19世紀においてバルカン半島から中央アジアに至る広大な地域を舞台にイギリスとロシアとの間でいわゆる「グレート・ゲーム」が展開された。北から侵攻してくるロシア帝国は、1868年にはサマルカンドを占領してブハラ・アミール国を、1873年にはヒヴァ・ハン国を占領し、1876年にコーカンド・ハン国を占領して中央アジアにおける３ハン国をロシア帝国の保護国とした（トルキスタン総督府、ステップ総督府）。

1920年10月、労働者の蜂起が起こり、赤軍が首都を攻撃した。蜂起後、国王は逃亡し、革命委員会が権力を掌握し、独立国家と承認された。1924年、民族派共産党員の大部分が更迭され、ブハラ人民ソビエト共和国となった。
歴代君主
シャイバーニー朝
ハン

アブル＝ハイル・ハン（1429年 - 1468年）…ジョチの子シバンから7世の子孫ダウラト・シャイフの子。

シャイフ・ハイダル（1468年）…アブル＝ハイルの子


ムハンマド・シャイバーニー・ハン（1500年 - 1510年）…アブル＝ハイルの子シャー・ブダクの子

クチュクンジ・ハン（1510年 - 1531年）…アブル＝ハイルの子

アブー・サイード（1531年 - 1534年）…クチュクンジの子

ウバイドゥッラー・ハン（1534年 - 1539年）…ムハンマド・シャイバーニーの兄弟マフムードの子

アブドゥッラー1世（1539年 - 1540年）…クチュクンジの子

アブドゥッラティーフ（1540年 - 1552年）…ウバイドゥッラーの弟

アブドゥルアズィーズ…ウバイドゥッラーの子


ナウルーズ・アフマド・ハン（バラク・ハン）（1552年 - 1556年）…アブル＝ハイルの子セヴィンチ・ホージャの子

ピール・ムハンマド1世（1556年 - 1561年）…アブル＝ハイルの子ホージャ・ムハンマドの子ジャーニー・ベクの子

イスカンダル・ハン（1561年 - 1583年）…ジャーニー・ベクの子。ブハラに遷都。

アブドゥッラー2世（1583年 - 1598年）…イスカンダルの子

アブドゥル＝ムウミン（1598年）…アブドゥッラーフ2世の子

ピール・ムハンマド2世（1598年 - 1599年）…ジャーニー・ベクの子スライマーンの子

ジャーン朝（アストラハン朝）
ハン


ヤール・ムハンマド・ハーン…マンギシュラクの子。アストラハンから移住してくる。

ジャーニー・ムハンマド・ハーン…ヤール・ムハンマドの子

ディーン・ムハンマド・ハーン…ジャーニー・ムハンマドの長男

バーキー・ムハンマド（1599年？ - 1605年）…ジャーニー・ムハンマドの次男

ワリー・ムハンマド・ハーン（1605年 - 1611年）ジャーニー・ムハンマドの三男

イマーム・クリー・ハーン（1611年 - 1642年）…ディーン・ムハンマドの長男

ナーディル・ムハンマド・ハーン（1642年 - 1645年）…ディーン・ムハンマドの次男

アブドゥル・アズィーズ・ハーン（1645年 - 1680年）…ナーディル・ムハンマドの長男

スブハーン・クリー・ハーン（1680年 - 1702年）…ナーディル・ムハンマドの次男

ウバイドゥッラー1世（1702年 - 1711年）…スブハーン・クリーの長男

アブル・ファイズ・ハーン（1711年 - 1747年）…スブハーン・クリーの次男

アブドゥル＝ムウミン（1747年 - 1748年）…アブル・ファイズの長男

ウバイドゥッラー2世（1748年 - 1753年）…アブル・ファイズの次男

アブル・ガーズィー・ハーン（1753年 - 1756年、1758年 - 1788年/1789年？）…イマーム・クリーの孫サイイド・イブラーヒームの子

マンギト朝
アミール

ムハンマド・ラヒーム（1756年 - 1758年）…1753年にアミールを称し、1756年にハンを僭称した。

ダニヤル・ビー（1758年 - 1784年）…ムハンマド・ラヒームの叔父

シャー・ムラード（マスーム）（1785年 - 1799年）…ダニヤルの子、アミールを称する。

サイイド・ハイダル・トゥラ（1799年 - 1826年）…シャー・ムラードの子