西洋では、現在リコーダーと呼ばれている縦笛が古くから知られており、当初はこちらが「フルート」と呼ばれていた。12-13世紀ごろに東洋から6孔の横笛が入り、縦笛の技術を応用して作られたものが主ににドイツ地方で使われ、「ドイツの笛」と呼ばれていた（ドイツでの呼び名は「スイスの笛」）[8]。13世紀になるとフランスに、「フラウスト・トラヴェルセーヌ（フランス語: flauste traversaine；「横向きのフルート」の意）」といった名称が散見されるようになる[9]。ルネサンス期に入っても、ヨーロッパでは横笛はあまり一般的な楽器ではなく、軍楽隊や旅芸人などが演奏するだけのものであった。16世紀に入る頃から、市民の間で行われるコンソートと呼ばれる合奏の中で、横笛も次第に使われ、教科音楽でも用いられるようになった。左図はオーストリアのローラウ城ハラッハ伯爵家所蔵の『喜びを与えん』と題する絵画で[5][10]、横笛とリュート、歌唱によるブロークン・コンソートの様子が描かれている。この絵の横笛はテナーであるが、マルティン・アグリコラの「Musica instrumentalis deudsch」（1529）[11]にあるように、他にもソプラノ、アルト、バスといった種類があり（ただし16世紀半ばにはアルトはテナーに吸収されている）、これらを持ち替えながら演奏を行い、ホール・コンソートも行われていた。現在では、このような横笛を「ルネサンス・フルート」と呼んでおり[5]、古楽器として今も復元楽器が製作されている。ルネサンス・フルート（テナー、復元楽器）

少数がイタリアのヴェローナなどに残っているオリジナルの物は、木製の管で、内面は単純な円筒形ではなく、複雑な波型になっており、外面は歌口側がやや太い円錐形である。基本的に一体成型されて分割できないものが多いが、大型のバス・フルートなどには2分割構造のものもある。テナーの横笛の最低音はD4で、D-dur（ニ長調）の音階が出せるように作られており、いわゆるD管である。トーンホールが6つ開いているだけのシンプルな構造なので、キーを必ず右側にして構えるモダン・フルートとは異なり、左側に構えることもできる。軽快によく鳴るが、音域によって音量や音色がかなり変化する[5]。アグリコラの著作に記された運指法では半音は指孔半開で出せると記されているが、通常の演奏で半音を出すのはかなり難しい（内部が円筒形の復元楽器ではなく、オリジナルの物は内径の形状によっては半音が比較的出しやすいものもある[12]）。
バロック時代

17世紀初頭から始まったバロック時代、ルネサンス・フルートはピッチの調節ができない上、半音を出すのが苦手で、低音と高音の音色の違いが大きいといった欠点があったため、この時代に隆盛し始めた宮廷音楽では用いられなかった。17世紀は横笛にとって雌伏の時代であり、新たな工夫が加えられた横笛が改めて人気を博するのは、ジャック・オトテールとその一族がフランスでフルートを改良して広めた1680年代以降のことである[5]。

この時代も、単に「フルート」といえば縦笛（リコーダー）のことであり、現在のフルートの原型となった横笛はイタリア語で「フラウト・トラヴェルソ、フランス語で「フリュートトラヴェルシエール flute traversiere」、ドイツ語で「クヴェアフレーテ Querflote」すべて（横向きのフルート」の意）と呼ばれていた[5][10]。省略して単に「トラヴェルソ」とも呼ばれ、現代では「バロック・フルート」と呼ぶこともある。ソプラノからバスまでを使い分けたルネサンス・フルートと異なり、バロック・フルートの多くは、テナーのD管であり、次のような点がルネサンス・フルートと異なっている[5][13]。バロック・フルート（4分割型、復元楽器）
上方はピッチの異なる替え管

管体が3分割、のちに4分割されており、結合部を抜き挿ししたり管を交換することによって、ピッチの調節が可能になった。

トーンホールは7つに増え、上流側の6つはルネサンス・フルートと同様に指で直接ふさぐ。最下流の1つは指が届かないので、右手小指で押すと穴が開くシーソー形のキーが付いており[注 1]、この形態から「1キー・フルート（1鍵式フルート）」とも呼ばれている[14]。このキーのおかげで、ルネサンス・フルートには最も出しにくかった半音D#（E♭）が容易に出せるようになった[注 2]。

管の内面はルネサンス・フルートのような円筒形ではなく、頭部管から足部管に向かって次第に細くなる円錐形になっている。これによって、ルネサンス・フルートの明るく開放定期なものから、ややこもった暗い感じに音色が変化したものの、低音から高音まで音色の統一感が向上した。アムステルダムの木管楽器製作家リチャード・ハッカ（1645年 - 1705年）の作った3分割フルートが、現存する最古のバロック・フルートであるとされるが、この仕組みがいつ頃誰によって最初に考え出されたのかは定かではない[5]。

こうした改良によって高い表現力を身に着けた横笛は、オトテールとその一族が仕えるルイ14世の王宮で人気を得て、次第に縦笛に取って代わる存在となっていった。フランス音楽の受け入れに積極的だったドイツの宮廷ではフランスのフルート奏者を好んで雇用するようになり、そこからドイツ人のフルート奏者も育っていった。