アメリカ合衆国の秘密プロジェクトとして、CIAが主宰した人間兵器作成計画「トレッド・ストーン作戦」の第1号として世へ送り出されたジェイソン・ボーンは、ある任務をきっかけに記憶を喪失してしまい、図らずも所属元のCIAから追われる。ボーンは記憶を取り戻す旅を続けながら、CIAと戦い、現場責任者であったコンクリンを追い詰めて恫喝して去る。しかし総責任者のアボットはコンクリンを暗殺、全ての責任を彼へ被せ「トレッド・ストーン作戦」を中止した。そして新たなプランとして「ブラックブライアー作戦」を開始する。しかし、イギリスの新聞記者サイモン・ロスが闇に葬られたはずの「トレッドストーン作戦」の存在を嗅ぎつけ内容を世間に暴露しようとする。ボーンは新聞記事を見てロスへ接触したが、ロスはCIAのスナイパーに射殺されてしまう。ボーンがロスの死の直前に聞いたのは「トレッド・ストーン作戦」の発展版「ブラック・ブライヤー（黒い荊棘）作戦」が進行中という情報だった。ロスへ接触した為、存在をCIAに察知されてしまったボーンは、またしてもCIAに命を狙われながら、自分を追う者の正体と自分が誰であるかを捜し求めて、再び動き始める。

登場人物
ジェイソン・ボーン
演 - マット・デイモンCIAが主宰した人間兵器作成計画「トレッド・ストーン作戦」の第1号。今でもCIAに追われている。サイモンの遺した手帳からも調査を始める。
ニッキー・パーソンズ
演 - ジュリア・スタイルズCIA職員。一時期ボーンと行動を共にしていた。
パメラ・ランディ
演 - ジョアン・アレンCIAのエージェント。かつてボーンの動向を追っていた。今回もボーン追跡に加わるがボーンにはそれなりの理解がある。
ノア・ヴォーゼン
演 - デヴィッド・ストラザーンCIA対テロ極秘調査局員。作戦の存在が外部に漏れることを恐れ、情報を特定されてしまった問題の収束に動き出す。
エズラ・クレイマー
演 - スコット・グレンCIA長官。未だにボーンを危険視している。事件の責任を問われ、更迭される。
アルバート・ハーシュ
演 - アルバート・フィニー博士。「トレッドストーン作戦」の関係者の一人。ボーン誕生となった張本人でもある。
サイモン・ロス
演 - パディ・コンシダインガーディアン紙の記者。ニールから新たな作戦についての情報を仕入れ、このことを世間に公表しようとする。
ニール・ダニエルズ
演 - コリン・スティントンCIAのマドリッド支局長。サイモンに情報を話す。ディシュに爆殺される。
ウィリス
演 - コーリイ・ジョンソンヴォーゼンの部下。
トム・クローニン
演 - トム・ギャロップランディの部下。
バズ
演 - エドガー・ラミレスヴォーゼンの仲間。暗殺を命じられる。
マーティン・クルーツ
演 - ダニエル・ブリュールマリーの兄。ボーンが妹の敵討ちをしたことを知り、更なる陰謀を暴くことをする意思を見届ける。
ワード・アボット
演 - ブライアン・コックス自白の録音音声。
ディシュ
演 - ジョーイ・アンサー暗殺者。ヴォーゼンにより送り込まれる。
キャスト

役名俳優日本語吹替
ソフト版フジテレビ版
ジェイソン・ボーンマット・デイモン平田広明三木眞一郎
ニッキー・パーソンズジュリア・スタイルズ沢海陽子百々麻子
パメラ・ランディジョアン・アレン小山茉美山像かおり
ノア・ヴォーゼンデヴィッド・ストラザーン小川真司大塚芳忠
エズラ・クレイマーCIA長官スコット・グレン伊藤和晃小林清志
アルバート・ハーシュ博士アルバート・フィニー大塚周夫石田太郎
サイモン・ロスパディ・コンシダイン田中完横堀悦夫