フランケン系はフリードリヒ1世の代の1415年からは選帝侯としてブランデンブルク選帝侯領を治めるようになる。1525年に一族の傍流アルブレヒトがドイツ騎士団国を廃し、プロイセン公国を建てて初代プロイセン公となり、その子孫が絶えると1618年には本家のブランデンブルク選帝侯ヨーハン・ジギスムントがプロイセンを継承し、ブランデンブルク＝プロイセンが成立した。三十年戦争の際にはフリードリヒ・ヴィルヘルム（大選帝侯）が指導にあたった。1660年のオリヴァ条約によりプロイセン公国はポーランド・リトアニア共和国から独立した。選帝侯フリードリヒ3世はスペイン継承戦争でハプスブルク家に味方する見返りに「プロイセンの王」を名乗ることが許されたため、1701年にフリードリヒ1世として戴冠し、プロイセン王国が誕生する。

ヴォルテールと親交の深かったフリードリヒ2世は啓蒙専制君主として君臨、絶対主義下においてプロイセンを強化し、「大王」と呼ばれた。大王はオーストリア継承戦争や七年戦争に勝ち抜き、着々と領地を広げていった。フリードリヒ2世、フリードリヒ・ヴィルヘルム2世はロシア・オーストリアと共にポーランド分割を行なった。

1862年、オットー・フォン・ビスマルクが宰相になると、ヴィルヘルム1世の下、プロイセンを中心としたドイツ統一を成し遂げ、ドイツ帝国（正式国名はドイチェス・ライヒ）が誕生、列強の一員となる。第一次世界大戦で敗北後、ドイツ皇帝ヴィルヘルム2世が亡命してホーエンツォレルン家のドイツ支配は幕を閉じた。ヴィルヘルム2世の子孫はドイツで生活しており、現在の当主はヴィルヘルムの玄孫ゲオルク・フリードリヒである。
ホーエンツォレルン＝ヘヒンゲン家、ホーエンツォレルン＝ジクマリンゲン家