ヒゲペンギン Pygoscelis antarctica
マユダチペンギン Eudyptes sclateri
キマユペンギン Eudyptes pachyrhynchus
ハシブトペンギン Eudyptes robustus
イワトビペンギン
Eudyptes chrysocome
Eudyptes filholi
Eudyptes moseleyi
マカロニペンギン Eudyptes moseleyii
ロイヤルペンギン Eudyptes schlegeli
キンメペンギン属
キンメペンギン Megadyptes antipodes
コビトペンギン属
コビトペンギン Eudyptula minor
ケープペンギン属
ケープペンギン Spheniscus demersus
マゼランペンギン Spheniscus magellanicus
フンボルトペンギン Spheniscus humboldti
ガラパゴスペンギン Spheniscus mendiculus
ミズナギドリ目 Procellariiformes
コウノトリ目 Ciconiiformes
ペリカン目 Pelecaniformes・カツオドリ目 Suliformes
ペンギン目は海鳥・渉禽類（の一部）からなるクレード water birds の一員である。姉妹群は外洋性の海鳥のミズナギドリ目である。
ペンギン目は現生科に関しては単型である、つまり、ペンギン科のみが属す。
従来は1種とされてきたイワトビペンギン Eudyptes chrysocome sensu lato の3亜種は、遺伝子の比較により別種とする主張がある[4]。キタイワトビペンギン Eudyptes moseleyiのみを分化し、ヒガシイワトビペンギンをミナミイワトビペンギン Eudyptes chrysocomeの亜種とする主張もある[5]。
@media screen{.mw-parser-output .fix-domain{border-bottom:dashed 1px}}従来は種または亜種とみなされてきたハジロコビトペンギン Eudyptula albosignata は、コビトペンギンに含められ、さらにコビトペンギンの他の亜種と共に、亜種の地位も否定された[要検証 – ノート][6]。
かつてはロイヤルペンギンとマカロニペンギン、ハシブトペンギンとキマユペンギンを同種とする説もあったが、遺伝的差異は別種に相当する[3]。
以下の分類はClements Checklists ver. 2015・IOC World Bird List(v 7.1)、和名はイワトビペンギン類を除いて山階(1986）、英名はIOC World Bird List(v 7.1)に従う[1][7]
オウサマペンギン属 Aptenodytes
Aptenodytes forsteri コウテイペンギン Emperor penguin
Aptenodytes patagonicus オウサマペンギン King penguin
イワトビペンギン属 Eudyptes
Eudyptes chrysocome ミナミイワトビペンギン[5] Southern rockhopper penguin
Eudyptes chrysolophus マカロニペンギン Macaroni Penguin
Eudyptes moseleyi キタイワトビペンギン[5] Northern rockhopper penguin
Eudyptes pachyrhynchus キマユペンギン Fiordland penguin
Eudyptes robustus ハシブトペンギン Snares Penguin
Eudyptes sclateri マユダチペンギン Erect-crested penguin
Eudyptes schlegeli ロイヤルペンギン Royal penguin
コビトペンギン属 Eudyptula
Eudyptula minor コビトペンギン Little penguin
キンメペンギン属 Megadyptes
Megadyptes antipodes キンメペンギン Yellow-eyed penguin
ジェンツーペンギン属 Pygoscelis
Pygoscelis adeliae アデリーペンギン Adelie penguin