2005年にはゲーム『スーパーロボット大戦J』にアニメ版1作目と2作目が登場し、2007年には『スーパーロボット大戦W』にアニメ版1作目と2作目に加えアニメ版三作目も登場した。2014年、及び2015年には『第3次スーパーロボット大戦Z』シリーズに初のボイス付きで参戦。天獄篇では原作小説版が初参戦。TVアニメ化に先駆けてARX-8レーバテインが映像化した。

立体物関係はリボルテックヤマグチ『No.59 レーバテイン』を皮切りにROBOT魂など数多くのシリーズでASが立体化されている。

2009年にハリウッドで実写映画の企画が発表された[注 1]。

2011年8月からは本作品の十数年後を舞台にした初のスピンアウト作品『フルメタル・パニック！アナザー』（著・大黒尚人、原案&監修・賀東招二）が連載開始され、2016年に完結。

2012年にカサハラテツローによる再コミカライズ作品が連載開始された。

2013年10月25日にシリーズ15周年を記念し『フルメタル・パニック！ Blu-ray BOX All Stories』が発売。

2016年12月23日にTVアニメ新シリーズ放送記念のオーディオドラマ『フルメタル・パニック！ 踊るベリー・メリー・クリスマス』が配信開始。

本忍と松嵜麗による朗読で、Audibleから2018年3月より2019年5月にかけて全12巻が、データ配信でオーディオブック化されている（前述のオーディオドラマとは異なる）。

2018年4月よりテレビアニメ第4作『フルメタル・パニック！ Invisible Victory』が放送。

2024年1月より、本編のクライマックスから約20年後を舞台とした後日談である『フルメタル・パニック！ Family』（著・賀東招二、イラスト：四季童子）の刊行が富士見ファンタジア文庫より開始された[11][12]。
あらすじ

この節にあるあらすじは作品内容に比して不十分です。あらすじの書き方を参考にして、物語全体の流れが理解できるように（ネタバレも含めて）、著作権を侵害しないようご自身の言葉で加筆を行なってください。（2020年12月）（使い方）

第1巻（戦うボーイ・ミーツ・ガール）

いかなる国家にも属さず、『軍事力による平和の維持』を目的とする対テロ極秘傭兵組織ミスリルは、軍事的な緊張状態にある紛争地帯などに出没し、強襲揚陸潜水艦「トゥアハー・デ・ダナン」や最新鋭の人型強襲兵器「アーム・スレイブ」などを送り込み、テロリストや紛争を起こす独裁政権を極秘裏に殲滅していた。

ミスリルの特別対応班に所属する最年少エージェント相良宗介は、都立陣代高校に生徒として潜入し、仲間と共に千鳥かなめを秘密裏にボディーガードするという特殊任務を与えられる。幼少時からゲリラや傭兵として激戦地を渡り歩いてきた宗介は、平和な日常での常識が皆無で、日本の生活に全く馴染めず失敗を繰り返すが、二人は次第に打ち解けていく。

そんな中、宗介のかつての仇敵でありミスリルの敵対組織アマルガムのガウルンが、沖縄への修学旅行中のかなめを拉致すべく学年全員を巻き込んで、ハイジャックを決行して北朝鮮へと着陸する。なぜ、かなめが狙われるのかさえ分からない絶望的な状況下で、援軍の到着を待つ宗介はひとり決死の反撃を開始する。

享楽的に戦闘を楽しむガウルンの駆る、謎の特殊兵器「ラムダ・ドライバ」を持つ新型アームスレイブとの戦闘により負傷した宗介らは、かなめを連れて逃亡するが、次第に敵の包囲網は狭まっていき包囲されてしまう。絶体絶命の窮地に陥ったその時、ダナンからの緊急展開ブースターにより射出されたミスリルの最新型アーム・スレイブ「アーバレスト」が、その姿を現すのであった。
第2巻（疾るワン・ナイト・スタンド）

ハイジャック事件から約2か月。ミスリル内での様々な思惑が絡み、名目上は護衛という形で、相良宗介は千鳥かなめ護衛任務を全うしていた。そんな中、成田空港の税関で、奇妙な行動を繰り返して職員に襲いかかった少年が逮捕された。タクマと名乗る少年と謁見したテレサ・テスタロッサは、彼にラムダ・ドライバ搭載ASを操縦する資質を感じ取るが、直後テロリストによる爆破事故に巻き込まれる。

タクマを確保したテッサは宗介に助けを求めるが、かなめを巻き込んでしまい、陣代高校へと避難をする。しかし、タクマの策略により居場所をテロリスト達に突き止められ、テッサとかなめは捕虜となっていまう。テロ組織『A21』に捕まった2人を救出すべく、宗介らは有明に停泊する大型コンテナ船に侵入し、かなめ達を救出したものの、全長40メートルを超える超巨大AS「ベヘモス」の起動を許してしまう。

圧倒的な質量とラムダ・ドライバの障壁を持つベヘモスに、通常のASはまったくの無力で、宗介たちは軽トラックで逃走を試みる。無敵のベヘモスを倒すべく、テッサは国際展示場「ビッグサイト」にアーバレストを投下するよう指示。アーバレストの射撃により、ベヘモスの弱点であるラムダ・ドライバの冷却装置を破壊され、自重を支えきれなくなったベヘモスは崩壊。操縦していたタクマは、姉と思い込んだテッサに抱かれたまま息を引き取った。
第3巻（揺れるイントゥ・ザ・ブルー）

トゥアハー・デ・ダナン出航1周年記念パーティーに招待される千鳥かなめは、些細な行き違いから相良宗介と険悪な関係となってしまう。そんな中、SRT要員の裏切り者・グェンとダニガンの手引きにより、ダナンがシージャックされてしまう。実行犯は、死んだはずの宿敵・ガウルンだった。

自らの命さえ賭けのチップにする享楽的な性格のガウルンは、指令室を占拠してAIダーナへのアクセス権を奪い、限界深度への潜航や米軍艦へのミサイル攻撃などを行った結果、米海軍の原潜による反撃を受けるなど、ダナンを窮地に陥れる。しかし、かなめのウィスパードとしての能力を用いて、艦内のレディ・チャペルでAIダーナとのアクセスを行い、艦の制御を奪い返すことに成功し、宗介の突入によってガウルンから指令室を奪還することに成功する。

指令室から逃亡したガウルンは、ASに搭乗して搭載した爆薬により自爆を試みる。宗介はアーバレストに乗り込み、ガウルンのASごとカタパルトで射出することで、絶体絶命のダナンを救うのであった。
第4巻 - 第5巻（終わるデイ・バイ・デイ上、下）

最悪のシージャック事件から2か月。相良宗介は命令のままに、千鳥かなめの護衛と戦場での任務をこなしていた。しかし、これまでの事件から「ARX-7アーバレスト」と宗介の重要性を鑑みたミスリル上層部の決定により、宗介はかなめ護衛任務終了を言い渡される。かなめとの接触を禁じられ、別れも言わずにミスリル作戦本部に戻る宗介だったが、かなめとの間を引き裂いたミスリル上層部への不満と、愛機と仰ぐべき機体アーバレストへの不信感が募る。

香港では謎のASが暴れ、内戦になりかねない事件が勃発していた。宗介は心にしこりを残したまま戦場へ出るが、任務に集中できずミスを犯し、そのまま任務を放棄して香港の街を放浪する。一方、一人残された千鳥かなめも正体不明の暗殺者に狙われていた。
第6巻（踊るベリー・メリー・クリスマス）

香港での戦いから2か月経った12月、激しい戦いを経て、今まで嫌悪していたアーバレストに愛着を持ち始めた宗介。アーバレストに搭載されている超高性能AI＜アル＞も自我を持ち始めていた。そんな中、ミスリルを裏切ったブルーノへの拷問と死んだガウルンの残した情報により、今までのテロの裏で糸を引いていた黒幕アマルガムの情報を得たミスリルはアマルガムへの先手を打つために作戦を開始する。
第7巻（つづくオン・マイ・オウン）

宗介の正体、かなめの正体に薄々気が付きながらも、彼らのために便宜を図ってきた林水元生徒会長に告げられたのは、かなめが学校を去らなければ深刻な事態になってしまうという警告だった。さらにかなめと宗介の前に現れたレナードから聞かされた「知ってはいけない情報を知ってしまったミスリルへの総攻撃」の警告。そして予告は現実となる。その日、磐石と思えたミスリルが、宗介とかなめの9か月間を見守った街並みが、<アマルガム>の猛攻に震えた。「彼女は、絶対に守る」ミスリルからのサポートも、かなめの協力も得られない絶望的な状況の中、宗介は愛機アーバレストでただひとり死闘へと向かう。
第8巻（燃えるワン・マン・フォース）

攫われた千鳥かなめ。大破したアーバレスト。崩壊したミスリル。全てを失った宗介は東南アジアの街ナムサクを訪れる。宗介はAS闘技場の闇バトルに参加するため、弱小チーム『クロスボウ』の操縦士を志願。整備士兼オーナーのナミや、気のいいフランス人ルポライター、レモンたちとの思いがけない穏やかな時間を過ごす宗介だったが、彼にはある目的があった。
第9巻（つどうメイク・マイ・デイ）

ナムサクでの死闘により瀕死の重傷を負った宗介はレモンに助けられ、コートニー中佐の元でひたすら回復とリハビリに努めていた。やがて判明する幽閉された千鳥かなめの居場所。無謀と知りつつも、かなめ奪還のため、自分の目的のために巻き込み犠牲にしてしまった少女の復讐のために、宗介達はアマルガムのアジトへ乗り込む。しかし圧倒的な戦力差と裏切り者が宗介を阻む。絶望的な状況の最中、最高の相棒と戦友が宗介の元へと集まっていた。