その日の日程が終了すると、レッドマーキーとオアシス以外のエリアはすべて立ち入り禁止となる。そのため開催期間中の中日であっても、夜遅くまで会場内に居座ることはできない。レッドマーキーなども午前4?5時には閉演する。開場は朝の9時以降となる。

以下、主なエリアを入場ゲートから近い順に記す。
ザ・パレス・オブ・ワンダー
入場ゲート前にあるテント施設で、チケットがなくても入ることが出来るフリーエリア。開催時間は22:30?翌朝5:00。巨大なオブジェに囲まれたテントでは怪しげな大道芸が行われ、カジノやバーといった大人の夜遊び施設が揃う。隣接するブース「ルーキー・ア・ゴー・ゴー」（旧称Levi's NEW STAGE）は、一般公募から選ばれた無名のインディーズバンドがプレイするステージ。夜間行われ、駆け出しバンドの実力が試される登竜門として定着している。かつてはくるりやASIAN KUNG-FU GENERATION、サンボマスターもここで演奏した。
レッド・マーキー
入場ゲートから最も近いフジロック唯一の屋内ステージ。勢いある新進気鋭のバンドを中心にハイテンションなライブが展開され、観客の盛り上がりはフジロックでも随一である。日付が替わる深夜から早朝まではクラブハウスとしてDJパフォーマンスが夜通し行われ、その日の日程が終了してもなお踊り足りないフジ夜遊び組のたちのレイブパーティー会場と化す。収容人数約5000人。
オアシス
およそ30以上の屋台が出店している総合飲食エリア。その中にある苗場食堂ではサプライズライブやDJプレイ、大道芸、サイン会などのミニ・イベントが催される。料理とお酒を交えた交流空間として、またレッドマーキーとともに深夜まで立ち入り可能なエリアとして常に賑わっている。
グリーン・ステージ
収容人数は4万人以上のメイン野外ステージ。毎年世界のビッグアーティストが登場し、記憶に残る数多くのショーを披露してきたフジの象徴。ゆるやかな傾斜が続くステージ後方は多くの人が寝そべったり腰掛けたりするリラックススペースと化しており、のんびりと音楽を聴くことが出来る。ただし、動員次第では夕方以降オールスタンディングとなる場合も多い。後方に車いすスペースと身体障害者や未就学児や妊婦、付き添い者が対象の一時休憩所である優先テントが設置されている。
ホワイト・ステージ
2番目に大きい屋外ステージ。通好みのラインナップが多く、実力派のバンドによる圧巻のパフォーマンスが繰り広げられることから「裏メイン」とも呼ばれる。収容人数は約1万5千人。
アバロン
山の斜面を利用したエリアでNGOテントやマッサージテントが設置され、フリーマーケットやワークショップが開かれることもある。その中にある小さなステージが「ジプシー・アバロン」で、アコースティックライブが披露されることが多い。収容人数約1000人。
フィールド・オブ・ヘブン
国籍も世代も超えたヒッピーな雰囲気で溢れ、多彩な音楽とピースフルなムードから最も「フジらしい」エリアとも呼ばれる。そのため固定客が多い。日が暮れてからは幻想的なイルミネーションで彩られフジの夜を演出する。収容人数約5000人。
オレンジ・コート
2003年から2014年まで、フィールド・オブ・ヘブンの奥にあったステージ。ジャズ系やラウンジ系のミュージシャン、さらにワールド・ミュージック系のステージというコンセプトの下に展開されるが、基本的にジャンルレスな音楽で終日溢れていた。初日の夜のみパーティーイベント「オールナイトフジ」が開かれ、朝までクラブ空間に変貌した。収容人数約5000人。
オレンジ・カフェ / バスカー・ストップ
2016年にオレンジ・コートがあった場所に新設置された。屋根つきの飲食・休憩エリアで、その奥にある小さなステージ「バスカー・ストップ」では主にトリビュート・バンドなどが出演することが多い。バンドが出演していない時間帯は、誰でも参加出来るオープンステージになる。
ストーン・サークル
2015年に新設置された。世界中から集めた打楽器がおいてあり自由にプレイできる。「スラックライン」の体験コーナーも併設。
カフェ・ド・パリ
パリに現存するキャバレー「ムーラン・ルージュ」をイメージした空間で、ポールダンスなどのパフォーマンスが行われる。2016年はここで「オールナイトフジ Supported by Heineken」が復活開催された。
キャンプ・サイト

苗場プリンスホテル後方、スキー場の広大な斜面を利用して会場宿泊客のためのテント設営エリアが設けられている。毎年、約1万7000人がここでテントを張って宿泊している。女性専用ゾーンやトイレ、シャワー設備、キャンプに関する相談所や食事処も完備されている。キャンプサイト券を購入した客のみ利用可能。テントを建てやすい平らな地面の立地はすぐに埋まる。また開催期間中はスコールなど荒天が多く、キャンプ初心者にはあまり望ましい宿泊手段とはいえない。2010年から新たにPyramid Gardenという和み空間が出現。キャンプサイト利用者限定で楽しめるステージも併設している。キャンプ・サイト
前夜祭

初日の前夜には地元の住民たちとの交流を深め、共に盛り上がる恒例の前夜祭が開かれる。盆踊り、抽選会、大食い大会といったベタな夏祭りイベントもフジの開幕とあって盛り上がりをみせる。最後は打ち上げ花火大会でフェスティバルの成功祈願と開会が宣言される。他にもレッドマーキーが開放され、DJ達によるオープニングパーティが催され時には出演バンドによるサプライズライブが行われることもある。過去に少年ナイフやBRAHMAN、ザ・クーパー・テンプル・クロースなどが前夜祭ライブを行っている。
主な出演者/歴史

一番上に表記されているバンド名が、ヘッドライナー（グリーン・ステージ）である。以下、他のステージの出演者も含む。
1997年

会場：山梨県富士天神山スキー場地区（台風の影響などの混乱により2日目は開催せず）

1日目（7月26日）2日目（7月27日）


レッド・ホット・チリ・ペッパーズ

エイフェックス・ツイン

レイジ・アゲインスト・ザ・マシーン

フー・ファイターズ

アタリ・ティーンエイジ・ライオット

サード・アイ・ブラインド

サザン・カルチャー・オン・ザ・スキッズ

ガールズ・アゲインスト・ボーイズ

THE YELLOW MONKEY

↑THE HIGH-LOWS↓

電気グルーヴ

THE MAD CAPSULE MARKET'S

ボアダムス

ズボンズ


グリーン・デイ

マッシヴ・アタック

ベック

プロディジー

リー・"スクラッチ"・ペリー

スクエアプッシャー

ウィーザー

マッド・プロフェッサー

ザ・シーホーセズ

スニーカー・ピンプス

布袋寅泰

audio active

少年ナイフ

TOKYO No.1 SOUL SET

1997年に、富士山のふもとの天神山スキー場で初めて開催された。2日間の予定であったが、台風の直撃により1日目から豪雨に見舞われる。会場内で雨をしのげる場所は少なく雨や寒さに対する備えが不十分な参加者が多かったこともあり、会場内やその周辺では体力を奪われて倒れる者が続出した。死者はでなかったものの、フェスは惨状を呈した。

会場へのアクセス道路は1本しかなく、駐車車両などによる渋滞によって交通は麻痺状態となり、移動に多くの参加者が徒歩で数時間も歩いた。トイレもない道路では多くの人々が周辺の私有地に立ち入って用を足したり、別荘地内で勝手にキャンプをしたりと会場周辺も混乱を極めた。2日目は朝から晴天となったものの、警察、地元自治体などからの要請や会場とその周辺の荒廃により、これ以上のイベント続行は不可能と判断した運営側が全てのプログラムを中止し、日本初の野外ロック・フェスティバルは、崩壊の状態となった。

また、駅と会場を結ぶ送迎バスが機能しなかったことにより、駅や荒天の会場で数時間にわたり立ち往生を余儀なくされたこと、案内スタッフが少数かつ不親切であったことなど多くの課題を残し、フェスの運営にも批判が集中した。
1998年

会場：東京都豊洲地区・東京ベイサイドスクエア

1日目（8月1日）2日目（8月2日）


ビョーク

ベック

イギー・ポップ

エルヴィス・コステロ

ニック・ケイヴ

ソニック・ユース

ステレオフォニックス

忌野清志郎

BLANKEY JET CITY

ギターウルフ