イギリス版マーベルコミックでは、ロディマスコンボイもまた保有者とされる（米版では、彼らは一貫して未来からのタイムトラベラーとして描かれた。英版ではロディマスたちの戦う時代が描写された）。そしてクインテッサ星人ギリク（Ghyrik）に奪われてもいる。

これら保有者間を移動するうち、その全てがマトリクスの部分となるわけではない。マトリクスには自身の意識があることが、前述のマトリクス捜索期に描写されている。マトリクスから悪が除去される前にはこのようにマトリクスは語っている。「我らはプライマス、我らはプライマ、我らはプライムノヴァ、我らはセンチネルプライム、我らはコンボイ、我らはサンダーウイング」サンダーウイングの悪の要素が除去された後、この意識が元に戻ったかは明白ではない。

短命に終わった『G-2』コミックシリーズでは、メガトロンがコンボイからマトリクスを強奪。スタースクリームがさらにそれを盗み、自身の一部とする。だがマトリクスは善の方向にスタースクリームを誘導し、それを恐れ、彼はコンボイにマトリクスを返すのである。
BotCon限定コミック、小説

プリモン（Primon）なるキャラクターが、プライマスからマトリクスを与えられた最初の保有者として新たに設定された。『G-2』コミックシリーズ最終幕に登場した、原初のデストロンにして、メガトロンとも因果関係を持つという、リージ・マキシモ（Liege Maximo）により破壊され、その影響で、マトリクスはプリモンを忘れてしまい、前述の設定となったという「失われた歴史」が描写された。

コミックシリーズ『The Primeval Dawn』では『メタルス』後の地球が舞台となった。マトリクス保護のため、初代コンボイから、新たな指揮官プライマルプライム（Primal Prime）がそれを取り出すが、復活したタランス（Tarantulas）に奪われている。コミックが中途で終わったために詳細不明だが、最後は初代コンボイの元に戻されたとされている。
ドリームウェーヴ・プロダクションズ（Dreamwave Productions）版

セイバートロン星での内戦時代を新たに描いたコミックシリーズ「ウォー・ウィズ・イン（The War Within）」にて。

和平交渉に出た前指揮官センチネルプライムはメガトロンに殺されたが、マトリクスはサイバトロン最高議会（the Autobot Council of Elders）が保有しており、これは次のリーダー、コンボイに与えられる。メガトロンは、セイバートロン星の惑星間航行装置起動エネルギー源として、それを探していた。結局コンボイ、メガトロンはマトリクスにより、様々な未来を幻視させられている。
デビルズ・デュー（Devil's Due Comics）版

3巻にて、アンドロイドのサーペンター（Serpentor、『G.I.ジョー』の悪側キャラクター）がセイバートロン星の歴史をサウンドウェーブからダウンロードした。その情報として、クインテッサ、アルファートリン、メガトロン、サウンドウェーブ、惑星ジャンキオン（the Planet of Junk）、コンボイと呼ばれる戦士、そしてマトリクス（The Autobot Matrix of Leadership）が描写された。サーペンターはマトリクスを手にして力を得ることを決めたのである。
その他のマトリクス（Lesser Matrices）

クリエーションマトリクスはプライマスの命を授ける力を持ち、ユニクロンを破壊しうる唯一の物であるが、他にもより力の小さいマトリクス、「エネルゴンマトリクス」が存在する。ベクターシグマにより作られ、「コンボイクラス」と呼ばれるサイバトロン高級士官たちに与えられ（例を挙げるなら、ライオコンボイ、ビッグコンボイ、ファイヤーコンボイ）一探査船の艦長であった（ビースト）コンボイ（Optimus Primal）も、日本版ビーストシリーズでは、エネルゴンマトリクスを保有している設定となっている。これらのエネルゴンマトリクスもオリジナル同様に未知なる力を有している。

『ビーストウォーズセカンド』では、ライオコンボイのエネルゴンマトリクスがアンゴルモアエネルギーと合わさったことで、ライオコンボイと同じエネルゴンマトリクスを備えたライオジュニアが誕生した。エネルゴンマトリクスの力を合わせてのパワーアップも可能であり、ライオコンボイはライオジュニアと一体化することで、緑のライオコンボイへのパワーアップを果たした。劇場版ではライオコンボイとビーストコンボイは互いのマトリクスに力を与えたことで、フラッシュライオコンボイとバーニングコンボイにパワーアップし、合体技のダブルマトリクスブラスターも用いた。

『ビーストウォーズネオ』では、ビッグコンボイはユニクロンとの最終決戦において、自身のマトリクスを生徒たちに分け辺え、自身と彼らのエネルゴンマトリクスの共鳴はビッグキャノンをマトリクスバスターにへと強化するという新たな力にも繋がり、それを用いて、ユニクロンを倒している。エネルゴンマトリクスとは別にマトリクスキャノンという銃火器も存在し、それには、マトリクスコアと呼ばれる球体型生命体が核として組み込まれている。

『カーロボット』では、ファイヤーコンボイとゴッドマグナスがエネルゴンマトリクス同士の力でゴッドファイヤーコンボイへの合体を果たし、ゴッドマグナスのエネルゴンマトリクスの力でカーロボ3兄弟も強化変身が可能となった。そして、ブレイブマキシマスから送られた力とエネルゴンマトリクスが共鳴したことで「スーパーゴッドソード」が誕生し、ゴッドファイヤーコンボイが振るって、デビルギガトロンを倒した。

『超神マスターフォース』の総司令官ジンライのトランステクターには玩具の設定上、「ウルトラマトリクス」なるパーツが存在するが、アニメの劇中では特別な物として描写されることは無かった。

『ゾーン』、『バトルスターズ』では、マトリクスの代わりに、修理や再生の手段として「超エネルギー・ゾディアック」の力が使われている。しかし、ゾディアックは"Lesser Matrices"ではない。

悪のマトリクスも存在し、シックスショットが所持。

『ネオ』にてガルバトロンは「ガルバマトリクス（Galvamatrix）」によってユニクロンに支配された。BotCon限定玩具のデストロン宇宙大君主（Predacon Overlord）シャカラクト（Shokoract）もまた「The Matrix of Conquest」により支配されている。

『ユニバース』版のネメシスプライム（ビッグコンボイのリペイントバージョン）は「The Dead Matrix」を持っている。これはスパークを吸収でき、本来のマトリクスの効力を消すために作られた。これは『ギャラクシーフォース』の米版『Cybertron』のコミックで、ネメシスプライムが、プライマスを倒そうとして使用した。ネメシスプライムは止められたが、サウンドウェーブがこれを奪い、ユニクロン復活に用いている。

『G-2』の時期、コンボイは様々な姿に変化している。これらはゴーボッツ（Go-Bot）版のテックスペックに記載された「再構成マトリクス（Reconfiguration Matrix）」の力とされた。同様に日本版の玩具封入コミックではマトリクスによってコンボイ（ミサイルトレーラー）は、バトルコンボイになったとされた。

またBotCon2005限定玩具アイアンハイド（IronHide）、e-HOBBYの2006年限定玩具レーザーウルトラマグナスなどもこの再構成マトリクスによる変化とされている。これは、コンボイの持つ再構成マトリクスの力を他者に対して使用したものである。

『ビーストウォーズ』誕生10周年記念で「Transformers Collectors Club magazine」9号に記載されたビーストコンボイ（姿は『ビーストウォーズリボーン』および『BEAST WARS 10th Anniversary』版）のバイオグラフィーによると、「浄化のマトリクス（Matrix of Purification）」を持ち、病気治療や、ユニクロンの影響をセイバートロニアンから取り除けるとされる。

『マイクロン伝説』に始まるリセットシリーズに登場する総司令官（アルマダ）コンボイは、元のマトリクスとほぼ同じ、指揮官に受け継がれるマトリクスを保有している（中心にクリスタルが収まっている以外は初代（G1）シリーズとは異なるデザインになっている）。コンボイが殉職した際、マトリクスだけが残ったが、マイクロンたちとマトリクスの力でコンボイは復活を遂げた。ユニクロンとの戦いにおいては、初代（G1）シリーズと異なり、ユニクロンがマトリクス恐れるような描写はなく、ユニクロン戦後、コンボイは1人のTFとして、メガトロンと戦うためにマトリクスを捨て、エピローグにおいても手にすることはなかった。

マイクロン伝説の続編である『スーパーリンク』ではグランドコンボイの玩具では胸の中に、初代（G1）風のデザインに変更されたマトリクスが収まっているが、アニメ本編では全く描写されていない。続く『ギャラクシーフォース』ではギャラクシーコンボイの胸部に収納され、しばしばベクタープライムの開くワープゲートの拡大に用いられた。高エネルギーを発する装置として描写され、ギャラクシーコンボイが召喚するフォースチップの形状に影響を与えていることが劇中で推測されている。
オールスパーク (All Spark)

マトリクスではないが、似た役割を持っている。
トランスフォーマー (2007年の映画)

『実写映画版トランスフォーマー』において遥か昔から存在しているキューブ型の物体で（そのため、劇中では「キューブ」とも呼ばれる）、金属に生命を吹き込む力を持つ。サイバトロン星の知的生命体はこのオールスパークから誕生した。続編の『トランスフォーマー: リベンジ』にて、実はキューブ型の物体はオールスパークの「器」兼エネルゴン・キューブであり、オールスパーク本体は膨大な「叡智」であることが判明。