一方で、ハル・ヒンソンはワシントン・ポストの評論で「本作には中身のないスリルと、いくらかのサスペンスがある。しかし、私たちが映画に求めているのは、独自的な部分や鮮やかな会話、話の段階ごとの盛り上がり、あるいは登場人物たちの在り方である。本作にはそれがない。」[17]。タイムのリチャード・シッケルは、「スパイ大作戦とは、論理的なプロットによってイベントや登場人物たちをリンクさせ、重大な危機を解決するという風に認識されている作品であるが、本作にはそれがない（タイトル以外に、テーマソングや自己破壊される指令テープなどの引用はあるが、オリジナルシリーズとはほとんど無関係である）。」[18]。オーケン・グライバーマンはエンターテインメント・ウィークリーに「B」の評価を与えて、「問題はプロットが複雑すぎるということではなく、それぞれのディティールにまったく同じような不満がある。魅力的な部分はあるが、依然として無機質で、会話よりアクションを詰め込み、物理学講義ような難解さ、故意に入り組んだ本作は観客の想像力を掻き立てるのではなくただ注意を引くだけだ。」[19]。
受賞歴

AssociationCategoryRecipientResults
Awards Circuit Community Awards編集賞ポール・ハーシュノミネート
音楽賞Rob Bartlett
クリストファー・ボイズ
Shawn Murphy
ゲイリー・ライドストロム
Tom Bellfortノミネート
視覚効果賞Andrew Eio
ジョン・ノール
ジョー・レッテリ
George Murphyノミネート
日本アカデミー賞最優秀外国作品賞N/Aノミネート
BMI Film & TV AwardsBMI映画音楽賞ダニー・エルフマン受賞
ゴールデンラズベリー賞ジョー・エスターハス記念/興行収入1億ドル以上作品限定最低脚本賞デヴィッド・コープ
スティーヴン・ザイリアン
ロバート・タウンノミネート
Golden Screen AwardsN/AN/A受賞
MTVムービー・アワード最優秀アクション・シーン列車とヘリのチェイスシーンノミネート
MTV Video Music AwardsBest Video from a Film "スパイ大作戦のテーマ"アダム・クレイトン & ラリー・マレン・ジュニアノミネート
キッズ・チョイス・アワードフェイバリット映画男優賞トム・クルーズノミネート
⇒Online Film & Television Association AwardsBest Adapted Song "スパイ大作戦のテーマ"アダム・クレイトン
ラリー・マレン・ジュニア
ラロ・シフリンノミネート