『別冊少年ジャンプ』（集英社）の1972年12月号 - 1973年9月号。
作画は、桜多吾作。永井豪の週刊少年ジャンプからの移籍に伴い、連載終了[注釈 15]。ほかに少年ジャンプ増刊1973年4月10日号、1973年8月10日号にも執筆している。

『冒険王』（秋田書店）の1973年10月号 - 1974年9月号、1974年お正月大増刊号、1974年夏休み大増刊号。
作画は、桜多吾作。別冊少年ジャンプからの連載を引き継ぎ、完結まで連載される。

『別冊冒険王映画テレビマガジン』（秋田書店）の1973年9月号 - 1974年2月号。
作画は、桜多吾作。1973年9月号は新連載予告漫画。

『おともだち』（講談社）の1973年1月号 - 1974年10月号。
作画は、桜多吾作。1974年10月号の3ページ目から『グレート★マジンガー』に改題。

『ディズニーランド』（講談社）の1973年1月号 - 1974年9月号。
作画は、桜多吾作。毎回2ページで、第6回以降は機械獣が登場しない教育絵本的な内容となる。

『テレビランド』（徳間書店）の1973年9月 - 1974年8月号。
作画は、氷魚章（1973年9月 - 11月号）、宮本コジロー（1973年12月号 - 1974年1月号）、天保革（1974年2月号 - 8月号）[64]。

ほかに『週刊漫画ゴラク』にて連載された『激マン!』の中で、連載当時を振り返る形で『マジンガーZ』が作中劇として新規にリメイク版で描かれている。

ストーリー

ここではTVアニメ版と違う点のみ表記。

兜十蔵博士は、地震で瓦礫の下敷きになって死亡する[注釈 16]直前、息子夫妻を実験中の事故で死なせたことへの償いから、孫の甲児に、光子力を動力にする超合金Z製のロボット「マジンガーZ」を与えた。十蔵のビジュアルや言動はアニメ版より遥かにマッドサイエンティスト風に描かれている。

偶然、時同じくしてドクター.mw-parser-output ruby.large{font-size:250%}.mw-parser-output ruby.large>rt,.mw-parser-output ruby.large>rtc{font-size:.3em}.mw-parser-output ruby>rt,.mw-parser-output ruby>rtc{font-feature-settings:"ruby"1}.mw-parser-output ruby.yomigana>rt{font-feature-settings:"ruby"0}地獄（ヘル）の巨大ロボット群（機械獣）を使った日本侵攻が始まり、甲児はマジンガーZを操って、ヘルの野望を打ち砕くために戦い始める。

甲児が最初にZを起動させた際、アニメ版は誤ってシローを踏みつけそうになる程度だが、漫画版では甲児の本意ではないにせよ市街地で大暴れしている。

アフロダイAはマジンガーZと同じく兜十蔵博士の設計[66]（TVアニメ版では弓教授が開発したとされる[67]）。

ドクター地獄（ヘル）の部下、あしゅら男爵とブロッケン伯爵の出自（アニメ版の設定である「ミケーネの貴族夫婦のミイラを一体化した」「ナチスの鬼将軍のサイボーグである」などといった）説明は、漫画版ではいっさいない。週刊『少年ジャンプ』連載時には登場しなかったピグマン子爵は、後に『テレビマガジン』連載時（第11回）に登場する。

ヘル一味の主力兵器が巨大ロボット「機械獣[注釈 17]」なのは同じだが、ジャンプ連載版だけでもドグラS1・マグラF2、バマラスY1、マリオN7、グロゴスG5など、アニメ本編未登場の機械獣が多く存在し、テレビマガジン連載版に至っては連載第8回登場のスゲルトンO7（正確にはTVアニメ版ではスケルトンO7）を除いて、全て漫画版オリジナルでアニメ未登場[注釈 18]。

漫画版とアニメ版の双方に登場した機械獣でも、バジンB9→エルキネスK2、ゴーストファイアーV9[73][注釈 19]→グレン・ゴーストC3、バルガス→ベルガスV5といった具合に漫画とは名前が変更されたり、キングダンX10やグロッサムX2のように能力・武装が変更された例も多い。

『週刊少年ジャンプ』連載版にボスは登場するが、アニメ版の放映中に連載が終了したためボスボロットは登場しない（ボロットは『テレビマガジン』連載版第4回にて唐突に登場することになる[注釈 20]）。ボスはアニメ版よりも甲児の恋敵・悪友的な要素が強調されている。

ヒロインの弓さやかは勇敢な少女ではあるが、アニメ版よりはおしとやかな性格になっており、甲児に対しても素直に好意を示している[注釈 21]。愛機アフロダイAは機械獣キングダンX10によって胴体を両断されたうえ[79]、収容された海底要塞サルードの自爆と運命を共にして喪失。後継機はビューナスAとなる（ジャンプ連載時は、後に『グレートマジンガー』に登場する炎ジュンのものとほぼ同じデザインであったが、単行本[53]収録に際して異なったデザインに変更・修正された[注釈 22]）。一方、『テレビマガジン』の連載ではTVアニメ版準拠のデザインとなったアフロダイAが登場し[注釈 23]、連載第7回にて全壊した後、第9回からは後継機としてアニメ版同様にダイアナンAが登場した[58][注釈 8]。

「ローレライの歌」篇に登場するシュトロハイム・ハインリッヒ[82]博士が造ったロボットの名が、原作ではドナウα（アルファー）1であり、アニメ版第61話のラインX1とデザインも若干異なる。さらにドナウα1のボディの色が登場当初は黒く、ローレライ・ハインリッヒ[82] が合体することで青くなるという作中の台詞[82] があり、（モノクロの漫画版では黒いままで、変化しているのか視覚的には分からないものの）これは『美しき青きドナウ』に因んだ設定と思われる（OVA『CBキャラ 永井豪ワールド』第3話「これが最後だバイオレンスジャック!」にて1カット出演をしているが、この時のカラーは青であった）。