2009年5月にジョン・F・ケネディ国際空港でパパラッチに新たなタトゥーを入れるつもりだと明かした[38]。しかし、母親ダーレンはこれに反対し「ミーガンが40歳になって熟年の役を演じたくなった時に、タトゥーをカバーするのが大変だという理由で役がもらえなくなると思っている」と伝えられている[39]。

2009年6月に出演したテレビ番組『The Early Show』の中で自分の恋人となる条件にタトゥーがあることを挙げている[40]。

私生活

2004年のテレビ番組共演をきっかけに俳優のブライアン・オースティン・グリーンと交際に発展し、2006年11月に婚約した[41]が、2009年2月婚約解消を発表[42]。婚約解消後も交際は続け、2010年6月に再び婚約を発表。同年6月24日にハワイ島で極秘で結婚式を挙げた[43]。2012年に第1子となる男児を出産[44]。2014年に第2子となる男児を出産している[45]。また、2016年には第3子となる男児を出産した[46]。2020年5月、グリーンが別居を発表[47]。2021年10月、離婚が成立した[48]。

映画『Midnight in the Switchgrass』での共演をきっかけにマシン・ガン・ケリーと交際しはじめ、2021年7月に関係を公にした[49]。2022年1月、ふたりは婚約した[50]。

男性誌『GQ』のインタビューで、10代のときにストリッパーの女性と恋仲になったことがあると告白した。だがレズビアンであることは否定しており、「人間は男性・女性両方に惹かれる生き物なんだと思う」と語っている[51]。後に雑誌『エスクワイア』の特集記事のインタビューでバイセクシャルであることを告白した[52]。

漫画雑誌、アニメ、テレビゲームのファンである。12歳のときに見たテレビアニメがきっかけでM・ターナーが大好きになり、最も好きな漫画はフォックスが「長年の強迫観念のうちの１つ」と語る『Fathom』。日本の漫画、アニメにも関心を示しており、『トランスフォーマー』の日本公開時に受けたインタビューで「『カウボーイ・ビバップ』が大好き。『とっとこハム太郎』や『セーラームーン』は今でも観ているし、漫画も描けます」と発言している[53]。また、『ミュータント・タートルズ』の日本公開時に受けたインタビューでは「『新機動戦記ガンダムW』を見て育った」、「日本に来ると本屋を巡ってマンガ漁りをする」「『美少女戦士セーラームーン』を実写化した場合、自分は年齢的に出演は厳しいだろう」と発言した[54]。