マルタ騎士団は、憲法としてマルタ騎士団憲法を有する[17]。現行憲法は37条から成り、騎士団は、憲法に基づき三権分立を担保した中央政府（騎士団総長府）を備える。

立法権は、騎士団の最高機関であり、各国騎士団支部の代表者60名程度により構成される大評議会が担う。大評議会は5年に1度、主権評議会、政務評議会、幹事会議員を選出する[18]。

行政権は、総長ならびに4名の総監に加え、修道騎士評議会議員5名、騎士代表4名の計14名から成る主権評議会が有する。総長を除いた主権評議会議員は、5年に一度の大評議会によって選出される。

宗務総監は、信仰と宗教に関する事項を司る。

外務総監は、外交に関する事項を司る。

医務総監は、保健衛生、民生及び人道援助に関する事項を司る。

財務総監は、財政及び予算に関する事項を司る。
第80代マルタ騎士団総長ジャコモ・ダッラ・トッレ・デル・テンピオ・ディ・サングイネット

司法権は、司法評議会が有する。判事は総長により任命される。上級裁判所ならびに下級裁判所を備え、裁判は全242条から成るマルタ騎士団法に依って行われ、マルタ騎士団法が規定しない事項についてはバチカン市国の法並びに判例に準拠する[19]。

この中央政府の下、世界各地に12の管区ならびに48の国家支部が置かれ、全世界の騎士団員を統治する。外交は、総長、外務総監の下、世界に133存在する在外公館、外交団が担う。

また、マルタ騎士団は国際NGOマルティザー・インターナショナル（英語版）、ならびにイタリア陸軍の補佐組織であるマルタ騎士団イタリア支部軍団（英語版）の上位組織であり、これら組織に対する指揮監督権を有する。さらに、マルタ騎士団により設立されたボランティア組織が世界に33存在し、これらボランティア組織については各国支部が監督する。

マルタ騎士団イタリア支部軍団

マルタ騎士団がアイルランドに展開する救急医療隊

団員

マルタ騎士団の活動には全世界で1万3,500名の騎士、9万5,000名のボランティア、5万2,000名の有給職員が携わっている[1]。加えて、若干名の騎士団付司祭が在籍する。これら関係者のうち、騎士のみがマルタ騎士団員と呼ばれる。有給職員は、その殆どが専門職である医師または医療従事者である[20]。マルタ騎士団パスポートは外交または公用に携わる者（大使、公使など）のみに発行され、騎士団員のうち2016年時点でマルタ騎士団パスポートを所有する人数は約500名である[1][21]。

日本国籍の騎士は2022年6月現在武田秀太郎1名[10]。マルタ騎士団礼装（襟の色により階級が区別される。写真は総長の礼装）

マルタ騎士団員は、貧者・病者に対する長年の顕著なボランティアによる功績を有し、法曹界、学界、医療界などのコミュニティにおいて指導者と目される敬虔なカトリック教徒から選抜される[22]。騎士候補に選抜された者は、洗礼を受けたカトリック教徒である証明として司祭からの推薦状を得た上、1年間の修練準備期間を経なければならない[1]。上記の武田は香港で貧困家庭向けのオンライン学習支援に従事し、その前の国際連合ウィーン事務局勤務時代での騎士団関係者からの昼食の誘いなどが実質的な面接だったのではないかと回想している[1]。

マルタ騎士団騎士への叙任はカトリック教会における最上級の栄誉の一つであり、騎士には叙任と同時にマルタ騎士団総長により騎士団員章である聖ヨハネ騎士勲章が授与される[3]。

マルタ騎士団騎士には三階級が存在し、原則として全ての騎士は初めに第三階級に叙任された後、マルタ騎士団内における功績に応じ上位の階級に昇叙する。
第一階級（最上級騎士）

ナイト・オブ・ジャスティス（正義の騎士）　

修道誓願（独身、私有財産の放棄、神への従順）を立てた騎士。1990年から貴族階級出身者にも昇進の道が開かれた[3]。


第二階級（上級騎士）

ナイト・イン・オヴィディエンス（忠誠の騎士）

第三階級

ナイト・オブ・オナー・アンド・デヴォーション（名誉と献身の騎士）　

曽々祖父母16名全員が貴族家系であることを証明出来る者はこの種別に叙任される[3]。



ナイト・オブ・グレース・アンド・デヴォーション（慈愛と献身の騎士）　

曽祖父母8名全員が貴族家系であることを証明出来る者はこの種別に叙任される[3]。



ナイト・オブ・マジストラル・グレース（主の恩寵の騎士）

上記以外の全員（＝平民出身）が叙任される種別。



聖ヨハネ騎士勲章ナイト・オブ・ジャスティス章

聖ヨハネ騎士勲章ナイト・オブ・マジストラル・グレース章

マルタ功労十字勲章

マルタ騎士団は貧者・病者に対し顕著な功績のある者にマルタ功労十字勲章（Order pro Merito Melitensi）を授与している。受勲者はカトリック教徒やマルタ騎士団員に限られないが、受勲者というだけではマルタ騎士団員とは見なされない（上節で説明の通り、叙任され「騎士章」を受けることが必要になる）[23]。

マルタ功労十字勲章グランド・オフィサー星章

マルタ功労十字勲章グランド・オフィサー正章

偽団体

マルタ騎士団の名を騙り、被害者の名誉欲を煽って高額な入団金などを得る詐欺団体が存在する[24]。マルタ騎士団中央政府は「洗礼を受けたカトリック教徒でない者を騎士に叙任することは、例外なく行っていません。」「全て騎士候補には騎士団付司祭の指導のもとでの12ヶ月間の修練が義務付けられており、これを免除して叙任を行うことはありません。」「マルタ騎士団を名乗る団体からアプローチを受けた場合はまず警戒し、最寄りの国家支部または大使館に問い合わせて下さい。」と注意喚起をしている[25]。

日本では、偽騎士団員がマルタ騎士団を名乗り、また偽勲章を佩用することは、軽犯罪法第一条十五「位階勲等…外国におけるこれらに準ずるものを詐称し、又は資格がないのにかかわらず、…勲章、記章その他の標章若しくはこれらに似せて作つた物を用いた者」[26]により拘留又は科料の刑罰に処される可能性がある。

日本でも2022年3月11日、共同通信社により詐欺団体をマルタ騎士団と取り違えた誤報道があり、翌日に取り消す事案が発生した[27]。共同通信社はマルタ騎士団に正式に謝罪を行った上で、同年6月25日に訂正報道として正統な武田秀太郎の叙任を改めて報道した[28][リンク切れ][29]。

マルタ騎士団の純正な騎士叙任証

マルタ騎士団詐欺団体により発行される偽証明書の例

マルタ騎士団詐欺団体による偽叙任式の例

関係者

カール1世 (オーストリア皇帝)（マルタ騎士団員）

フランツ・ヨーゼフ1世 (オーストリア皇帝)（兼ハンガリー国王、マルタ騎士団員）