ボーンはトレッドストーン作戦に残る唯一の工作員ジャルダを訪ね、ミュンヘンに向かう。ジャルダはボーンに、トレッドストーン作戦がコンクリンの死後閉鎖されたことを告げるが、彼を捕らえようとする。ボーンはジャルダを絞殺し、ガス爆発で彼の家を破壊する。ボーンはベルリンに行き、ランディを尾行してCIAの事務所を突き止め、ニッキー・パーソンズを指名して一対一で会いたいと連絡する。

ボーンはアレクサンダー広場でニッキーを誘拐し、彼女からアボットがコンクリンの上司であったこと、ネスキー・ファイルに関するエージェント殺害でボーンが追われていることを訊き出す。ボーンは一部の記憶を取り戻し、コンクリンの命令でネスキーを殺し、そこに居合わせたネスキーの妻に罪を着せて、自殺に見せかけて殺したことを思い出す。

コンクリンの元助手のダニー・ゾーンは、エージェントの死にボーンが関与しているという報告に矛盾を見つけ、それをアボットに説明するが、アボットに殺されてしまう。ボーンはアボットのホテルの部屋に忍び込み、彼がグレトコフと電話で会話し、2千万ドル盗難事件が彼らの共犯だったことや、アボットがグレトコフにボーン殺害を依頼しているのを聴く。ボーンがアボットに姿を明かすと、アボットは自分がファイル強奪を命じたこと、ボーンを罠にはめ、ゴアで口封じをするよう仕向けたことを告白する。ボーンはアボットの告白を録音したことを示して、銃をテーブルの上に置いて立ち去る。その直後にランディがアボットの元を訪れるが、彼は自殺する。その後、彼女の手元にはアボットの録音テープが届く。

ボーンはネスキーの娘イレーナを探すためにモスクワに向かう。キリルはグレトコフから再びボーン殺害を依頼され、ボーンを見つけて狙撃し、傷を負わせる。ボーンは盗んだタクシーで逃げ、キリルから追われて壮絶なカーチェイスの末、キリルに重傷を負わせて立ち去る。グレトコフは警察に逮捕される。ボーンはイレーナに会って、彼女の両親を殺害したのは実はボーンであり、母親が父親を殺害して自殺したというのは真実ではないと知らせて、彼女に謝って立ち去る。

しばらく後、ニューヨークの事務所にいるランディにボーンからの電話が入る。彼女は録音テープのお礼に、ボーンの本名「デビッド・ウェッブ」と生年月日・出生地を告げ、会わないかと誘う。向かいのビルから彼女を眺めながら話していたボーンは、彼女に「少し休め」と言い残して人混みの中に消えていく。
登場人物
ジェイソン・ボーン
演 - マット・デイモン記憶喪失から完全に回復していないが、それでいて、うろ覚えな部分があり、デジャブとなって苦しんでもいる。マリーと共にインドで暮らしている。しかし、マリーを殺害されてしまい、復讐、そして、これを機に失った記憶の謎を解き明かす旅に出る。
マリー・クルーツ
演 - フランカ・ポテンテジェイソンの恋人。右腕の刺青がトレードマーク。襲撃に巻き込まれて撃たれて殺害されてしまう。
パメラ・ランディ
演 - ジョアン・アレンCIA捜査官。不正送金事件の調査を行っているが、そこに現れた謎の男に金と文書を奪われる。
キリル
演 - カール・アーバン殺し屋。グレッコフに雇われている。
アレクサンダー・コンクリン
演 - クリス・クーパーCIAの人間。ボーンを殺害できなかったことでアボットに見切りをつけられて殺害された。
ワード・アボット
演 - ブライアン・コックスCIA長官。CIAに30年以上勤めている。パメラに計画のことを話す。
ニコレット"ニッキー"・パーソンズ
演 - ジュリア・スタイルズCIAの職員。コンクリンの補佐をしていた。事件の関係者としてパメラたちに尋問される。またボーンにも知っていることを話すように言われるなど、かなり不遇な体験をする。
マーティン・マーシャル
演 - トーマス・アラナ次官。指揮を執っている。
ダニー・ゾーン
演 - ガブリエル・マンコンクリンの部下。真相に近づいたことからアボットに殺害される。
トム・クローニン
演 - トム・ギャロップCIA本部の職員。ボーンの連絡先を突き止めるようにパメラに指示を受ける。
テディ
演 - ジョン・ベッドフォード・ロイドCIAの職員。ボーンの移動方法を警察やスパイ衛星の情報から突き止めるように指示を受ける。
グレツコフ
演 - カレル・ローデンロシアの大富豪。ペコス石油のCEO。カスピ海の石油採掘権を手に入れて石油王となった。ボーンを狙っている。
ジャーダ
演 - マートン・チョーカシュ「トレッドストーン」の工作員。ボーンと格闘になり敗北して死亡する。
キム
演 - ミシェル・モナハン監視チームの一員。
ジョン・ネビンス
演 - ティム・グリフィンCIAの職員。ボーンを尋問する。
イレーナ・ネスキー
演 - オクサナ・アキンシナロシアの改革派の政治家を父に持つ女性。父はおろか、母もボーンの手によって殺されている。
キャスト

役名俳優日本語吹替
ソフト版日本テレビ版
ジェイソン・ボーンマット・デイモン平田広明中村繁之
マリー・クルーツフランカ・ポテンテ湯屋敦子山崎美貴
パメラ・ランディジョアン・アレン小山茉美塩田朋子
キリルカール・アーバン根本泰彦津田健次郎
アレクサンダー・コンクリンクリス・クーパー菅生隆之野沢那智
ワード・アボットブライアン・コックス糸博瑳川哲朗
ニコレット"ニッキー"・パーソンズジュリア・スタイルズ沢海陽子本田貴子
マーティン・マーシャル次官トーマス・アラナ田原アルノ納谷六朗
ダニー・ゾーンガブリエル・マン宮本充成田剣
トム・クローニントム・ギャロップ古澤徹佐久田修
テディジョン・ベッドフォード・ロイド仲野裕
グレツコフカレル・ローデン内田直哉金尾哲夫
ジャーダマートン・チョーカシュ内田直哉
キムミシェル・モナハン田村聖子
ジョン・ネビンスティム・グリフィン樫井笙人
イレーナ・ネスキーオクサナ・アキンシナ


ソフト版：初回放送2012年9月30日『日曜洋画劇場』
その他：浅井清己、花輪英司、渡辺英雄、加藤将之テレビ朝日版追加キャスト：志村知幸、永木貴依子、川端麻衣日本語版制作スタッフ：演出：神尾千春、翻訳：栗原とみ子、調整：菊池悟史、制作：本田哲浩、ブロードメディア・スタジオ日曜洋画劇場にて放映された際には、ボーン、キリル、グレツコフの一部のロシア語の台詞の吹き替えがソフト版のキャストで追加収録された。また、ホテル・ブレッカーの従業員などソフト版では原語音声が流用されていた部分も新たに日本語に吹き替えられた。

日本テレビ版：初回放送2007年11月9日『金曜ロードショー』
その他：佐古真弓、谷昌樹、星野貴紀、藤原美央子、奥田啓人、斉藤次郎、をはり万造、加藤悦子、四宮豪
製作
企画

前作『ボーン・アイデンティティー』（2002年）の構想時には、続編を作る予定はなく、マット・デイモンもそうコメントしていた。ビジネスのために作られた続編にファンががっかりすることが多々あるからだ[4]。しかし、今回から監督をすることになったポール・グリーングラスの熱意や構想、復讐劇のようなストーリーにひねりを加えた脚本などを知ってやる気になったという[5]。
撮影

公開の2週間前になって、グリーングラスとデイモンは別のエンディングを思いつき、二人はプロデューサーを説得してデイモンは『オーシャンズ12』の撮影から抜け出してそのシーンを再撮影した。[6]
作品の評価