最初はキングストン・デモリション・レンジと呼ばれていたが、1943年初頭、公式にクリントン・エンジニア・ワークス (CEW) と名付けられた。ストーン・アンド・ウェブスターは製造施設の集約を可能にするため、13,000人もの住宅地域は建築技術会社のスキッドモア・オーウィングズ・アンド・メリルにより計画および建設された。この町は後にオーク・リッジと名付けられる元のブラック・オーク・リッジの丘の上に位置していた[16]。1943年8月、マンハッタン技術者地域の長がマーシャルからケネス・ニコルスに替わると軍が占める地域は広がっていった。彼の最初の任務の1つはこの地域の本部をオーク・リッジに移転することであったが、名称は変えなかった[17]。1943年9月、町の施設の管理を、オーク・リッジがあるアンダーソン郡とローン郡によるローン・アンダーソン・カンパニーとして知られる子会社を通してターナー・コンストラクション・カンパニーに外注した[18]。最初の工場ができると全米から労働者が集められ、人口は増大し、1945年5月にクリントン・エンジニア・ワークスに82,000名[6]、ローン・アンダーソンに10,000名[18]が雇われた時、最大の75,000名となった。

オークリッジの4つの施設にはX-10、Y-12、K-25、S-50というコードネームを与えられた。X-10サイトは後にオークリッジ国立研究所となり、Y-12サイトはY-12国家安全保障複合施設（en:Y-12 National Security Complex）として現存している。のちにオークリッジは、アトミック・シティ（原爆の町）、シークレット・シティ（秘密都市）と呼ばれるようになった。
ロスアラモス

計画に参加する科学者達のリーダーに選ばれたのは物理学者のロバート・オッペンハイマーである。オッペンハイマーの提案で研究所はニューメキシコ州ロスアラモス（サイト Y、後のロスアラモス国立研究所）に置かれることが1942年11月に決定した。彼を研究所長に、ニールス・ボーア、エンリコ・フェルミ、ジョン・フォン・ノイマン（爆縮レンズの計算担当）、オットー・フリッシュ、エミリオ・セグレ、ハンス・ベーテ、エドワード・テラー、スタニスワフ・ウラムなど著名な科学者のほか、リチャード・ファインマンなど若手の研究者やハーバード大学やカリフォルニア大学など名門校の学生などが集められた。当時はコンピュータが実用化されていなかったために、計算だけを任務とする、数学の優秀な高校生も集められた。

その他、アーサー・コンプトン、レオ・シラード、アーネスト・ローレンス、ジョン・ホイーラー、グレン・シーボーグなどが協力した。
ハンフォード

プルトニウムの生産場所としてオークリッジは不適切であった。オークリッジは人口密集地であるノックスヴィルに近く、予期しない事故が起こった際に市街地へ放射性物質が降り注ぐ危険があったためである[19]。グローヴズ准将は、建設監督となるデュポン社の民間技術者を雇用し、プルトニウム工場用地を管理する将校と一緒に土地の査定を行わせた。プルトニウムの生産には多量の水と電気が必要とされるため、ワシントン州南央のコロンビア川沿いの盆地が候補に上がった。1943年1月末に、そこの20万ヘクタールが510万ドルで取得され、ハンフォード技術工場（Hanford Engineer Works: HEW）と名付けられ（後のハンフォード・サイトで米国で最大級の核廃棄物問題の箇所[20]）、サイトWというコードネームが与えられた[21]。