本部側にとってリスクの高い直営店では厳しい経営管理が要求され、本部にとってリスクの少ないFC店舗はオーナーによる経営管理まかせになることが多いので、直営店とFC店では消費者へのサービスの差が大きい傾向がある。その一方で、数年間にわたる店舗勤務の後にのれん分けのような形でフランチャイジーとなることができる壱番屋[7]や、フランチャイジーの希望者に何度も面接を行い他のオーナーの訪問も行った上でレポートを求めるモスバーガー[8]など、本部との意識共有を重視するフランチャイザーも存在している。
利点

FC店舗は、フランチャイザーにとっては低コストでの事業拡大を可能とする。すでに土地や店舗物件を有する（あるいは供出する）形で加盟店が参入するため、取得にかかる時間や費用を大幅に短縮できる。そのため、新事業を急速に拡大し、ブランドを確立するための方法として、様々な業種で採用されている。フランチャイズ展開後の収入においても、安定的なロイヤルティーが見込めるという利点を持つ。

一方のフランチャイジーにとっては、開業から実務にいたるビジネスのノウハウを比較的短期間かつ容易に身につけられる。しかも、フランチャイザーが持つブランド力、マーケティング力によって、初期段階から安定した経営が期待できるという利点がある。このことから、フランチャイズは業界経験のない人や大企業に勤務経験のある正社員が選択する傾向がある[9]。また、フランチャイズ加盟企業の業績に有意な影響を与えるのは業界経験のみであり、フランチャイズ加盟によって、開業者の経営資源の不足が補われ、スムーズな事業立ち上げに寄与している[9]。
欠点

FC展開はフランチャイザーにとっては、多数の店舗管理を必要とされるため、各フランチャイジーの質にばらつきが発生することがあるほか、計画通りの商品提供がなされない、自己のブランドイメージが傷付けられるといったリスクを伴う[10]。また、フランチャイジーは直接の資本関係のない事業者であるため、経営に問題があったと本部が判断したとしても、経営者の交代や強力な改善などができない。

フランチャイジーにとっても、ノウハウのほかに店舗の造作を本部の指示の元で作らなければならない。外観等に関しては地元業者に仕様書通りの施工を要求すれば問題ないが、什器備品は本部から購入しなければならないことが多いため、実勢価格より高価となる場合も多い。結果、開業に必要な資金は、加盟料等を加味すると独自に起業する場合よりも多く必要になる場合がほとんどである。

販売・飲食業であれば、材料の仕入れを本部から行う場合も多く、割高となりがちである。例えば、同業種にあたるコーヒー店がフランチャイジー化した場合、それまでベーカリー部門を持つ地元業者から仕入れていたサンドウィッチ等を、地域性に即した、利益率の高いメニューだとしても、提供できなくなる。この他にも、賞味期限が迫った商品を独自判断で値下げして廃棄を防ぐという方法が禁止される等、流通や事業展開において少なからず制約が発生し、オーナーのオリジナリティを発揮することは難しい。また、そういった本部によるマーケティング、立地条件、経営方針等に問題があったとしても、そのリスクをフランチャイジー側が負うことになる。契約内容にも拠るが、原則として赤字状態であってもロイヤルティーは払い続けなければいけない。

上記理由により、フランチャイジーの出店したフランチャイズ・チェーンはフランチャイザーによるレギュラー・チェーンよりも圧倒的に低い収益性となる。具体例としては、ダイエーグループ傘下時代のウエンコ・ジャパンが挙げられる。この会社は「ウェンディーズ」のフランチャイジーであると同時に、同業である「ドムドム」のフランチャイザーでもあった。フランチャイジー契約には出店目標が設定されており、これを達成するために「ドムドム」を閉店し、同じ場所に「ウェンディーズ」を開店するといったことも行われたが、フランチャイザーとフランチャイジーの収益性の違いのため、店舗の経営は悪化した（ウェンディーズも参照のこと）。ウェンディーズは2002年にダイエーから売却されたが、ドムドムは2017年までダイエー傘下での経営が続いた。

一方で、フランチャイザーが破産法により倒産した場合、フランチャイザーとフランチャイズ店は破産管財人の管理下に置かれることになる。この場合、ロイヤルティーの支払義務は不要となる他、フランチャイジーの店舗はフランチャイザーの破産管財人の管理下で営業を継続する、フランチャイジー自身が独立する、フランチャイジーの店舗自体を閉店するなどのケースに分かれる。破産したフランチャイザーが使用していた店舗名は、破産管財人が商号・商標を譲渡しない限り使用できない他、フランチャイザーが所有していた什器備品などは破産管財人により処分される事になる。フランチャイザーの破産によってフランチャイジー自身が独立した場合、什器備品や食材の調達などは独自に起業する場合と同様にフランチャイジーの負担となる他、賃貸契約も新たに契約しなければならない。フランチャイザー名義で借りていた店舗の賃貸契約は、破産手続開始の決定と同時に解約となる。
問題点

フランチャイズ展開の特性が生む欠点以外に問題視されているのは、フランチャイザー側が「経営の安定性」「高収入」「低リスク」を前面に出し、慎重なマーケティングや加盟希望者へのリスクの説明を適切に行っていない点である。そのため、大きな負債を抱えて廃業するフランチャイズ経営者も少なからず出てきているが、必ずしもフランチャイザー側の問題だけではなく、フランチャイジー側が事業のリスクに関する十分な知識を身に付けないまま開業したことが原因になっている場合もある。

損害賠償を求める経営者が増え、訴訟を起こした例もある。「フランチャイザーは事業成功の見込みが乏しいと分かっていながら、それを告げずにフランチャイズ契約を締結した」とした裁判では、詐欺罪などの刑事訴訟ではなく民事訴訟になることが多いため、民法や商法のみに従った判断がなされることが多い。現在の日本にはフランチャイジーを保護する特別な法律はないため、契約に基づいたフランチャイザーに有利な傾向がある。そのため、店舗経営やフランチャイズ展開について充分なノウハウを持たずに認識の甘い個人経営者を標的としたフランチャイザー、あるいは加盟金を騙し取ることを目的とした詐欺行為も出てきている。

また、フランチャイジーの従業員の過労死が問題となり、訴訟が起こされることもある[11]。フランチャイザーとフランチャイザーの経営方針の違いが対立を生む場合もあり、セブンイレブンでは、独自に深夜営業を休業したフランチャイジーとの対立が表面化し、フランチャイズ契約解除をめぐる訴訟問題へと発展した[12][13]。他にも、フランチャイジーで利益を出した店舗の近くに、フランチャイザーの直営店を出店させることで、フランチャイザー側はリスクの低い店舗拡大を実施できる。こういったフランチャイザーとフランチャイジーの競合が問題となる場合がある。
日本でフランチャイズを中心に店舗展開する大手企業