1979年には当時の移籍金記録を破る1450万ポンドでスティーブ・ダーリーを獲得するなど積極的に補強するも、リーグでは上位に浮上できないシーズンが続いた。1980年代に入ると暗黒時代に突入することになる。これまでの強みだったカップ戦でも優勝することができなくなり、チームは2部、3部と落ちていった。シティは80年代から00年代にかけてタイトルとは無縁の生活を送ることとなり、隣の宿敵マンチェスター・ユナイテッドが長い低迷の後、アレックス・ファーガソンを招聘して世界的な強豪になっていくのをただ見ていくだけとなった。2003年、約80年に渡りメインスタジアムとして使用していたメインロードからシティ・オブ・マンチェスター・スタジアムへ移った。
新オーナーによる投資

2007年7月6日、クラブの公式サイトでタイ前首相タクシン・チナワットの会長就任と前イングランド代表監督スヴェン・ゴラン・エリクソンの監督就任が発表された。エリクソンは8月に月間最優秀監督賞を受賞するなど上々のスタートを切ったが、後半失速し9位でシーズンを終えると、2008年6月2日に成績不振により1年で解任。マーク・ヒューズを新監督に迎え、同年夏の移籍市場ではジョー、ヴァンサン・コンパニ、ショーン・ライト＝フィリップスらを獲得した。

2008年9月1日、チナワット会長はオーナー権を1年でUAEの投資グループ、アブダビ・ユナイテッド・グループ・フォー・デベロップメント・アンド・インベストメント（英語版） (ADUG) に売却。ADUGのあり余る資金力を背景に、同年夏の移籍市場最終日にレアル・マドリードからロビーニョを獲得し、翌年冬の移籍市場では当時史上最高額とも言われる移籍金でACミランからカカの獲得を試み失敗するも、ウェイン・ブリッジ、シェイ・ギヴン、クレイグ・ベラミーなどの実力者を獲得した。しかし2008-09シーズンはプレミアリーグを10位、UEFAカップをベスト8で終えることとなり期待された結果とは程遠いものだった。

2009年夏の移籍市場では再び巨額を投じ、カルロス・テベス、エマニュエル・アデバヨール、コロ・トゥーレ、ギャレス・バリーらプレミアリーグで実績を残している選手を中心に大規模な選手補強を行い、これまでキャプテンを務めていたリチャード・ダンや主力であったエラーノを放出してチームを編成し直した。2009-10シーズンは開幕から連勝を重ねて序盤は首位争いを演じるも、リーグ戦を7戦連続引き分けるなど徐々に調子を落とし、2009年12月21日にヒューズは解任。前インテル監督のロベルト・マンチーニを新監督として招聘した2010年冬の移籍市場では、パトリック・ヴィエラ、アダム・ジョンソンらを獲得。一方で負傷などによって調子を落としていたロビーニョをサントスにレンタル移籍で放出した。マンチーニ監督就任後は守備を重視した戦術を浸透させ失点が減少、結果的には5位でのシーズン終了となりUEFAチャンピオンズリーグは逃したものの、UEFAヨーロッパリーグの出場権を獲得した。
2010年代
2010-11

2010年夏の移籍市場ではダビド・シルバ、ヤヤ・トゥーレ、ジェイムズ・ミルナーらを獲得。一方でスティーヴン・アイルランド、ロビーニョらを放出した。さらに2011年冬の移籍市場ではエディン・ジェコを獲得し、アデバヨールら余剰戦力となっていた選手らをレンタル移籍させた。2010-11シーズンは1968-69シーズン以来35季ぶりとなるFAカップ優勝を果たしたほか、プレミアリーグを3位で終えてクラブ史上初となるUEFAチャンピオンズリーグの出場権を獲得した。
2011-12

2011年夏の移籍市場ではセルヒオ・アグエロ、サミル・ナスリ、ガエル・クリシーらを獲得。更にアブダビ政府所有の航空会社エティハド航空と1億5千万ポンドと噂される額で10年間のスポンサー契約を締結し、改修予定中のスタジアム名称をエティハド・スタジアムと変更した。2011-12シーズンは序盤から圧倒的な攻撃力を維持し、無敗をキープして迎えた9節のオールド・トラッフォードでのマンチェスター・ダービーでは1-6での歴史的勝利を挙げ、その実力を世界的に知らしめた。