ムカデの体は縦長くて大部分が柔らかく[9]、数多くの体節は大まかに頭部と胴部という2つの合体節に分れている[10]。胴部は順に1対の毒牙状の顎肢と、奇数対に数多くの脚が並んでいる[9][7]。体長は微小な4mmから大型な30cm[11]まで知られるが、多くの種類は1-10cmに収まる[4]。体色は多くが黄・赤・茶色であるが、より派手な色や模様をもつものもあり、オオムカデ類で特に多く見られる[9][12](p43)。
頭部

ゲジ類の頭部

イシムカデ類の頭部

ナガズイシムカデ類の頭部

オオムカデ類の頭部

ジムカデ類の頭部

頭板、頭楯と上唇頭楯、上唇、触角と大顎
第1小顎と第2小顎第2小顎（ゲジ類）

頭部（head）は他の多足類と同様、眼・口・上唇が由来する先節と、4対の付属肢（関節肢である触角と顎、後述）が由来する第1-5体節の融合でできた合体節である[13][10]。第2体節は他の多足類や昆虫などの六脚類と同じく、間挿体節（intercalary segment）で付属肢をもたない[13]。背面は1枚の頭板（cephalic plate, head capsule）に覆われ[14]、ゲジ類ではドーム状に盛り上がるが、他の群では上下に平たい[15][9][12](p44)[16]。

多足類の頭部左右で一般に見られる小孔状の側頭器官（Tomosvary organ）はゲジ類とイシムカデ類のみ発達で、ナガズイシムカデ類では痕跡的、オオムカデ類とジムカデ類では見当たらない[15][9][12](p44)[16]。

左右にもつ眼は他の多足類と同様に側眼（lateral eye）のみ由来で、その構造は分類群により異なる。ゲジ類の眼は1対の真の複眼（compound eye）である[注釈 2][17][18][14]が、他の群は単眼（ocellus, 側単眼 lateral ocellus）で、イシムカデ類に最多49対、オオムカデに最多4対、ナガズイシムカデ類に1対もつ[12](p45)。