ボストンは、多くの地区（ネイバーフッド、公式なものは21地区）に分かれており、その多様性からシティー・オブ・ネイバーフッズとも呼ばれる[64]。バックベイ地区とサウスエンド地区の多くは、埋立地の上にある。このことはバックベイ（ベイ：湾）、サウスコーブ（コーブ：入り江）、フォートポイント（ポイント：岬）という地名にも名残として見受けられる。ボストンにはもともと「トリマウント」、つまり三つの丘があったが、そのうち二つの丘の土は埋立てに使われた。三つの中で一番小さかったビーコンヒルだけが、半分の高さのところまで今も残っている。ダウンタウン地区とそのすぐ周りの地域は、ほとんどが低層のブロック造りか石造りの建物から成っており、連邦様式の古い建築も多い。こういった古い建物が現代的な高層建築と混じり合っているのが、フィナンシャル・ディストリクト、ガバメント・センター、サウスボストンの臨海地区、バックベイといった地域である。バックベイ地区には、ボストン公共図書館、クリスチャン・サイエンス・センター、コープリー・スクエア、ニューベリー・ストリート、そしてニューイングランドで最も高い2大ビルであるジョン・ハンコック・タワーとプルデンシャル・センターなど、大きなビルが数多く建っている[65]。ジョン・ハンコック・タワーの近くにある旧ジョン・ハンコック・タワーには、有名な天気予報信号が付いている。イルミネーションの色がこれからの天気を示しており、青の点灯は晴れ、青の点滅であれば曇り、赤の点灯は雨、赤の点滅は雪を意味する（夏期は、赤の点滅はボストン・レッドソックスの試合が雨で中止になったという意味である）。これより小さな商業地区は、一戸建て住宅や木造・れんが造のテラスハウス（集合住宅）の間に散在している。現在、サウスエンドの歴史地区は、ビクトリア時代から残るまとまった町並みとしては全米最大の規模である[66]。
ボストン市街図 ダウンタウンおよびサウスボストンの地勢は、特に中央幹線・トンネル事業（通称ビッグ・ディグ）による変化が加えられた。埋め立てられたサウスボストンの不安定な土壌のため、同事業のトンネル掘削には特別な問題が生じた。ダウンタウン地区では、同事業により、中央幹線の見苦しい高架をなくすことができ、新しい緑地や公園を整備することが可能になった。 フィナンシャル・ディストリクトやビーコンヒルの近くにあるボストンコモンは、アメリカで最も古くからある公園である[67]。隣のボストン・パブリック・ガーデンとともに、フレデリック・ロー・オルムステッドがデザインしたエメラルド・ネックレス
チャールズ川ボストン
インナーハーバーボストンケンブリッジイースト
ボストンチャールズタウンノースエンドウェストエンドビーコンヒルダウンタウンチャイナタウンバックベイサウスエンドフェンウェイサウスボストンボストンコモン公共図書館プルデンシャル
センターボストン美術館バンカーヒル記念塔シンフォニーホール←ガバメントセンターボストン大学ハーバード大学マサチューセッツ工科大学
エメラルド・ネックレス
気候秋の紅葉とボストン遠景
ケッペンの気候区分では亜寒帯湿潤気候（Dfa）に属するが、基本的には湿潤大陸性気候と温暖湿潤気候の中間といってよい。ニューイングランド海沿い南部で典型的に見られる気候である。夏は通常高温多湿であるのに対し、冬は寒く、風が強く、雪が多い。陸から海に向かって吹く卓越風のため、大西洋の及ぼす影響は限定的である。
春は暑い日もあり、陸風の日は気温が90°F台（32?37°C）まで上がることもあるが、5月末でも冷たい海風のために40°F台前半（4?7 °C）にしかならないこともある。年間で最も暑いのは7月で、平均最高気温は28°C（82 °F）、平均最低気温は18°C（66 °F）であり、湿度が高い日が多い。最も寒いのは1月で、平均最高気温は2°C（36 °F）、平均最低気温は-6 °C（22 °F）である[69]。夏に32°C（90 °F）を超えること、冬に-12 °C（10 °F）を下回ることも珍しくないが、それらが長く続くことはほとんどない。記録最高気温は1911年7月4日の40°C（104 °F）、記録最低気温は1934年2月9日の-28 °C（-18 °F）である。2月に21°C（70 °F）まで上がったことが記録史上、1985年2月24日に一度だけある。3月の記録最高気温は、1998年3月31日の31°C（89 °F）である[70]。
北大西洋岸という場所は気温を和らげてくれているが、同時にノーイースターという強い北東風によって大量の降雨と降雪を生じる原因ともなっている[71]。平均降雨量は約108cm、平均降雪量は約104cmである[72]。
