このほか、同社と業務提携を行う企業や、同社が契約に基づいてフランチャイズ・パッケージを提供し、商品の供給や「マツモトキヨシ」のCIの使用を受けるフランチャイズ加盟企業も存在する。詳細はマツモトキヨシグループを参照。
沿革1000店目となったマツモトキヨシ京都新京極店（京都市）Medi+マツキヨウメ地下店（大阪市北区）マツモトキヨシ茨木阪急本通店（大阪府茨木市）マツモトキヨシ姫路駅前店（兵庫県姫路市）マツモトキヨシ武蔵野八幡町店（東京都武蔵野市）
1930年代

1932年12月26日 - 千葉県東葛飾郡小金町（現在の千葉県松戸市小金）に「松本薬舗」（現・小金店）を開業。

1951年 - 屋号を「マツモトキヨシ」に変更。

1954年1月8日 - 有限会社マツモトキヨシ薬店設立。

1975年4月3日 - 株式会社マツモトキヨシに改組（当時の保有店舗数72店舗）。

1976年9月 - スーパーマーケット事業に進出、大金平店（千葉県松戸市）を薬店から業態変更してスーパーマーケットとする。

1978年10月 - コンビニエンスストア事業に進出、ベンリー新松戸店（千葉県松戸市）を開店。

1983年8月 - チラシ配布業を目的とする株式会社ユーカリ広告を買収する（のちに連結子会社化）。

1984年10月 - 生命保険ならびに損害保険の代理業を営む株式会社マツモトキヨシ保険サービスを設立する（現・連結子会社）。

1985年5月 - 医薬品の配置販売を目的とするマツモトキヨシ薬品株式会社を設立する（現・連結子会社）。

1987年7月 - 上野アメ横店開店（都市型ドラッグストアの先駆け）。

1988年11月 - ホームセンター事業に進出。ホームセンター南増尾店を開店（2011年5月に閉店）。

1990年8月 - 日本証券業協会（JASDAQ、現・ジャスダック）へ株式を店頭登録。

1991年11月 - 不動産業を営むマツモトキヨシ不動産株式会社を設立（現・連結子会社）。

1993年10月 - 本社を小金店から幸谷（のちの新松戸東）に移転。薬剤師のいない店が発覚。

1995年

3月 - 売上高業界第1位。

11月 - 株式会社丸和運輸機関（桃太郎便）の物流センターによる、アウトソーシング共同配送体制をスタート。


1996年

4月 - テレビコマーシャルを開始。

11月 - 栃木県足利市にドラッグストア足利朝倉店を開店（424号店[注 5]）。薬粧部門として、関東地方の全都県に出店を果たす。


1998年12月 - 建設業を営む株式会社エムケイプランニングを設立（現・連結子会社）。

1999年8月 - 東京証券取引所一部上場。

2001年

2月 - 松本南海雄（現・マツキヨココカラ&カンパニー代表取締役会長）が社長に就任。

5月30日 - 業務提携第1号として、静岡県に本社を置く高田薬局と提携。


2002年4月 - マツモトキヨシポイントカードスタート。

2003年4月7日 - シミズ薬品株式会社（京都府京都市）と業務提携。

2004年

2月10日 - 福岡に本社を持つ株式会社ドラッグイレブンと業務提携。

8月6日 - 株式会社藤越（福島県いわき市）と業務提携。


2005年

8月24日 - 外部企業FC1号店となる京急ハウツ店を開店。

9月5日 - 株式会社オージョイフル（大阪府豊中市）と業務提携。

10月17日 - スカイパーフェクTV!110（現・スカパー!e2）に生活情報発信チャンネル「ジャスト・アイ インフォメーション」を開局。


2006年

1月 - 沖縄県の大手スーパーサンエーとのフランチャイズ契約締結。サンエー店舗内への出店計画を発表。

3月13日 - 新業態「COS-MEDI Station」1号店（西新宿メトロピア店）を開店。

8月 - スーパーマーケット事業から撤退。

10月4日 - 子会社として、エムケイ東日本販売（現：マツモトキヨシ東日本販売）を設立[注 6]。

12月20日 - 株式会社マックス（現：株式会社マツモトキヨシ甲信越販売）と資本提携。完全子会社化。


2007年

9月20日 - 株式会社ミドリ薬品（現：株式会社マツモトキヨシ九州販売）との間でフランチャイズ契約を締結。九州地区でのマツモトキヨシの展開を本格化する。

10月1日 - 株式移転により持株会社株式会社マツモトキヨシホールディングスを設立し、同社の完全子会社となる。

10月9日 - 株式会社キョーエイとの間でフランチャイズ契約を締結。

11月5日 - JAいずも（いずも農業協同組合、現：島根県農業協同組合）との間でフランチャイズ契約を締結。


2008年

1月1日 - 子会社支配・管理事業を吸収分割により、マツモトキヨシホールディングスへ継承。

2月20日 - 株式会社藤越との業務提携を解消。

3月14日 - 株式会社ドラッグイレブンとの業務提携を解消（その後、同社はセガミメディクス(現：ココカラファインヘルスケア)と業務提携し、WINグループへ加入、2012年7月にJR九州ドラッグイレブン株式会社となったが、2020年5月に株式会社ツルハホールディングスが株式の一部取得したことでツルハグループへ移行され、2021年5月に株式会社ドラッグイレブンに回帰される）。

4月1日 - 株式会社明治堂薬品（愛知県海部郡）とのフランチャイズ契約を締結。

4月11日 - 株式会社高田薬局との業務提携を解消[注 7]。

4月21日 - 株式会社スーパーバリュー（埼玉県さいたま市）とのフランチャイズ契約を締結。

5月22日 - 株式会社ラブドラッグス（岡山県岡山市）とのフランチャイズ契約を締結。

7月1日 - 仕入れ事業をマツモトキヨシホールディングスへ継承。北関東以北の同社店舗のほとんどの運営（70店舗）を、エムケイ東日本販売（現在のマツモトキヨシ東日本販売）へ譲渡。