Gentoo Linuxでは原則として、ソフトウェアをソースコードからコンパイルしてインストールするようになっている。そのため、最適化された効率的で高速なシステムを構築可能である。しかし、コンパイルするために多くの時間と演算処理を要する。

インストールするソフトウェア自体は公式のものかミラーサイトからダウンロードするため、Gentoo Linuxにおけるパッケージの本体部分は、インストール手順が書かれたBashスクリプトである。

Mozilla FirefoxやLibreOfficeなどはコンパイルに時間がかかるため、バイナリパッケージも用意されている。Adobe FlashやGoogle Chromeなどのプロプライエタリソフトウェアも、公式に配布されているバイナリファイルをダウンロードしてインストールすることが可能なようになっている。

Gentoo Linuxのパッケージ管理システムは当初はPortageのみであったが、現在では規格として標準化されているため、承認されたパッケージ管理システムが複数あり、そのいずれかを使用することになる。
Portage
Gentoo Linuxのデフォルトのパッケージ管理システムである。プログラミング言語にはスクリプト言語であるPythonを採用して書かれている。FreeBSDのportsに着想を得て開発された。Gentoo Linuxの他にも、FreeBSDやmacOSにも移植されている。
⇒Paludis
Gentoo Linuxから派生したディストリビューションであるExherbo Linuxのパッケージ管理システムであり、Gentoo Linuxでも使用可能になっている。プログラミング言語には主にC++が用いられている。
⇒pkgcore
Portageと互換性が高くこれに代替しうる、より効率的なパッケージ管理システムを目指してつくられた。主にPythonで書かれている。
openSUSE
YaST
rpm 形式パッケージを対象としたSuSE Linuxで開発されたツール。YaSTは単なるパッケージ管理ツールではなく、統合的なシステム管理ツールである。
ZYpp
充足可能性問題の解決に焦点を当てて開発されたパッケージ管理システム。
Slackware
pkgtool
Slackware標準のパッケージ管理ツール。APTやYumと比較して極めてシンプルなツールであり、バージョン管理は行えない。
slackpkg
Slackwareで使用できるパッケージ管理ツール。標準ではインストールされない。Slackware標準パッケージしか扱えないものの、インストールすればAPTやYumのようなバージョン管理をSlackwareで実現することができる。
sbopkg
Slackware用リポジトリ、SlackBuilds.org用のパッケージ管理ツール。上記のとおり、slackpkgではサードパーティーパッケージを扱えないため、独自に提供されている。
Arch Linux
pacman
Arch Linux向けに開発されたパッケージ管理ツール。コンパイル済みバイナリとパッケージ情報を含んだ独自の.pkg.tar.zstフォーマットを用いる。プログラミング言語はCが用いられている。
ディストリビューション非依存
nix
Debian、openSUSE、Fedora等多数のディストリビューションに対応した環境非依存型パッケージ管理ツール。既存環境の依存関係に関わりなくサードパーティー製ソフトウェアをインストールできるうえ、旧来のパッケージ管理ツールでは実現できなかった同一ソフトウェアの複数バージョン共存が実現できる。
Snap
カノニカルによる、サンドボックス技術を利用したディストリビューション非依存なパッケージ管理ツールおよびシステム。クラウドやIoTでも利用でき、複数バージョンの共存やAppArmorを使ったアクセス制限も可能。Ubuntuで標準で利用できるが他の多くのディストリビューションで利用できる。
Flatpak
GNOME発の技術で、freedesktop.orgのプロジェクトとして開発されている、サンドボックス技術を利用したディストリビューション非依存なパッケージ管理ツールおよびシステム。上記2種と同様に複数バージョンの共存が可能。Snapと違いデスクトップアプリケーション専用で、主要ディストリビューションで利用可。
FreeBSD
ports（英語版）
原則的にソースをコンパイルしてインストールするようになっている。このため、PCごとに命令レベルで最適化された、処理効率として無駄の少ない環境を構築できる。ただし、インストールに長時間かかる。バイナリで用意されたパッケージをpkg(8)によりインストールすることもできる。ソースをコンパイルしたものとバイナリでインストールしたものとは単一のデータベースで統一管理されるようになっているため、それぞれのパッケージの性格に応じてソースからのコンパイルとバイナリインストールとを選択することが可能である。詳細はFreeBSDおよびFreeBSD Ports（英語版）を参照。
NetBSD
pkgsrc
原則的にソースをコンパイルしてインストールするようになっている。このため、PCごとに最適化された、無駄の少ない環境を構築できる。ただし、インストールに長時間かかる。また、OS/CPUには依存せず、NetBSD以外にもLinuxやmacOS、Solarisなどでも使える[6]。
macOS

macOSには、MacPorts、Fink、Homebrewなどがある。
Windows
PackageManagement
Windows公式のパッケージ管理ツール。PowerShell 5.0に組み込まれており、様々なリポジトリが存在する。
Chocolatey
Windows NT向けのパッケージ管理ツール。.NET Framework向けパッケージ管理システムNuGetのパッケージインフラを利用している。
Windows Package Manager
Windows公式のパッケージ管理ツール。MicrosoftがWindows 10とWindows 11のために設計し、フリーかつオープンソースである。winget の名で知られる。
コマンドの比較

ここでは各パッケージ管理システムによるパッケージのインストール、アップデート、アンインストールといった基本コマンドの一例を比較する。

基本的なコマンド比較（OSのパッケージ管理システムのみ）ツールインストールアップデートアンインストール
APT[7][8]apt install <パッケージ名>apt upgrade [パッケージ名][注釈 2][注釈 3]apt remove <パッケージ名>