小規模公開だったこともあり、『千年女優』『東京ゴッドファーザーズ』は、共に当初はリクープ（製作投資資金の回収）が出来ずに苦労した。しかし、『パプリカ』の企画の頃には今の名前は映画関係者にも知られるようになっており、評価もすでに確立していたことから、この映画の制作が実現した[8][9]。

実は最初の劇場作品『パーフェクトブルー』を撮り終えた後、今は次の作品としてその出資者だった会社のプロデューサーと一緒に『パプリカ』作ることを想定していたが、その会社レックス・エンタテインメントが倒産してしまったため、話は流れてしまった[10]。しかし、今の頭の中には1998年の時点で『パプリカ』の構想があり、監督デビュー作である『パーフェクトブルー』や第2作のオリジナル作品『千年女優』で｢幻想と現実｣｢記憶と現実｣の曖昧さや境界の揺らぎを描こうとしたのも、実は小説『パプリカ』のようなことを映像的に実践してみたかったからであった[1][10][11]。その後、原作者の筒井康隆に会って映画化の許可をもらった時には、ずっと思い描いていたことが実現したような気がしたという[10]。

同じ原作のある作品でも『パーフェクトブルー』のように作品の根幹となる部分を変更したわけではないが、『パプリカ』も映画に合わせて原作の内容を一部変更している。『パプリカ』の場合は、原作のボリュームが大きくて映画一本に収まるものではないことと、映画化時点で原作の出版からすでに十数年が経過しており、その間に多くのクリエイターたちが『パプリカ』に触発されたアイディアを映像など色々な媒体で具現化していたため、原作をそのまま踏襲する形での映画化はできないと考えたからである[1][12][注 1]。そこで今は、原作の文章表現や内容、個々のエピソードにではなく、原作の持つ態度に忠実であることにした[12]。

原作のエピソードを忠実に映像化しようとするとTVシリーズ26本は必要になってしまう。しかし、今は原作の魅力は夢のシーンにあり、その夢の世界を映像ならではの表現でディテール豊かに描いてこそ成立すると思っていたので、TVシリーズレベルの画面のクオリティであるならば作る必要性を感じなかったことと、今に許されていたのは予算的にも時間的にも「90分以内の作品制作」だったことで、初めから映画以外に選択肢はなかった[12]。そこで、まず原作を一旦単純な形に戻し、その枠の中に原作の『パプリカ』だけでなく筒井の他の作品からも取り込めそうなアイディアを収めて行くことにした。今にとって映画『パプリカ』は単なる原作の映画化ではなく、筒井作品全てへのオマージュでもあったからである[1]。