ついに宿敵を逮捕したアーチャーだが、キャスターがロサンゼルスに細菌爆弾を仕掛けていたことが判明。キャスターは激戦の負傷で植物状態、ポラックスは話をはぐらかし、爆弾の在り処を聞き出すことができない。周りの人間はキャスターを知り尽くしているアーチャーに最新医療の技術を用いた整形や移植手術でキャスターの顔を自分に移植してキャスターになりすまし、ポラックスが収監されているエアワン刑務所に入獄して兄として情報を聞き出すことを考える。アーチャーは家族はおろか局長にさえも隠し、むしろ騙したことになり、そして味方や支えとなってくれる人間が実質的にいないに等しい極秘任務をすることになることから、さらなる精神的苦痛を感じて苦慮するが、覚悟を決め、キャスターの顔に整形をし入獄した。有名なテロリストであり、獄中でも確執で敵が多かったことから、騒ぎになることがあったものの、ポラックスから情報を聞き出すことに成功する。アーチャーは成功したことでほくそ笑んだが、ある日、キャスターがアーチャーの顔で刑務所の面会にやって来た。

キャスターは麻酔切れとともに蘇生し、部下を引き連れて医者を脅し、アーチャーの顔を自分へ移植させたうえ、自分とアーチャーの整形に関係したすべての人間を抹殺してしまったのだ。彼はポラックスを釈放し、自分で仕掛けた爆弾を（アーチャーとして）自ら解除し英雄となった。自分の顔や地位、家族までも奪われた本物のアーチャー（キャスターの顔）は、キャスター（アーチャーの顔）に復讐をはたすべく脱獄を果たす。そしてアーチャー（キャスターの顔）が生き延びたことを悟ったキャスター（アーチャーの顔）もまた、迎え撃つことを考える。一方、アーチャー（キャスターの顔）はまずはキャスターのアジトに潜入する。

アーチャー（キャスターの顔）とキャスター（アーチャーの顔）は、入れ替わった先で互いの家族と交流を重ねていく。キャスター（アーチャーの顔）はアーチャーの妻と娘、アーチャー（キャスターの顔）はキャスターの愛人と息子と。お互いにお互いの関係者とかかわった彼らは、互いに本人のせいで起こっていた不和を解消していくかのように思われた。

しかしアジトはキャスター（アーチャーの顔）指揮の元、警官隊に包囲され銃撃戦となった。キャスター（アーチャーの顔）とアーチャー（キャスターの顔）の戦いの中、ポラックスが死亡。弟の死を悲しむキャスター（アーチャーの顔）は、逃げ切ったアーチャー（キャスターの顔）への怒りを募らせる。アーチャー（キャスターの顔）は自分の家に侵入し、怯える妻に自分が本物のアーチャーであることを力説する。医師でもある妻は、夫になりすましているキャスター（アーチャーの顔）の血液型がAB型で、夫のO型ではないことを知り、自分と夫しか知り得ない2人の恋のエピソードを語るアーチャー（キャスターの顔）が本物の夫であると確信した。

そして、それぞれの家族を巻き込みながらの、キャスター（アーチャーの顔）とアーチャー（キャスターの顔）の攻防戦が始まる。
キャスト

ショーン・アーチャー - ジョン・トラヴォルタ主人公。血液型はO。6年前に息子をキャスターに殺害され、捕まえることに心血を注ぐ。善良で正義感が強いが、切羽詰まった状況では粗暴な態度や語気になることも多く、気性が激しい一面もある。格闘術と身のこなしに長けている。序盤ではキャスターを倒すことに成功するが、彼の弟ポラックスが作った細菌兵器を解除するために、彼が唯一心を開いているキャスターに整形してなりすまし、収容されている刑務所に潜入する。しかし、ポラックスから情報を聞き出した矢先に本来の自分の顔をしたキャスターが現れ、自分（キャスター）の極秘任務の関係者を殺害したことを告げられる。どのように脱獄するかを考えた末に、脱獄防止のための装備を取れるのは処罰室に行く時だと聞き、わざと騒動を起こし処罰室に行く。そこで一緒にいたデュボフと暴れ、さらには囚人たちを巻き込んで、どさくさにまぎれて脱獄する。

キャスター・トロイ - ニコラス・ケイジ血液型はAB。アーチャーを殺害しようと狙撃をした際に貫通をした弾が偶然、同じ射程にいた彼の息子に当たり殺害したことから、アーチャーの恨みを買い、追われることとなる[注 1]。下品で粗野な言動や性格に反し、謀略に長け、先手を打った行動で相手の出鼻を挫くなど頭が切れる。老若男女問わず、親友さえも躊躇なく殺害する極悪人だが、弟のポラックスに対する愛情は本物であり、大きな失態をしても笑って許し、死亡した際には打ちひしがれていた。腕っぷしも強く切れのよい動きも多々あったが、アーチャーには劣るところがあった。自家用ジェットを用いて国外逃亡を企てるが、情報をつかんだアーチャー率いるFBIに先手を打たれ、カーチェイスを繰り広げる。乗っていた飛行機を破壊され、近くにあった格納庫へと突っ込んでしまい、そこでアーチャーと対戦するが、劣勢に追い込まれ、最後はジェット機の噴射を使ったアーチャーの奇策により吹き飛ばされて壁に激突して、敗北する。その後は植物状態に陥り、麻酔を打たれて仮死状態になっていたが、麻酔が切れたところで復活。自分の顔をとられたことを知ったことで当事者たちの元へ行き、自分の顔にアーチャーの顔をつけさせた後で関係者たちを殺害。そしてキャスターとして収容されているアーチャーに会いに行き、ポラックスを司法取引という名目で脱獄させ、ひとまずはアーチャーとして自由を得る。

イヴ・アーチャー - ジョアン・アレンショーンの妻。仕事にかまける夫を訝しむこともあるが、夫婦仲は良好。ベジタリアン。

サーシャ・ハスラー - ジーナ・ガーションキャスターの内縁の妻。

ポラックス・トロイ - アレッサンドロ・ニヴォラキャスターの弟。非人道的なキャスターから寵愛を受けている人物でもあり、ポラックスも兄を慕っていた。子供っぽさを残した眼鏡をかけた青年だが、兄同様の極悪人。菌兵器を作るなど優秀な頭脳を持っているが、兄とは違い謀略に長けているとはいえず、彼の考えた立案の殆どは兄に却下されることも少なくなかった[注 2]。

ディートリッヒ・ハスラー - ニック・カサヴェテスサーシャの兄でキャスターの古き知り合い。スキンヘッドが特徴。ドラッグを売りさばく犯罪者であるが、身内に対する愛想は良く、仲間想いの男性。

ジェイミー・アーチャー - ドミニク・スウェインショーンとイヴの娘。弟のマイケルを失った悲しみから不良となってしまい、素行不良や奇抜な格好などで両親を困らせていた。情緒不安定なところがある。ショーンとキャスターの最終決戦では父の危機を見たことで温情を取り戻した。