2009年5月、フォックスはまず、プロジェクトを「リブート」として発表し[13]、その後すぐに1979年のスコットのSFホラー映画『エイリアン』の前日譚であるとした。スコットは物語を『エイリアン』の30年前の2080年という設定で、ウィーバー演じるエレン・リプリーも「オリジナル」のエイリアンも登場しないとした[14]。映画はスペースジョッキーのエイリアンの性質、起源、「驚異的な文明」[15]だけでなく、地球人類の起源の中の虚構の人為的役割が探られる。そのようなアイディアはエーリッヒ・フォン・デニケンの古代宇宙飛行士説についての著作に「部分的に」影響を受けている[16][14]。スコットはインタビューにて「映画は本当にタフで、本当に不愉快になるだろう。それは月のダークサイドだ。私たちは神とエンジニアについて話し合っているところだ。宇宙のエンジニアだ。そしてエイリアンは生物戦争のために創造されたのか?それとも惑星を一掃する生物なのか?」と述べた。ストーリーは、元々いくつかの草稿があったが、ウェイランド・インダストリーはユタニ・コーポレーションと合併する前であり、超光速航法とテラフォーミングを検討している段階である[17][18]。さらにスコットは、オリジナルのレチクル座ゼタIIが前日譚で登場すると発表した[19]。

スコットはプロデュースし、元CM監督のカール・エリック・リンシュに監督させようとしたが、『エイリアン』フランチャイズの権利を所有している20世紀フォックスはスコットが監督するのを望んでいた[20]。2009年7月までにスコットは監督に着任した。同時期に脚本家のジョン・スペイツはフォックスにアイデアを売り込み、スタジオとスコットはその内容を気に入り脚本家として雇われた[21]。この段階での公開予定は2011年12月だった。しかし、絵コンテ等は既に完成していたにもかかわらず、2010年9月に会社側からの予算削減要請に基づき、脚本家のデイモン・リンデロフがスペイツの脚本を改訂するために雇われた[22]。10月、リンデロフは改訂した脚本を20世紀フォックスに提出した。リンデロフの脚本とそれを基にした1億5千万から1億6千万ドルの製作予算にスタジオは喜んだ（スコットは当初、R指定として製作し、2億5000万ドルの予算を要求したが、残念なことに20世紀フォックスはそれだけの予算をPG-13でない映画に投資するのを嫌がった）[23]。なお、スペイツの書いたシナリオはネットに流出しており、スペイツ本人も本物と認めている。大まかに日本語訳されたものも存在し、大規模掲示板にて参照できる。

映画が「パラダイス」のタイトルで公開されるという噂があったが、20世紀フォックスによって否定された[24]。2011年1月、製作会社重役の提案により映画のタイトルは『プロメテウス』となり、2012年に公開されることがわかった[25]。スコットは以前、「新作は『エイリアン』シリーズの明確な前日譚である」とマスコミに語っていたが、それを訂正し『エイリアン』フランチャイズとの本作の結びつきは控え目であるとした。彼は「『エイリアン』シリーズが出発点ではあるが、創造のプロセスのなかで、新たな神話と宇宙へと進化した。シリーズとは異なるオリジナルな物語が展開されるが、ファンなら必ずそこに『エイリアン』のDNAを見いだすだろう」と述べた[26][27]。しかし2011年2月12日、ファスベンダーはMTVに対し、本作が『エイリアン』の前日譚であると話し、「『プロメテウス』は『エイリアン』に絶対に繋がる」「明確な接続静脈がある」と述べた[28]。2011年6月インタビューで脚本のデイモン・リンデロフは、『エイリアン』の前日譚ではあるが、別のストーリーに続くと主張し、「本当の前日譚は本質的にはオリジナル映画の出来事に先行する必要があるが、本作は同じ世界を舞台にするものの、完全に何か異なり、異なったキャラクターが描かれ、そして完全に異なったテーマを持っている。それがこの映画がなりたがっているものについての私の基本的な印象だ」と述べた[29]。