色、腕足の裏が赤から青になりスコープ（融合カノン砲に当たる部分）とアンクルパーツ・サイレンサーが削除され、代わりに「エレクトロンソード」と「高密度赤外線レーザー砲」が付属。他にコンボイとのセットである「VSX」が10月に発売された。

1986年11月ごろのスタースクリーム、デストロン集合ポスターとセット販売である「グッドバイメガトロン」ではスコープのみ付属していた。このバージョンでは腕足の裏は赤色になっている[7]。アメリカでは1988年ごろに通販限定で再発売。

2001年3月に「メガトロン 完全版」として海外版のボディに、スコープなどのパーツが完備されたものが「16-S」のナンバーを与えられて復刻。2003年1月にはe-hobbySHOP限定仕様でメガプレックスインペリウス/Megaplex Imperius（マシンウォーズに登場した、メガトロンの影武者として造られたクローン）としても販売。

2002年12月『トランスフォーマー コレクション6』ではさらに「エナジーメイス」、「デストロンステッカー」、「特製マウスパッド」が付属。

2007年8月には完全版が『トランスフォーマー アンコール』にて「02」のナンバーを与えられ幾度となく再発売されている。

玩具ではアンクルパーツとサイレンサーを組み合わせて大砲にできる（アニメでは使用しておらず、変形する際にパーツが発生する）。
ガルバトロン

玩具は新規開発されたものだが、ハスブロ社における基本デザインを、アニメスタッフとタカラの玩具製作陣が別個にアレンジして製作したため、デザインにかなりの違いがある。日本では86年に「D-62」のナンバーを与えられて発売。2005年12月には「D-62-S」としてアニメ版のカラーに準拠した復刻版が発売され、音声機構が搭載された。開発担当は大野光仁[8]。

ザ・ムービーが公開されるまではメガトロンとガルバトロンが同一人物であるという情報を伏せていたので、肩書を要塞参謀（海外版ではCity Commander）として販売されたことでも知られる。いくつかのCMでもウルトラマグナスのライバルのような扱いをされていた。e-hobby限定で販売されたガルバトロンIIにおいては、ユニクロンによって召喚された平行世界のガルバトロンという設定になっており肩書もシティコマンダーとされた。
（ビースト）メガトロン

『ビーストウォーズ』、『ビーストウォーズメタルス』、『ビーストウォーズリターンズ』、『ビーストウォーズリボーン』、そして『ロボットマスターズ』に登場するデストロン/Predaconsの指導者（しかしあくまで自身が集めた一部のメンバーの中の指導者であり、デストロンの上層部からは反逆者と見なされている）。