「ホワイル・マイ・ギター・ジェントリー・ウィープス」のレコーディングは、1968年7月25日にEMIレコーディング・スタジオのスタジオ2で開始された[20]。この日のセッションは、ハリスンがアコースティック・ギター（ギブソン・J-200）で弾き語り、それに対してポール・マッカートニーが曲に合うようにハーモニウムでコードを弾くという形式で行われた[21][20]。この日に録音されたテイク1が『ザ・ビートルズ・アンソロジー3』、テイク2が2018年に発売された『ザ・ビートルズ (ホワイト・アルバム)〈スーパー・デラックス・エディション〉』に収録された[20]。

8月16日にバンド編成でのレコーディングが開始され、ヘヴィなアレンジが施された[20]。レコーダーのトラック1にマッカートニーのベース、トラック2にハリスンのアコースティック・ギター、トラック3にレノンのオルガン、トラック4にリンゴ・スターのドラムが録音された[20]。14テイク録音されたなかから、最終テイクがベストとされ、2本目のテープにリダクション・ミックスする際に、ドラムとベースがトラック1、オルガンとアコースティック・ギターがトラック2にまとめられた[20]。なお、この過程でギターの音にフランジャーがかけられ、テープの回転速度が通常よりも遅くなった[20]。このためテンポが落ちて、キーも1音半低くなった[20]。

9月3日のセッションでは初めて8トラック・レコーダーが導入された[22][21]。この日のセッションで、テイク15が8トラック・レコーダーに移されてテイク16となり、これに対してハリスンは、2年前に「アイム・オンリー・スリーピング」のセッションで行ったように逆回転のギターソロが加えられたが、このテイクは破棄された[22][20]。5日に8月22日のセッションを最後に離脱していたスターが復帰[注釈 2][28][20]。この日もオーバー・ダビングが行われたが、2番目のバージョンも没となった[20]。