マニ教は徹底した二元論的教義を有し、宇宙は光・闇、善・悪、精神・物質のそれぞれ2つの原理の対立に基づいており、光・善・精神と闇・悪・肉体の2項がそれぞれ明確に分けられていた始原の宇宙への回帰と、マニ教独自の救済とを教義の核心としている[3][5]。

この点について、善悪・生死の対立を根本とするゾロアスター教の二元論よりも、物質・肉体への嫌悪感が非常に強く、禁欲的かつ現世否定的な傾向があるギリシア哲学的な二元論の影響がうかがえる[8]。
神話ミスラ（右）とアンティオコス王のレリーフ。ミスラはイラン神話に登場する太陽神。ゾロアスター教では契約の神として崇拝された

マニ教の神話では、
原初、「光の王国」に「光明の父」または「偉大なる父（ズルワーン）」が、「闇の王国」に「闇の王子（アフリマン）」がそれぞれ所在し、共存していた。「光の王国」は光・風・火・水・エーテルが実態で、「光明の父」は理性・心・知識・思考・理解と翻訳しうる5つの精神作用を持ち、それを手足、また住まいとしていた。しかし、「闇の王子」はそれを手に入れるために光を侵し、闇に囚われた光を回復する戦いが開始された。「光明の父」は「光明の母」を呼び出した[8]。

「光明の母」により最初の人「原人オフルミズド（アフラ・マズダー）」が生み出された。原人は、光の5元素を武器に闇の勢力と戦うが、敗れて闇に吸収されてしまう（「第一の創造」）。原人は闇の底より助けを求めた[8]。

「光明の父」は「光の友」と「偉大な建設者（バームヤズド）」「生ける霊（ミフルヤズド）」を呼び出す。偉大な建設者は「新しい天国」を作り、「生ける霊」は闇に囚われていた原人を救出し、「新しい天国」へ連れて行った（「第二の創造」）。

原人と共に闇に囚われた光の元素は闇に飲み込まれたままであったが、これは闇の勢力にとって毒であった。一方「生ける霊」とその5人の息子たちは、闇に囚われた光の元素を救うため、闇の勢力に大きな戦争を仕掛けた。そして、このとき倒された闇の悪魔たちの死体から現実の世界が作られた[8]。悪魔から剥ぎ取られた皮により十天が作られ、骨は山、排泄物・身体は大地となった[8]。