同じ原作のある作品でも『パーフェクトブルー』のように作品の根幹となる部分を変更したわけではないが、『パプリカ』も映画に合わせて原作の内容を一部変更している。『パプリカ』の場合は、原作のボリュームが大きくて映画一本に収まるものではないことと、映画化時点で原作の出版からすでに十数年が経過しており、その間に多くのクリエイターたちが『パプリカ』に触発されたアイディアを映像など色々な媒体で具現化していたため、原作をそのまま踏襲する形での映画化はできないと考えたからである[1][12][注 1]。そこで今は、原作の文章表現や内容、個々のエピソードにではなく、原作の持つ態度に忠実であることにした[12]。

原作のエピソードを忠実に映像化しようとするとTVシリーズ26本は必要になってしまう。しかし、今は原作の魅力は夢のシーンにあり、その夢の世界を映像ならではの表現でディテール豊かに描いてこそ成立すると思っていたので、TVシリーズレベルの画面のクオリティであるならば作る必要性を感じなかったことと、今に許されていたのは予算的にも時間的にも「90分以内の作品制作」だったことで、初めから映画以外に選択肢はなかった[12]。そこで、まず原作を一旦単純な形に戻し、その枠の中に原作の『パプリカ』だけでなく筒井の他の作品からも取り込めそうなアイディアを収めて行くことにした。今にとって映画『パプリカ』は単なる原作の映画化ではなく、筒井作品全てへのオマージュでもあったからである[1]。また、夢の描写は、原作を忠実に踏襲するのではなく、新たに映像に合ったイメージを考えるようにした[1][12]。小説の夢の描写は素晴らしいものの、それはやはり説明によって随時イメージを補足することができる文章表現だから成立するもので、夢が次から次へと流れて行くイメージを表す映像において、説明というのはその流れを止めることに他ならないからである[1][12]。

今は『パプリカ』では映画全体を華やかなイメージにしたいと考えていたので、他のアニメ作品のイメージも取り込めばよりイメージが厚くなるのではないかと考え、主役など中心的キャラクターには前作『東京ゴッドファーザーズ』とは対照的に声優として有名な人物を積極的に起用することにした[12]。また、夢のシーンをたっぷりと描く時間を確保するためになるべく人物の説明や描写を省こうと考えた今は、キャラクターデザインでは外見と内面の一致を心掛け、キャスティングもそのキャラクターのイメージに素直に従っている[12]。

脚本は、今のテレビシリーズ『妄想代理人』でも組んだ水上清資が共同脚本として名を連ね[13]、キャラクターデザインおよび作画監督は『もののけ姫』『千と千尋の神隠し』の安藤雅司[14]、音楽は『千年女優』と『妄想代理人』を担当した平沢進[14]、美術監督は、今の全作品に参加している池信孝が担当した[15]。

予算は約3億円で、制作期間は企画から完成までに約2年半かかった。その内訳は、脚本などのプリプロダクションに半年、絵コンテから実際の作画や撮影、音響作業、完成までが約2年である[1]。
配給

『パプリカ』の国内での配給は、前作『東京ゴッドファーザーズ』から引き続き日本のソニー・ピクチャーズ エンタテインメントが担当し、2006年11月25日から公開された[8][9]。関東圏3館でまず限定公開され、初日2日間で合計動員2,210人、興収3,460,500円を記録、公開8週間目に累計で71,236人を動員、興行収入1億円を突破した[16][17]。