偶然、時同じくしてドクター.mw-parser-output ruby.large{font-size:250%}.mw-parser-output ruby.large>rt,.mw-parser-output ruby.large>rtc{font-size:.3em}.mw-parser-output ruby>rt,.mw-parser-output ruby>rtc{font-feature-settings:"ruby"1}.mw-parser-output ruby.yomigana>rt{font-feature-settings:"ruby"0}地獄（ヘル）の巨大ロボット群（機械獣）を使った日本侵攻が始まり、甲児はマジンガーZを操って、ヘルの野望を打ち砕くために戦い始める。

甲児が最初にZを起動させた際、アニメ版は誤ってシローを踏みつけそうになる程度だが、漫画版では甲児の本意ではないにせよ市街地で大暴れしている。

アフロダイAはマジンガーZと同じく兜十蔵博士の設計[66]（TVアニメ版では弓教授が開発したとされる[67]）。

ドクター地獄（ヘル）の部下、あしゅら男爵とブロッケン伯爵の出自（アニメ版の設定である「ミケーネの貴族夫婦のミイラを一体化した」「ナチスの鬼将軍のサイボーグである」などといった）説明は、漫画版ではいっさいない。週刊『少年ジャンプ』連載時には登場しなかったピグマン子爵は、後に『テレビマガジン』連載時（第11回）に登場する。

ヘル一味の主力兵器が巨大ロボット「機械獣[注釈 17]」なのは同じだが、ジャンプ連載版だけでもドグラS1・マグラF2、バマラスY1、マリオN7、グロゴスG5など、アニメ本編未登場の機械獣が多く存在し、テレビマガジン連載版に至っては連載第8回登場のスゲルトンO7（正確にはTVアニメ版ではスケルトンO7）を除いて、全て漫画版オリジナルでアニメ未登場[注釈 18]。

漫画版とアニメ版の双方に登場した機械獣でも、バジンB9→エルキネスK2、ゴーストファイアーV9[73][注釈 19]→グレン・ゴーストC3、バルガス→ベルガスV5といった具合に漫画とは名前が変更されたり、キングダンX10やグロッサムX2のように能力・武装が変更された例も多い。

『週刊少年ジャンプ』連載版にボスは登場するが、アニメ版の放映中に連載が終了したためボスボロットは登場しない（ボロットは『テレビマガジン』連載版第4回にて唐突に登場することになる[注釈 20]）。ボスはアニメ版よりも甲児の恋敵・悪友的な要素が強調されている。

ヒロインの弓さやかは勇敢な少女ではあるが、アニメ版よりはおしとやかな性格になっており、甲児に対しても素直に好意を示している[注釈 21]。愛機アフロダイAは機械獣キングダンX10によって胴体を両断されたうえ[79]、収容された海底要塞サルードの自爆と運命を共にして喪失。後継機はビューナスAとなる（ジャンプ連載時は、後に『グレートマジンガー』に登場する炎ジュンのものとほぼ同じデザインであったが、単行本[53]収録に際して異なったデザインに変更・修正された[注釈 22]）。一方、『テレビマガジン』の連載ではTVアニメ版準拠のデザインとなったアフロダイAが登場し[注釈 23]、連載第7回にて全壊した後、第9回からは後継機としてアニメ版同様にダイアナンAが登場した[58][注釈 8]。

「ローレライの歌」篇に登場するシュトロハイム・ハインリッヒ[82]博士が造ったロボットの名が、原作ではドナウα（アルファー）1であり、アニメ版第61話のラインX1とデザインも若干異なる。さらにドナウα1のボディの色が登場当初は黒く、ローレライ・ハインリッヒ[82] が合体することで青くなるという作中の台詞[82] があり、（モノクロの漫画版では黒いままで、変化しているのか視覚的には分からないものの）これは『美しき青きドナウ』に因んだ設定と思われる（OVA『CBキャラ 永井豪ワールド』第3話「これが最後だバイオレンスジャック!」にて1カット出演をしているが、この時のカラーは青であった）。ドナウα1とマジンガーZとの激闘は、ジャンプ掲載時にはわずか数ページで決着がついてしまったため、ジャンプコミックスおよびサンコミックスへの収録時の2度に渡り（それぞれ11ページ、26ページ分）加筆されている[83]。ちなみにローレライの像があるのはライン川であり、ドナウ川ではない。なお、原作では機械獣リバーF9にあしゅら男爵が乗り込み遠隔操縦していた。

暗黒寺闇太郎警部は「やくざの息子が警察官になった」と自称し[84]、悪役的な言動を見せながらも甲児達に協力してドクター地獄の組織を追う敏腕警部という役どころであったが、アニメ版には登場していない。

TVアニメ版と異なり根拠地をバードス島から移転するエピソードはなく、地獄城は『テレビマガジン』連載第8回で唐突に登場する[85]。また、週刊『少年ジャンプ』連載時には（同時進行だったTVアニメ版においても）そもそもまだ地獄城は登場していなかったが、KCコミックス『グレート・マジンガー』第1巻への「マジンガー軍団編」収録の際の加筆修正では、バードス島が地獄城に描き直されている[86]。なお、後の『改訂版 マジンガーZ』第4巻では、地獄城のことをドクター地獄が“バードス島”と呼んでいることから、バードス島が地獄城に改造されたと解釈することもできる[87]。

登場キャラクター

ここではTVアニメ版と違う点のみ表記する。
兜 甲児（かぶと こうじ）
前作『ハレンチ学園』に登場した“山岸くん”こと山岸八十八（やまぎしやそはち）の発展形として設定した、と永井がインタビューで後に語っている[88][注釈 24]。アニメ版では、兜邸にルミというお手伝いさんがいたが漫画版にはおらず、甲児が料理を担当している描写から家事全般をこなしているのではないかと思われる[90]。永井によれば、最初の名前は風 進（かぜ すすむ）だったが、Zのイメージで変えたと言う[91]。