高度な技術が投入されている一方で人間関係は分かりやすく描かれており、主人公の成長は当然のこととして、新しくチームに加わった主人公に対する仲間の不信感、仲間の裏切り、自己犠牲、多数の仲間の喪失、主人公とヒロインのラブストーリーなども盛り込まれ、サイバーパンクに詳しくない一般的な視聴者でも感情移入しやすくなっている。
1999年3月31日に米国で公開され、全世界で4億6,000万ドル以上の興行収入を記録した。また、アカデミー賞4部門（視覚効果賞、編集賞、音響賞、音響編集賞）のほか、BAFTA賞、サターン賞などを受賞した。史上最高のSF映画のひとつと考えられており、2012年には「文化的、歴史的、美学的に重要な作品」として、米国議会図書館のアメリカ国立フィルム登録簿に登録された。
2003年には続編の『マトリックス リローデッド』と『マトリックス レボリューションズ』が公開され、2021年に『マトリックス レザレクションズ』が公開された。 トーマス・アンダーソンは、大手ソフトウェア会社のメタ・コーテックス[注釈 2]に勤めるプログラマーである。しかし、トーマスにはあらゆるコンピュータ犯罪を起こす天才ハッカー「ネオ」という、もう1つの顔があった。平凡な日々を送っていたトーマスは、ここ最近、起きているのに夢を見ているような感覚に悩まされ「今生きているこの世界は、もしかしたら夢なのではないか」という、漠然とした違和感を抱いていたが、それを裏付ける確証も得られず毎日を過ごしていた。また、仮想空間でハッキングの仕事を繰り返していたトリニティは、盗聴されることにより、ネオ探しを追跡するためのエージェントや地元の警察官によって発見されたものの、トリニティ・ポーズで警官を倒し、逃走と電話線経由の現実世界への帰還に成功する。敗北したエージェント同士はネオ探しを確実に行っているため、次にネオ本人の人物を探しに行くことになる。 ある日、トーマスはパソコンの画面に「起きろ、ネオ（Wake up, Neo.）」「マトリックスが見ている（The Matrix has you.）」「白ウサギについて行け（Follow the white rabbit.）」という謎のメッセージを受け取る。ほどなくしてトリニティと名乗る謎の女性と出会ったトーマスは、トーマスに危機が迫っているため、「モーフィアス」がネオを探していることを告げられる。翌日にトーマスは寝坊し、仕事場に遅刻してしまうものの、ほどなくして無線機からモーフィアスと会話する事態に発展し、エージェントの部類の人物が仕事場に侵入してきたことを指摘する。逃走するトーマスだったが、マンションの壁を降りることができなかっため、結局トーマスはエージェントに連行されてしまう。取調室に閉じ込められたトーマスはモーフィアスに連絡するよう文句を言うが、エージェントによってトーマスの口は物理的に封じられてしまい、トーマスの臍に無理やりセンチネルの形状をした「バグ」とよばれる小型機械を埋め込まれるものの、トーマスが夜に気が付いた頃には、自宅の寝室にいた。その直後にモーフィアスはトーマスが現在盗聴されている状況にあるため、トリニティの車に乗るよう電話で告げる。屋外の車に乗り込んだトーマスは、スイッチが銃をトーマスに突き付けることで強制的にトリニティにある事を実行させようとしたため、拒否したトーマスは車から降りかけたものの、トリニティに止められる。そしてトリニティはバグを直接腹から取り出すための機械を使い、バグを取り出すことに成功したことで、トーマスは今まで起きていたことがすべて現実であったことに気づく。その後トリニティの仲間の建物でモーフィアスを紹介され「あなたが生きているこの世界は、コンピュータによって作られた仮想現実だ」と告げられ、このまま仮想現実で生きるか、現実の世界で目覚めるかの選択を迫られる。日常の違和感に悩まされていたトーマスは現実の世界で目覚めることを選択する。渡された赤いカプセルを飲み、心停止した瞬間にデータが転送され、トーマスは自分が培養槽のようなカプセルの中に閉じ込められ、身動きもできない状態であることに気づく。トリニティたちの言ったことは真実で、現実の世界はコンピュータの反乱[注釈 3]によって人間社会が崩壊し、人間の大部分はコンピュータの動力源として培養されていた。覚醒してしまったトーマスはセンチネルに殺害されず、不良品として廃棄されるが、待ち構えていたネブカドネザル号に救われる。 トーマスは、モーフィアスが船長を務める工作船「ネブカドネザル号」の仲間として迎えられ、ハッカーとして使っていた名前「ネオ」を名乗ることになった。モーフィアスはネオこそがコンピュータの支配を打ち破る救世主（The One）であると信じており、仮想空間での身体の使い方や、拳法などの戦闘技術を習得させた。人類の抵抗軍の一員となったネオは、仮想空間と現実を行き来しながら、人類をコンピュータの支配から解放する戦いに身を投じ、仲間の信頼を得ながら才能を開花させて行く。 役名俳優日本語吹き替え
ストーリー
キャスト「マトリックスの登場人物一覧」も参照
ソフト版フジテレビ版機内上映版
ネオ（トーマス・A・アンダーソン）キアヌ・リーブス小山力也森川智之宮本充
モーフィアスローレンス・フィッシュバーン玄田哲章内海賢二
（最上嗣生）郷里大輔
トリニティーキャリー＝アン・モス日野由利加戸田恵子
エージェント・スミスヒューゴ・ウィーヴィング中多和宏大塚芳忠
オラクルグロリア・フォスター
サイファージョー・パントリアーノ金尾哲夫樋浦勉
タンクマーカス・チョン（英語版）坂東尚樹岩崎ひろし
エイポックジュリアン・アラハンガ（英語版）山野井仁佐久田修