日本では東京大学、筑波大学、早稲田大学、慶応大学、上智大学、立教大学と協定関係にある。東京農工大学は研究拠点の一つがボン大学内にある[5]
学部ボン大学講堂「選帝侯宮殿(Kurfurstliches Schloss)」

以下の7つの学部を擁する。

Katholisch-Theologische Fakultat（カトリック神学部）

Evangelisch-Theologische Fakultat（福音主義神学部）

Rechts- und Staatswissenschaftliche Fakultat（法学・国家学部）

Medizinische Fakultat（医学部）

Philosophische Fakultat（哲学部）

Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultat（数学・自然科学部）

Landwirtschaftliche Fakultat（農学部）

研究科ボン大学図書館

全ての研究科に修士号、博士号取得プログラムがあり、プロジェクトテーマが随時提供されている。また、留学奨励制度「エラスムス・ムンドゥス」のある研究科も多い。
著名な学生

コンラート・アデナウアー　ドイツ連邦共和国初代首相

ハインリヒ・ハイネ　詩人

カール・マルクス　哲学者

フリードリッヒ・ニーチェ　哲学者

ルートヴィヒ・ヴァン・ベートーヴェン　作曲家

ヴィルヘルム2世　ドイツ帝国皇帝

マックス・ブルッフ　作曲家

ハンス・クナッパーツブッシュ　指揮者

マルクス・ガブリエル　哲学者

マキシム・コンツェビッチ　数学者

ウリケ・シェーデ　経済学者

ユストゥス・フォン・リービッヒ　化学者

著名な研究者

マルクス・ガブリエル（哲学）

アウグスト・ヴィルヘルム・シュレーゲル（文学）

エルンスト・モーリッツ・アルント（歴史学）

フリードリヒ・ヴィルヘルム・アルゲランダー（天文学）

カール・バルト（神学）

ベネディクト16世（神学、元ローマ教皇）

ハインリヒ・ヘルツ（物理学・音響工学）

ヨーゼフ・シュンペーター（経済学）

フリードリヒ・ケクレ（化学）

ヘルマン・フローン（地理学・気候学[6]）

ピーター・ショルツ（数学）

ハンス・ヴェルツェル（法学）

藤原静雄（法学）

ノーベル賞受賞者

オットー・ヴァラッハ（化学、1910年）

ヴォルフガング・パウル（物理学、1989年）

ラインハルト・ゼルテン（経済学、1994年）

ハラルド・ツア・ハウゼン（生理学・医学、2008年）

卒業生・留学生

岡室博之（経済学）

赤城毅（西洋史学）

平場安治（法学）

福田平（法学）

マイケル・アマコスト（法学）

サブリ・キチマリ（政治哲学）

ホセ・ヨンパルト（法学）

脚注^ 公式ウェブサイト
^ 公式ウェブサイト
^ Gertrude Cepl-Kaufman / Antje Johanning: Mythos Rhein. Zur Kulturgeschichte eines Stromes. Darmstadt: Wissenschaftliche Buchgesellschaft 2003 (ISBN 3-534-15202-6), S. 37.