1970年代初頭のロンドン、ゾロアスター教徒ペルシャ系移民出身の青年ファルーク・バルサラは、移民差別を受けつつも音楽に傾倒していた。ある日ファルークはファンだったバンド「スマイル」のメンバーでギタリストのブライアン・メイ、ドラマーのロジャー・テイラーに声をかけ、ヴォーカリストが脱退したばかりの同バンドに見事な歌声を披露して新しいヴォーカル兼ソングライターとなり、同じく新メンバーのベーシスト・ジョン・ディーコンとともに新生バンドをスタートさせる。厳格な父とは折り合いが悪く、活動の再出発を前に、自分のルーツを嫌って「フレディ」と名乗り始めた。

同じ時期、フレディはケンジントンのお洒落な人気ブティック「BIBA」の店員メアリー・オースティンと知り合い恋に落ちる。「クイーン」と改名したバンドは、ワゴン車を売却してアルバムを自主制作する。レコーディングの様子を目に留めたEMIのA&Rジョン・リードは彼らをスカウト、ポール・プレンターが担当マネージャーとなる。フレディはさらに名字を「マーキュリー」に改名、デビュー・世界各国でのツアーとクイーンが躍進する中、フレディはメアリーにプロポーズする。

やがてクイーンはEMIの重役レイ・フォスターからヒット曲「キラー・クイーン」の路線を踏襲する曲を制作するよう命じられるが、同じことの繰り返しを嫌う彼らは反発する。フレディはオペラをテーマとしたロック・アルバムを作ると提案し、郊外での曲制作とレコーディングが始まる。メンバーの喧嘩を交えつつも、熱意を注いで完成されたアルバム『オペラ座の夜』の出来に彼らはおおいに満足する。しかし6分という長さと斬新な構成の曲「ボヘミアン・ラプソディ」のシングルカットを、フォスターは「ラジオでかけてもらえない」と認めずクイーンと徹底的に対立。しかしフレディ自らラジオに出演し、「本来ならラジオで聴けない曲」と同曲を独占放送、マスコミには酷評されるが大ヒットする。

その後クイーンはスターダムを駆けていくが、ツアーで多忙になる中、フレディは自身のセクシャリティに気づいていき、メアリーに自分はバイセクシャルだと告白する。しかし既に彼の本心を察していたメアリーは、彼にゲイだと指摘し、なおも彼女を求めるフレディと距離をおき他の男性と付きあうようになる。孤独を深めるフレディはパーティー三昧の生活に溺れるが、その場でジム・ハットンと出会う。ハットンに恋愛感情を抱くフレディは再会を希望するが、ハットンは「本当の自分を取り戻すことができたら再会しよう」といい、去っていく。一方で、それぞれに家族をもち、孤独をわけあえないメンバーとの確執が増し、フレディのセクシュアリティをスキャンダラスに晒そうとするマスコミとの対立による混乱、ポールの誘導によりリードを一方的に解雇するなどのトラブルを経て、高額のソロ活動契約を結んだことをきっかけに、決定的に仲間割れしてしまう。そんな中、新しくマネージャーに就任したジム・ビーチが、チャリティーイベントライヴエイドの件を実質的にフレディのマネージャーになっているポールに伝えるが「忙しいから」とフレディには取り次いで貰えない。

そんなことは知らずに、フレディはソロ契約履行のためにソロアルバム作成に没頭するが、極めて難航する。その苦しみから逃れるために、ドラッグや酒に溺れ、乱れた生活をしているうちに、フレディに体調悪化の兆しが見え始める。そんなフレディのところに、連絡がつかないことを心配したメアリーが訪れる。フレディは突然の来訪に喜ぶが、メアリーから妊娠を告げられ衝撃を受ける。その時、不意に発してしまったフレディの一言にメアリーは傷つく。フレディに対してメアリーは、彼の本当の居場所はクイーンであり、バンドメンバーこそがそのファミリーであること、ここにいてはいけないことを強く諭す。フレディは目を覚まし、メアリーの妊娠を祝福するとともに、ポールとの完全な決別をする。

バンドへの復帰を熱望するフレディはメンバーとの交渉の場を持つ。わだかまりを隠しきれないメンバーは難色を見せるものの、彼の熱意に折れ、今後の作品は全てクイーン名義とすることなどを取り決めた上で復帰を了承する。そしてフレディはライブエイドへの出演を提案し、それが決定する。

体調不良を感じていたフレディは検査をし、自らがエイズに感染していることを知り、リハーサルの場で自らの病と死ぬ運命であることをメンバーに告げる。メンバーはその告白に強い衝撃を受けるも、ライブエイドでの成功を固く誓い合う。

全てを取り戻したフレディは、ジム・ハットンを探しだして再会し、以降交際する。ライブエイド当日、ハットンを連れフレディは実家に戻り、家族に「友人」と紹介する。父母も妹も全てを理解し、受け入れる。ウェンブリーのライブエイドステージに立ったクイーンは、約20分のパフォーマンスで会場の群衆とテレビ生中継の視聴者たちを熱狂に導き、チャリティーイベントとしても大成功させて出番を終える。ラストでは、実際のフレディおよびクイーンの映像とともに、1991年にフレディの死と、彼の生涯の最期までハットンが添い遂げ、メアリーが友人として支え続けたこと、フレディの名を冠したエイズ患者支援基金『マーキュリー・フェニックス・トラスト』が設立されたことが語られる。
キャスト

※括弧内は日本語吹替[9][10][注釈 4]。

フレディ・マーキュリー - ラミ・マレック[12]（櫻井トオル）
ゾロアスター教徒ペルシャ系移民出身の青年。本名はファルーク・バルサラ。リトル・リチャードなどのファンだった。

メアリー・オースティン - ルーシー・ボイントン[13]（川庄美雪）
人気ブティックの店員。フレディの終生の友人となる。

ブライアン・メイ - グウィリム・リー[14]（北田理道）
バンド「スマイル」のギタリスト。学生時代は天文学を専攻。

ロジャー・テイラー - ベン・ハーディ[14]（野島裕史）
バンド「スマイル」のドラマー。学生時代は歯科を学ぶ。

ジョン・ディーコン - ジョゼフ・マゼロ[14]（飯島肇）
バンド「スマイル」のベーシスト。

ジョン・リード（英語版） - エイダン・ギレン[15]（志村知幸）
EMIのA&R。クイーンを発掘し、EMIに引き入れた人物。

ポール・プレンター - アレン・リーチ[16]（鈴木正和）
クイーンの担当マネージャー。アイルランドのベルファスト出身。後にフレディと恋人関係となる。

ジム・ビーチ（英語版） - トム・ホランダー[15]（赤城進）
プレンターに代わる新しいマネージャーで弁護士。ファミリーネームの「ビーチ」からフレディに”マイアミ”の愛称で呼ばれるようになる。

レイ・フォスター - マイク・マイヤーズ（咲野俊介）
EMIの重役（実在しない人物）。「ボヘミアン・ラプソディ」に対して否定的な姿勢を示し、クイーンの4人から反抗を受ける。

ジム・ハットン - アーロン・マカスカー（花輪英司）
フレディのゲイとしての恋人。

ジャー・バルサラ - メネカ・ダス（佐々木優子）
フレディの母親。

ボミ・バルサラ - エース・バティ（英語版）（加藤亮夫）
フレディの父親。

カシミラ・バルサラ - プリヤ・ブラックバーン（夏目あり沙）
フレディの妹。

ボブ・ゲルドフ - ダーモット・マーフィ（英語版）（小林親弘）
ライブエイドの主催者。

ケニー・エヴェレット - ディッキー・ボウ（浜田賢二）
ラジオのDJ。

ティム・スタッフェル - ジャック・ロス
バンド「スマイル」のフレディの前任者のボーカル。

デヴィッド - マックス・ベネット（英語版）（下川涼）