銃で撃たれて負傷した男がマルセイユ沖で漁船に救助される。船医に手当された男は記憶を失っており、手がかりは皮膚の下に埋め込まれていたスイス・チューリッヒの銀行の貸金庫番号を記したマイクロカプセルのみ。男は複数の言語を操り、海図の判読やロープワークまでこなせたが、自らの名前を含めた過去を思い出すことだけはできなかった。
回復した男は漁船が帰港した港で船を下り、スイスに行って銀行の貸金庫を開ける。その中身はパリ在住の「ジェイソン・ボーン」という名前が記されたアメリカ合衆国パスポートをはじめとして、彼の写真が使われているが様々な変名が記された多数の偽造パスポート、複数の通貨からなる大量の札束、そして拳銃だった。その男ジェイソン・ボーンは拳銃以外を持ち去る。ボーンが去った後、銀行の従業員はCIAのトレッドストーン作戦本部に連絡し、責任者コンクリンは地元警察に通報するとともに、3人の諜報員カステル、マンハイム、"教授"にボーン殺害を命じる。
CIA副長官アボットは、アフリカの亡命独裁者ウォンボシの暗殺未遂についてコンクリンに連絡し、コンクリンは暗殺に失敗したエージェントを始末すると約束する。ボーンは警察の目を逃れてアメリカ領事館に入るが、警備の海兵隊員に追われたため、その場にたまたま居合わせたドイツ人女性に札束を渡して自分のパスポートで現住所とされていたパリまで車で連れていってくれと頼み、その女性マリー・クロイツは承諾する。
パリに着いたボーンは現住所とされていたホテルに連絡を取るが、彼のフランス版パスポートに記されていた氏名ジョン・マイケル・ケインは2週間前に死亡したと言われる。ボーンとマリーが泊まっていたアパートをカステルが襲撃して格闘になり、ボーンに逆転されたカステルは窓から身を投げて死んでしまう。マリーの車で警察から逃れた2人は、パリのホテルで一夜を過ごす。
一方、ウォンボシはパリの死体安置所にジョン・マイケル・ケインの死体を確認しに訪れ、それが偽物であることを見破ったため、コンクリンは教授に命じてウォンボシを暗殺する。ボーンは自分がケインを名乗って、ウォンボシのヨットに警備装置を付ける仕事に関係していたことを知る。パリ警察に追われたボーンとマリーは、マリーの友人イーモンとその子供たちが住むフランスの田舎の家に避難する。
アボットから対処を迫られたコンクリンは、ボーンの居場所を突き止め、教授を殺しに行かせる。教授はボーンに瀕死の重傷を負わされ、死ぬ前にトレッドストーン作戦とのつながりを明かす。ボーンはマリーとイーモン親子に身を隠すように言い含め、コンクリンに連絡して、パリのポン・ヌフに一人で来いと告げる。しかし、現れたコンクリンには会わずに彼らの車に追跡装置を仕掛け、CIAパリ支部の隠れ家までたどり着く。ボーンは侵入し、コンクリンとパリ支部員のニッキー・パーソンズに銃を突きつけ、自分が何者かを訊き出す。コンクリンはボーンがウォンボシ暗殺工作に失敗したエージェントであることを告げ、ボーンはその時のことを思い出す。当時ボーンはウォンボシを殺す寸前まで行ったが、彼の子どもたちがいたために殺害をためらい、逃走しようとして背中を撃たれて海に落ちたのだった。
ボーンはトレッドストーンを辞めると宣言し、コンクリンに自分を追わないように警告して去る。その直後にコンクリンはアボットの命で現れたマンハイムに殺される。その後、アボットは政府の委員会でトレッドストーン作戦を終了したことを報告し、それに代えて新たに「黒バラ（ブラックブライアー）作戦」に移行すると述べる。しばらくして、ボーンはミコノス島で観光客にスクーターを貸し出しているマリーを見つけ、2人は再会を喜び合う。
登場人物
ジェイソン・ボーン
演 - マット・デイモン記憶喪失の男。海を漂流していたところをジャンカルロに救出された。数か国語を喋れる高い知能と戦闘能力を持つ。体には銃創が残されており、臀部にはスイスの銀行口座を刻んだ特殊なカプセルが埋め込まれている。
マリー・クルーツ
演 - フランカ・ポテンテたまたま近くにいたというだけでジェイソンと関わった女性。26歳。ジェイソンをパリに送り届けることとなるが徐々に惹かれていく。
アレクサンダー・コンクリン
演 - クリス・クーパーアボットの部下。CIAの幹部で極秘作戦である「トレッドストーン」の現場責任者。ジェイソンの行方を追っている。ニクワナの殺害容疑をジェイソンに被せる。
ワード・アボット
演 - ブライアン・コックスCIA副長官。極秘で進められているトレッドストーン作戦の責任者。
ニクワナ・ワンボージィ
演 - アドウェール・アキノエ＝アグバエアフリカの某国の元独裁者。現在は亡命しているが何者かに狙撃されて殺害される。
教授
演 - クライヴ・オーウェンCIAの暗殺者。普段は家庭教師として潜伏している。コンクリンから指令を受けた。
ニコレット"ニッキー"・パーソンズ
演 - ジュリア・スタイルズパリ駐在のCIA職員。「トレッドストーン」の担当。
ダニー・ゾーン
演 - ガブリエル・マンコンクリンの部下。作戦の状況報告や調査を行っている。しかし次第にアボットに従う。
ジャンカルロ
演 - オルソ・マリア・グェリニ
役名俳優日本語吹替
ソフト版フジテレビ版
ジェイソン・ボーンマット・デイモン平田広明三木眞一郎
マリー・クルーツフランカ・ポテンテ湯屋敦子魏涼子