1982年、イルカ漁に抗議するために訪日し、朝日新聞から「イルカの使者」と呼ばれた[35]。イルカ漁を止めれば1頭につき100ドルを支払うが、止めないならばシー・シェパード2世号を自沈させて港を封鎖すると脅したが[36]、長崎県壱岐で県水産部次長と話し合いをもった結果、漁民はイルカを積極的に捕獲しているのではないという説明に納得して何もせずに帰った[35]。

2010年6月に、海上保安庁は調査捕鯨を妨害した容疑でポール・ワトソンの逮捕状をとり、国際刑事警察機構（ICPO）に青手配（犯罪に関連していないか追加情報の提供を求める）を請求し、ICPOが各国にこれを実施したが、ポール・ワトソンは共同通信の電話取材に対して「日本政府はわれわれが（次の捕鯨シーズンに）南極海に行くのを阻止しようと、あらゆる手段を取ろうとしている」と政治的な意図があると批判した。逮捕状に関しては「全く心配していない」と強調した[37]。

2010年、シーシェパードの抗議船アディ・ギル号は日本の捕鯨監視船第2昭南丸と衝突し沈没したが、アディ･ギル号元船長のピーター・ベスーンに「ワトソンがPR目的のために、沈めるよう指示を出した」と自作自演行為であったことを暴露され、「不正直だ」「道徳的に破綻している」と批判された。

2010年、CNNテレビのトーク番組に出演し「経済的に日本の彼らを痛めつけるのが、捕鯨中止への最善の方法」とし、「彼らはわれわれを殺そうとしているが、われわれは彼らを負傷させていない」と語った[38]。

2011年3月11日の東北地方太平洋沖地震の直後、ポール・ワトソンは「捕鯨を行う日本への海神ネプチューンの怒りが津波となって日本を襲った」とする内容を含む詩 Tsunami をオンラインで投稿した[39]。これらは震災の被害者を侮辱し、また、死者を冒涜する内容であることから、人種差別であると批判されている[40]。

ただ、ワトソン個人は宮本武蔵の『五輪書』を読んだ事があるため人種差別主義者ではないと言う擁護も日本の一部では存在する[41]。

2012年、海上保安庁は、ICPOが2010年6月にポール・ワトソンを青手配していた件を赤手配に格上げするようを請求し、2012年9月にICPOは赤手配を各国に実施した。

2015年、慰安婦問題や南京事件問題を例に「日本の教科書はまるでそうした出来事がなかったかのように残虐行為の言い逃れを行っている」などと批判。今後の展開として、(1)イルカの死が増加する (2)太平洋地域の魚の放射能レベルが増える (3)日本でのガン患者が増加する (4)政府は今後、ますます情報を押さえつける (5)2020年に日本でオリンピックは開かれない、と予測した。 事実として、シー・シェパードはすでに、2020年の東京五輪のボイコット運動も始めた。
私生活・性格

ワトソンは2度の離婚を経験しており（現在は3度目の婚姻）、最初の妻との間に娘をもうけている。1人目の妻スターレット・ラム[5]は、グリーンピース・ケベック支部、シーシェパード等の創立者。2人目の妻は元モデル、リサ・ディ・ステファーノで、彼女はサンファン島のフライデー・ハーバーに於けるマカ族に対しての反捕鯨キャンペーンの指揮官であった[25]。3人目の妻、アリソン・ランスは、動物保護運動家でシーシェパードのクルーである[42][43][44]。2015年2月14日、ロシア人のヤニナ・ルシノヴッチという動物保護運動家とパリで4度目の結婚をする[45][46]。2016年9月29日、ヤニナとの息子タイガーがアメリカニューハンプシャー州レバノンで生まれた[47]。

朝日新聞の電話取材に対して、動物から取られた食材は牛乳やチーズを含めて取らない徹底した菜食主義であると答え、その理由は家畜の飼育には大量の植物が必要であり環境に負荷がかかるからとした。鯨肉を食べたことがあるかとの問いには「ない。強制されたとしても絶対に食べない」と語った[48]。

2011年、2005年以来52万ドル（約4千万円）の報酬を受け取ったと報道された[49]。
フランス生活

日本と中米コスタリカが2000年代にそれぞれSSが起こした事件で逮捕状を用意した。両国政府は厳格に法を適用し、ICPOに国際手配を要請。これを受け、ドイツ治安当局が2012年5月に入国したワトソン容疑者をいったんは拘束した。しかし、保釈され、身柄送致の準備が進められていた同年7月、ワトソン容疑者は忽然とドイツから姿を消した。仲間の助けを借りて、フランスへ逃亡したのである。