2016年10月、『ゴジラ キング・オブ・モンスターズ』の脚本をザック・シールズと共に執筆することが発表された[7]。その翌日には『ゴジラ・キング・オブ・モンスターズ』の監督を行う交渉が行われていることも報じられ[8]、2017年1月にドハティが同作の監督を務めることが正式に発表された[9][10]。

イラストレーション作品の制作も行っており、公式ウェブサイトでいくつかの作品が公開されている[11]。
フィルモグラフィ

X-MEN2 X2（2003年、サターン賞脚本賞ノミネート） - 脚本

ルール　封印された都市伝説 Urban Legends: Bloody Mary（2005年）- 脚本

スーパーマン リターンズ Superman Returns（2006年、サターン脚本賞受賞） - 原案・脚本

ブライアン・シンガーの トリック・オア・トリート Trick 'r Treat（2007年、Toronto After Dark Film Festival・Silver Audience Award受賞、Screamfest Horror Film Festival・Audience Choice Award受賞） - 監督・脚本・製作総指揮

Trick 'r Treat: Making Friends（2010年、ショートフィルム） - 監督・脚本・製作総指揮

クランプス 魔物の儀式 Krampus（2015年） - 監督・脚本・製作

X-MEN:アポカリプス X-Men: Apocalypse（2016年） - 原案

ゴジラ キング・オブ・モンスターズ Godzilla: King of the Monsters（2019年） - 監督・原案・脚本

ゴジラvsコング Godzilla vs. Kong（2021年）- 原案

漫画

ブライアン・シンガーやDan Harrisとともに、映画『スーパーマン リターンズ』の前日譚を描くコミック4作にプロットを提供している。これらは2006年6月にDCコミックスによって出版され、映画『スーパーマンII』と『スーパーマン リターンズ』を繋ぐ作品となった。

Superman Returns: Krypton to Earth
4作のうち最初の作品で、スーパーマンの起源や、スーパーマン不在の世界がどのように変わったかを描く。

Superman Returns: Ma Keny
ブライアン・シンガーによって考案され、カール・ケルシュルによって描かれた2番目の作品。スーパーマンを育てた女性、マーサ・ケント（Ma Keny）の人生にスポットライトを当て、そして彼女がどのようにスーパーマン不在の世界で生き残ったかを探る。

Superman Returns: Lex Luthor
スーパーマンの宿敵レックス・ルーサーはいつもスーパーマンのいない世界を夢見ていた。 彼が何年も待ち望んでいた世界が実現したとき、彼はどうしたのかを描く。

Superman Returns: Lois Lane
ロイス・レインは最愛のスーパーマンを失った。この勇敢な記者が、その悲しみから抜け出すまでを描く。

2015年、Todd Casey、Zach Shields、Marc Andeykoとともにブライアン・シンガーの トリック・オア・トリートに繋がるコミック作品となる「Trick' r Treat：Days of the Dead」を制作した。この作品は4つの短編で構成されており、古代アイルランドの休日のルーツをさかのぼる、さまざまなキャラクターや文化を描いている。

2015年後半、Todd Casey、Zach Shields、Laura ShieldsとともにKrampusと繋がる作品となる「Krampus: Shadows of Saint Nicholas」を制作した。この作品はKrampusの神話を広げる3つの物語で構成されている。
参考文献^ “The New York Times”. The New York Times. 2012年1月19日閲覧。
^ ⇒TRICK 'R TREATing with Michael Dougherty Archived October 28, 2009, at the Wayback Machine.
^ “ ⇒Michael Dougherty talks ''Trick 'r Treat'' at FEARnet”. Fearnet.com (2015年1月5日). 2015年1月12日閲覧。
^ Stax (2003年4月16日). “ ⇒''10 Questions: Mike Dougherty & Dan Harris''”. Movies.ign.com. 2015年1月12日閲覧。
^ Barton (2014年12月19日). “ ⇒Mike Dougherty and Legendary Spread Some Christmas Fear”. Dreadcentral.com. 2015年1月12日閲覧。
^ Lesnick, Silas (2014年9月22日). “ ⇒Bryan Singer Confirmed to Direct X-Men: Apocalypse”. 2014年9月23日閲覧。
^ Kroll (2016年10月20日). “Michael Dougherty and Zach Shields to Write ‘Godzilla 2’ for Legendary (Exclusive)”. Variety. 2016年10月20日閲覧。
^ Hayes (2016年10月21日). “ ⇒Exclusive: ‘Godzilla 2’ May Be Helmed by ‘Krampus’ Director Michael Dougherty”. Screen Crush. 2016年10月21日閲覧。
^ Kroll (2017年1月23日). “‘Godzilla 2’ Finds Director in Michael Dougherty”. Variety. 2017年1月23日閲覧。