1501年12月2日、シャルル8世の従弟にあたるサヴォイア公フィリベルト2世と再婚したが、ここでマルグリットはイサベル譲りの政治的手腕を発揮した。夫フィリベルト2世は政治に無関心であったため、国政の実権はフィリベルトの庶兄ルネ・バタールが握っており、貴族が利権を占有するなど政治的に腐敗し国民は重税に苦しんでいた。彼女は内政の事情を把握するとルネの悪政を暴き、彼の権限を剥奪して国外へ追放した。さらに既得利権を占有する貴族を政治から排除し、スペインの行政に倣って官僚制度を導入した。こうした政治改革により、彼女は経済的に困窮した公国を苦境から救った。今度の結婚でも夫婦仲は優れて円満だったというが、フィリベルトは1504年9月2日に催された狩猟大会の折、生水にあたったことが原因で9月10日に死亡した。
優れた統治者としてブール＝カン＝ブレスにあるマルグリットの墓所

その後、再び結婚を勧められるがマルグリットはこれを拒否した。

1506年9月、兄フィリップがスペインで急死すると、父マクシミリアンはマルグリットにネーデルラントの統治を託すこととした[1]。翌1507年3月、父によりネーデルラント総督に任命されると共に、兄フィリップの遺児（カール、レオノール、イサベル、マリア）の養育を任された。ここでも彼女は優れた政治を行なった。特に1512年のカンブレー条約、1513年の神聖同盟の立役者となるなど外交にも辣腕をふるい、ネーデルラントの独立を維持すると同時にオーストリアの対フランス、イタリア政策を支援した。1515年に解任されたが、カールがスペイン王カルロス1世として即位すると再び総督に任命された。

父マクシミリアン1世の死後、次代の神聖ローマ皇帝選出はカールとフランス王フランソワ1世の一騎討ちになり、マルグリットは甥の皇帝即位のため尽力した。その甲斐あって1519年6月28日、選帝侯全員の一致をもってカールは皇帝に選出された。カールはマルグリットに感謝し、大変尊敬するようになったという。その後も総督として1529年8月29日に「貴婦人によるカンブレーの和約」締結に大いに貢献した。

1530年12月1日に死去（11月30日とも[2][3]）。遺体は2番目の夫フィリベルトと同じブール＝カン＝ブレスの霊廟に埋葬された。

系譜

マルグリット
父:
マクシミリアン1世 (神聖ローマ皇帝)祖父:
フリードリヒ3世 (神聖ローマ皇帝)曽祖父:
エルンスト (内オーストリア公)
曽祖母:
ツィンバルカ・マゾヴィエツカ
祖母:
エレオノーレ曽祖父:
ドゥアルテ1世 (ポルトガル王)[1]
曽祖母:
レオノール[2]
母:
マリー祖父:
シャルル（突進公）曽祖父:
フィリップ（善良公）[3]
曽祖母:
イザベル[1]
祖母:
イザベル[4]曽祖父:
シャルル1世
曽祖母:
アニェス[3]

互いに兄妹（ジョアン1世の子）で、他のきょうだいにエンリケ航海王子やフェルナンド聖王子らがいる。従って、マクシミリアン1世とマリーは曽祖父ポルトガル王ジョアン1世を同じくする、又従姉弟の関係である。

アラゴン王フェルナンド1世の王女。従ってフアンとは、マルグリットにとっての高祖父とフアンにとっての曾祖父を同じくする遠戚同士。

互いに兄妹（ジャン1世（無怖公）の子）。

フィリベルト2世の母マルグリットの姉。従ってフィリベルトとは、マルグリットの曾祖父とフィリベルトの祖父を同じくする遠戚同士（マルグリットから見てフィリベルトは従叔父）。

脚注[脚注の使い方]
注釈^ 現在のフランス・イタリア両国にまたがるサヴォイア公国、フランス語圏とオランダ語圏にまたがるネーデルラントがこれに含まれる。
^ フランスはマルグリットの婚資としてアルトワ、ピカルディ、ブルゴーニュ自由伯領を得ていたため、その返還に難色を示していた。

出典^ 江村 1987, p.313
^ 江村洋『カール５世 ハプスブルク栄光の日々』河出書房新社、2013年11月。 [要ページ番号]
^ 伊藤章『不滅の帝王カルロス５世-スペイン黄金の世紀の虚実�T』鳥影社、2005年8月19日。 [要ページ番号]

参考文献

江村洋『中世最後の騎士 皇帝マクシミリアン1世伝』中央公論社、1987年3月。.mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:#d33}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:#d33}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:#3a3;margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit}ISBN 978-412001561-8。 
.mw-parser-output .ambox{border:1px solid #a2a9b1;border-left:10px solid #36c;background-color:#fbfbfb;box-sizing:border-box}.mw-parser-output .ambox+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+link+style+.ambox,.mw-parser-output .ambox+link+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+style+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+link+.ambox{margin-top:-1px}html body.mediawiki .mw-parser-output .ambox.mbox-small-left{margin:4px 1em 4px 0;overflow:hidden;width:238px;border-collapse:collapse;font-size:88%;line-height:1.25em}.mw-parser-output .ambox-speedy{border-left:10px solid #b32424;background-color:#fee7e6}.mw-parser-output .ambox-delete{border-left:10px solid #b32424}.mw-parser-output .ambox-content{border-left:10px solid #f28500}.mw-parser-output .ambox-style{border-left:10px solid #fc3}.mw-parser-output .ambox-move{border-left:10px solid #9932cc}.mw-parser-output .ambox-protection{border-left:10px solid #a2a9b1}.mw-parser-output .ambox .mbox-text{border:none;padding:0.25em 0.5em;width:100%;font-size:90%}.mw-parser-output .ambox .mbox-image{border:none;padding:2px 0 2px 0.5em;text-align:center}.mw-parser-output .ambox .mbox-imageright{border:none;padding:2px 0.5em 2px 0;text-align:center}.mw-parser-output .ambox .mbox-empty-cell{border:none;padding:0;width:1px}.mw-parser-output .ambox .mbox-image-div{width:52px}html.client-js body.skin-minerva .mw-parser-output .mbox-text-span{margin-left:23px!important}@media(min-width:720px){.mw-parser-output .ambox{margin:0 10%}}