パディントンは名前を頼りにクライドを探し回り、ついに彼の家を発見する。ところが出てきたのは、なんと彼の娘であるミリセントであった。パディントンは彼女に捕まってしまい、自然史博物館へと連れていかれる。その現場を目撃したカリーはヘンリーに連絡し、事実を知ったブラウン一家はパディントンを助けるために自然史博物館に向かう。博物館に到着したミリセントは、「父がクマを捕獲して剥製にすることを拒んだために地理学者協会を追放され、そのために巻き添えになった自分は極貧生活を強いられた」と語り、パディントンを剥製にしようとする。しかし間一髪ヘンリーに助けられたパディントンは屋上に逃げてブラウン一家と合流するが、ミリセントに追いつかれてしまう。彼はハトを利用してミリセントを撃退し、和解したブラウン一家の元で再び暮らし始める。
登場人物
クマ
パディントン
声 - ベン・ウィショー、日本語吹替 - 松坂桃李[3]叔父のパストゥーゾ、叔母のルーシーと共に暗黒の地ペルーのジャングルに住んでいたクマ。地震でパストゥーゾが亡くなったことをきっかけに、ルーシーにロンドンで家族を見つけるようにと送り出される。パディントン駅でブラウン一家と出会い、メアリーに「パディントン」と名付けられる（一応名前はあったが、クマ語でしか語れず、人語にすることはできなかった）。テンションが高く行動的だが、コミカルで少々おっちょこちょい。マーマレードが好物。風呂は好きじゃない。
ルーシー叔母さん
声 - イメルダ・スタウントン、日本語吹替 - 堀越真己パディントンの叔母で夫の死と甥のロンドン行きを見届けて、自分は老齢で旅が無理なことを理由に"老クマホーム"に入る。眼鏡をかけている。
パストゥーゾ叔父さん
声 - マイケル・ガンボン、日本語吹替 - 宝亀克寿パディントンの叔父で地震の際、自宅が崩壊するのを見て絶望するかのごとく呆然としたまま立ち尽くし、絶命する。生前は基本は落ち着いていながらもすごい発見などをした際にはテンションが高くなることがあった。
ブラウン一家とその知人
ヘンリー・ブラウン
演 - ヒュー・ボネヴィル、日本語吹替 - 古田新太[4]ブラウン家の大黒柱。メアリーの夫で、ジュディとジョナサンの父。リスク管理の仕事をしている。心配性で、パディントンの真似をして階段の手すりを滑り降りようとしたジョナサンを注意したり、パディントンを「危険だ」と言って煙たがるため、ジョナサンから「石頭」と呼ばれている。バードさん曰く、昔はかなりワイルドだったらしいが子供が生まれてから変わった。パディントンを好きではないながらも、利害一致の理由で協力する。
メアリー・ブラウン
演 - サリー・ホーキンス、日本語吹替 - 斉藤由貴[4]ヘンリーの妻で、ジュディとジョナサンの母。冒険物語の挿絵画家。パディントン駅で出会った初対面のパディントンに自宅に泊まっていくよう薦める優しい性格。面倒見もいいが常識的な観点から厳しい言葉を言うこともある。娘のジュディに｢おチビちゃん」、「ココナッツちゃん」や「キャンディちゃん」などとニックネームをつけるが、ジュディからは嫌がられている。
ジュディ・ブラウン
演 - マデリン・ハリス、日本語吹替 - 三戸なつめ[4]ブラウン家の長女で、ジョナサンの姉。年頃な年齢で「キモい」が口癖で、パディントンからは「キモい病」と言われている。世間体を気にする冷めた性格でありながらも、勤勉で中国語を勉強していて、起業するのが目標。最初はパディントンのことをキモいと言って煙たがっていたが、新しい学校でパディンドンがいることで変に思われたくないのが理由で、パディンドンがアンドレを捕まえたことで人気者となり、皆から好かれるようになると本心を打ち明け謝罪をしたことで打ち解けていく。トニーというボーイフレンドがいる。
ジョナサン・ブラウン
演 - サミュエル・ジョスリン、日本語吹替 - 西田光貴ブラウン家の長男で、ジュディの弟。活発で好奇心旺盛な性格で、自室には改造したおもちゃが並んでいる。自分で改造したおもちゃが原因で怪我をして入院したことがあり、それ以来ヘンリーからは危険な遊びをしないよう言われている。とりあえずは宇宙飛行士になることを目標としている。
バード夫人
演 - ジュリー・ウォルターズ、日本語吹替 - 定岡小百合ブラウン家の親戚。住み込みの家政婦。未亡人であり亡夫は水兵だった。膝の調子があまり良くないが、膝の調子でパディントンが起こすアクシデントを予知できる。お酒好き。片づけが大好きで隙があれば掃除をしており、掃除機をコレクションしている。
カリー氏
演 - ピーター・カパルディ、日本語吹替 - 佐々木睦ブラウン家の隣人。皮肉屋で気難しい性格だが冷酷ではなくミリセントがパディントンを剥製にすると知った時には彼女を軽蔑した。偶然出会ったミリセントに魅了され、パディントンを捕らえようとする彼女に協力する。母は冷たい人物だった模様。ミリセントに見限られたことで掌を返し、ブラウン一家に情報を提供した。
サミュエル・グルーバー
演 - ジム・ブロードベント、日本語吹替 - 小山武宏骨董品屋でメアリーの友人。