ヘッジドファンド（Hedged fund）という語は社会学者のアルフレッド・ウィンスロー・ジョーンズ（英語版）によってはじめて使われ[14][15]、1949年に同氏によりはじめて設立されたと言われるが、異説もある[16]。

ジョーンズは自らのファンドが「ヘッジド」（Hedged、「リスクヘッジ（英語版）が行われた」の意）としたが、これは当時金融市場での変動による投資リスクの管理を指す用語としてウォール街でよく使われていた[17]。

多くのヘッジファンドが1969年-1970年の不況（英語版）と1973年-1974年の株価暴落（英語版）で大損を出して廃業に追い込まれたが、ヘッジファンド1980年代後期に再び脚光を浴びた[15]。

1990年代、ヘッジファンドの数が大幅に上昇したが、これはインターネット・バブルによる株価上昇で増えた資金によって支えられ[14]、信託報酬が運用成績と連動したのと運用成績自体がよかったため多くの関心を集めた[18]。実際この時期には年率20から30% など、高リターンを達成することも珍しくはなかった[5]。その後の10年間、クレジット・アービトラージ、ディストレスト証券戦略、債券アービトラージ、定量戦略などの新しい投資戦略、さらには複数の投資戦略を使うヘッジファンドが現れた[15]。

21世紀のはじめ、ヘッジファンドは世界中で人気を集め、2008年にはヘッジファンドの運用資産（英語版）総計が1.93兆米ドルに上った[19]。しかし、2008年の金融危機では多くのヘッジファンドが解約を制限した結果、その人気も運用資産も減退した[20]。しかし、運用資産の総額は後に上昇に転じ、2011年4月には2兆米ドル近くになったと概算された[21][22]。また2011年2月時点ではヘッジファンドへの投資のうちの61% は機関投資家によるものであり、2008年末時点の45% と比べて大幅に上昇していた[23]。

2011年6月時点で運用資産が最も大きいヘッジファンドは上から順にブリッジウォーター・アソシエーツ（英語版）（589億米ドル）、マン・グループ（393億米ドル）、ポールソン・アンド・カンパニー（英語版）（352億米ドル）、ブレバン・ハワード（英語版）（310億米ドル）、オク＝ジフ・キャピタル・マネジメント（英語版）（294億米ドル）であった[24]。このうち、1位のブリッジウォーター・アソシエーツは運用資産をさらに増やし、2012年3月1日時点で700億米ドルになった[25][26]。2012年末時点ではアメリカの最大手ヘッジファンド会社241社の運用資産総計は1.335兆米ドルであった[27]。2012年4月、ヘッジファンドの運用資産総計が史上最高の2.13兆米ドルに上った[28]。

運用資産が増えた一方、ヘッジファンドの運用成績は2009年から2016年まで連続してS&P500指数（アメリカ）の騰落率にも及ばない成績を記録しており、2016年は再びヘッジファンド運用成績が8年ぶりに大きく悪化して大規模な資金流出が起こった[5]。2016年には、2008年の金融危機が起こったとき以上に多数のヘッジファンドが閉鎖している[5]。

2016年には大手投資家の引き上げが増加し、カリフォルニア州職員退職年金基金もヘッジファンドから撤退している[5]。

日本経済新聞は、世界的な「カネ余り」で資産規模が膨れあがったために運用が困難となっているのに加え、英国による欧州連合（EU）離脱や米大統領選などの政治状況に市場が振り回されて2016年の運用成績が大幅下落したことを受け、ヘッジファンドの影響力が世界的に「徐々に縮小していく可能性」があると報じている[5]。