またニューヨークではシカゴとともに19世紀後半から世界に先駆けて高層ビルの建設が始まり、マンハッタンには多数の超高層ビルが密集している。これらは『摩天楼』と呼ばれ、象徴的なマンハッタンの景観を形成している。
地理詳細は「ニューヨーク市の地理」を参照衛星写真ニューヨークの大都市圏

マンハッタン区は、マンハッタン島と小さな諸島（ルーズベルト島、ガバナーズ島、エリス島、ランドールズ島、ワーズ島、ミル・ロック、ウ・タント島）、そして北米大陸のごく一部地域（マーブル・ヒル（英語版））からなる[注釈 1]。
マンハッタン島

マンハッタン島は、西をハドソン川、東をイースト川とハーレム川、北をスパイテン・ダイヴィル川（およびハーレム川運河）、南をアッパー・ニューヨーク湾によって囲まれている。幅は約4 km、長さ約20 kmで、ほぼ南北方向に細長い形状をしている。面積は58.8 km2で、東京の山手線の内側（約64 km2）にほぼ相当する。ブロンクスに隣接するマーブル・ヒル（英語版）もかつてはマンハッタン島の一部であったが、スパイテン・ダイヴィル川の付け替えにより現在はマンハッタン島から分離している。

マンハッタン島は1枚の岩盤から構成されており、島の大部分を構成している基盤岩はマンハッタン片岩 (Manhattan Schist) と呼ばれる雲母の結晶片岩である。この岩は強度が高く、その構成成分の変成岩はパンゲア大陸が形成された過程で作られた。この岩盤上は高層ビルの建設に適しており、ダウンタウンとミッドタウンの表面はこの岩石に富んでいるためこれらのエリアには高層ビルが多く建ち並んでいる[2][3]。セントラルパークにはマンハッタン片岩の露頭があり、ラット・ロック（英語版）はその一例である[4][5]。

地形は沿岸部に向かって極緩い傾斜があるほか、ダウンタウンからアップタウンに向けては緩やかに上る地形となっている。これはコロンビア大学付近を頂上とし、モーニングサイド・ハイツなどの高所を抜けると北に向けて大きく下がり125丁目が谷間となる。そこから北は再び高度は上がり、マンハッタン北部のインウッドまで高台が続く。埋め立ては、沿岸の埠頭部分などに限られている。
その他の小島

ルーズベルト島は、マンハッタン島の東を流れるイースト川の中州であり、南北に細長い島である。その先はクイーンズ区となる。ニューヨーク市地下鉄の駅があり、マンハッタン島とはルーズベルト・アイランド・トラムウェイ（ロープウェイ）でも結ばれている。

ガバナーズ島はマンハッタン島の南のニューヨーク湾にある。かつては、マンハッタン島の至近距離にありながら、沿岸警備隊の中枢施設があり公共輸送機関はなかった。