完成したシャオ産業のドローンは各拠点に輸送されるが暴走し各所で破壊活動を始める。ジェイクたちの基地に輸送された2機のドローンも攻撃を開始し、チュアン司令が戦死。基地のイェーガーもまともに応戦する暇すら与えられず、次々に大破させられる。

一方、シャオ産業にてハーマンは10年前に怪獣の脳とリンクしたことが原因でニュートンがプリカーサーの手下になっていたという衝撃の事実を知る。ニュートンはシャオ産業の開発ラインが殆ど自動化しているのをいいことに怪獣の細胞を培養するなどして組み込み、リーウェンらの知らない間に独自にプリカーサーの地球侵略計画を続けていたのだった。ドローン群はエネルギー波を放って地球各地に裂け目を作り、大量の怪獣を地球に運び込もうとするが、ニュートンの凶行を知ったリーウェンの協力によってドローンはすべて活動を停止。裂け目を閉じることに成功するも、3体の怪獣の地球への侵入を許してしまう。

シュライクソーン、ハクジャ、ライジンと名付けられた3体の怪獣は日本の富士山を目指していた。ハーマンの調べで怪獣の血液には特定のレアメタルに対して爆発的な反応を示す特徴を持っており、プリカーサーは怪獣の血液を富士山の火山帯に流し込むことで環太平洋地域の火山帯を爆発させ、地球人類を壊滅に追いやろうとしていることがわかる。

先の襲撃で正規パイロットがジェイクとネイトを除き全滅してしまったPPDC基地では追放を取り消されたアマーラたちの尽力でジプシー・アベンジャー、ブレーサー・フェニックス、セイバー・アテナ、ガーディアン・ブラーボの4体のイェーガーが戦闘可能にまで復旧。ジェイク、ネイトの操縦するジプシーとアマーラを含む訓練生が操縦する3体のイェーガーはハーマンの開発したロケットブースターを装着し、日本に向けて飛び立つ。

メガ東京に来襲した3体の怪獣の前に4体のイェーガーは着陸を果たし、戦闘を始める。当初は互角の戦いを展開する両陣営だったが、シャオ産業の日本工場よりニュートンがあらかじめ用意していた無数の小型怪獣が出現し、3体の怪獣にとりついて合体させる。凄まじい戦闘力を持つ合体怪獣の前にまず一番槍を務めたガーディアン・ブラーボが撃破され、セイバー・アテナ、ブレイザー・フェニックスも破壊されてしまい、ジプシーも攻撃を受け、パイロットのネイトが重傷を負って戦闘不能に陥る。

機体より脱出を果たしていたアマーラはネイトの代わりにジプシーに乗り込み、リーウェン社長の遠隔操作によって作動させたスクラッパーの協力で残ったロケットブースターを用いて成層圏までジプシーを上昇させ、ジプシー自体を巨大な質量弾にする最後の攻撃をジェイクと共に敢行。富士山火口に到達していた合体怪獣を見事に撃破し、人類を救うのだった。
登場人物

※括弧内は日本語吹替[5][6][7]。
ジェイク・ペントコスト
演：ジョン・ボイエガ（中村悠一）前作で戦死したペントコストの実子で、マコとは姉弟同然に育った為、姉として慕っている。十年前はイェーガーのパイロットであったが、ネイサンとの喧嘩の後、単独でもイェーガーを動かせると無断搭乗して転倒させたことで、ペントコストから軍籍を剥奪され、それ以後は復興していない街などで盗みを働くといった放蕩三昧な生活を送っていた。アマーラ共々逮捕された後、マコにイェーガーパイロットの教官になることを条件に釈放されて復隊する。ジプシー・アベンジャーのパイロットも乗り気ではなかったが、マコの死をきっかけに真のパイロットとして覚醒していく。
ネイサン・ランバート
演：スコット・イーストウッド（小野大輔）ジェイクの同期で、現在では訓練兵の教官を務めている。愛称はネイト。過去の因縁から再会した当初はジェイクに嫌味を垂れていたが、ジプシー・アベンジャーのパイロットとして共に認め合うようになる。
アマーラ・ナマーニ
演：ケイリー・スピーニー（早見沙織）本作のヒロイン。復興途中の街に住む少女で、十年前のインスレクターの襲撃で両親と兄を失い、心の底から怪獣を憎んでいる。その為にいずれ怪獣が戻った時に備え、イェーガーのスクラップをかき集め、一人でも動かす事の出来る小型イェーガー「スクラッパー」を造っていた。ジェイク共々逮捕された後は、イェーガーの知識を見込まれて訓練兵になるが、過去の記憶に苛まれてうまくドリフトできなかった。しかしジェイクの助言や激励を受けて克服し、最終決戦ではブレーサー・フェニックスのパイロットになる。
森マコ
演：菊地凛子（林原めぐみ）本作では一線を退き、事務総長として働いている。義弟であるジェイクを気にかけており、何度も釈放の手助けをしてきたが、いつまでも更生しない為、イェーガーパイロットの教官になることを条件にして復隊させる。ドローン・イェーガー採用可決の会議の為に訪れたシドニーで、オブシディアン・フューリーの攻撃を受けて死亡するも、死の間際にその謎を突き止めメッセージを送った。
ニュートン・ガイズラー
演：チャーリー・デイ（古谷徹）本作ではPPDCを退職し、シャオ産業の研究チームのトップとしてドローン・イェーガーの開発を行っている。前作で怪獣の脳とのドリフトを経験し、その後も個人的に入手した怪獣の脳を「アリス」と呼んで頻繁にドリフトを多用した結果、精神に干渉してきたプリカーサーに完全に洗脳されてしまい、密かにシャオ産業の生産ラインを利用して、怪獣用の対イェーガー兵器を開発しており、地球を窮地に追い込んでしまう。
ハーマン・ゴットリーブ博士
演：バーン・ゴーマン（三ツ矢雄二）本作でも引き続きPPDCの科学士官を務めている。怪獣が戻ることを懸念し、イェーガーが長距離からでも現場に駆け付けられるよう、怪獣の血液を燃料としたロケットブースターを考案していた。最終決戦では戦死したチュアンに代わって司令官代理を務め、自身が考案したロケットブースターをイェーガーに装備させた。
リーウェン・シャオ
演：ジン・ティエン（魏涼子）PPDCと協力関係にあるシャオ産業の女社長で、自社が開発したドローン・イェーガーを配備する為あらゆる手段を講じている。ハーマンと協力してドローン・イェーガーの暴走を止めた後は、ニュートンの裏切りを見抜けず怪獣の再来を招いてしまった罪悪感から、ジェイク達に協力するようになっていく。
ジュールス・レジェス
演：アドリア・アルホナ（坂本真綾）シャッタードームでイェーガーの整備を担当している技師。かつてジェイクとネイサンは彼女を巡って対立することとなったが、彼女自身がどちらに気があるのかは不明。
チュアン司令官
演：マックス・チャン（子安武人）モユラン・シャッタードームの司令官。ドローン・イェーガーの攻撃により死亡する。
スレシュ
演：カラン・ブラル（花江夏樹）インド人の訓練兵で最年少。父親が形成外科の為、訓練兵仲間からは「おっぱいちゃん」というあだ名を付けられている。最終決戦ではガーディアン・ブラーボに搭乗して戦うも、メガ・カイジュウとの戦闘で戦死してしまう。
ヴィクトリア
演：イヴァンナ・ザクノ（ウクライナ語版）（森なな子）ロシア出身の訓練兵で、愛称はヴィク。入隊まで何度も試験に落ちていた経緯から飛び入りで入隊したアマーラを目の敵にしていたが、アマーラが追放された時には気遣う言葉をかけ、最終決戦ではブレーサー・フェニックスのパイロットとしてチームを組むことになる。
ジナイ
演：ウェスリー・ウォン（畠中祐）中国出身の訓練兵。アマーラには当初から気さくに話しかけて打ち解けていた。無断でオブシディアン・フューリーの中に入った際、怪獣の体液で負傷するも大事には至らなかった。最終決戦ではブレーサー・フェニックスのパイロットとしてアマーラ、ヴィグトリアとチームを組んで戦う。
リョウイチ
演：新田真剣佑（新田真剣佑）日本人の訓練兵。ネイサンの来訪をいち早く察知して他の訓練生に整列を促す役目。最終決戦ではセイバー・アテナのパイロットを務める。
レナータ
演：シャーリー・ロドリゲス（春名風花）ラテン系の訓練兵で、セイバー・アテナのパイロットとしてリョウイチとチームを組む。
イリヤ
演：リーヴァイ・ミーデン（石川界人）訓練兵の一人で、最終決戦ではガーディアン・ブラーボに搭乗する。メガ・カイジュウとの戦いで重傷を負うも、一命はとりとめた。
メイリン
演：リリー・ジー（逢田梨香子）中国出身の訓練兵で、最年長者。最終決戦には負傷のため不参加。
タヒーマ
演：ラハート・アダムス（土屋神葉）マルタ出身の訓練兵。最終決戦には負傷のため不参加。
イェーガー.mw-parser-output .ambox{border:1px solid #a2a9b1;border-left:10px solid #36c;background-color:#fbfbfb;box-sizing:border-box}.mw-parser-output .ambox+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+link+style+.ambox,.mw-parser-output .ambox+link+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+style+.ambox,.mw-parser-output .ambox+.mw-empty-elt+link+link+.ambox{margin-top:-1px}html body.mediawiki .mw-parser-output .ambox.mbox-small-left{margin:4px 1em 4px 0;overflow:hidden;width:238px;border-collapse:collapse;font-size:88%;line-height:1.25em}.mw-parser-output .ambox-speedy{border-left:10px solid #b32424;background-color:#fee7e6}.mw-parser-output .ambox-delete{border-left:10px solid #b32424}.mw-parser-output .ambox-content{border-left:10px solid #f28500}.mw-parser-output .ambox-style{border-left:10px solid #fc3}.mw-parser-output .ambox-move{border-left:10px solid #9932cc}.mw-parser-output .ambox-protection{border-left:10px solid #a2a9b1}.mw-parser-output .ambox .mbox-text{border:none;padding:0.25em 0.5em;width:100%;font-size:90%}.mw-parser-output .ambox .mbox-image{border:none;padding:2px 0 2px 0.5em;text-align:center}.mw-parser-output .ambox .mbox-imageright{border:none;padding:2px 0.5em 2px 0;text-align:center}.mw-parser-output .ambox .mbox-empty-cell{border:none;padding:0;width:1px}.mw-parser-output .ambox .mbox-image-div{width:52px}html.client-js body.skin-minerva .mw-parser-output .mbox-text-span{margin-left:23px!important}@media(min-width:720px){.mw-parser-output .ambox{margin:0 10%}}

この節の加筆が望まれています。

PPDCイェーガー

機体名世代初出動全高重量機体色
ジプシー・アベンジャー第6世代2034年82m2,004t青
ブレーサー・フェニックス第5世代2025年71m2,128tベージュ
セイバー・アテナ第6世代2033年77m1,628t朱
ガーディアン・ブラーボ第6世代2033年73m1,975t赤/白
タイタン・リディーマー第6世代不明不明不明緑
ノーベンバー・エイジャックス第6世代不明不明不明青
バロー・オメガ第6世代不明不明不明黄

ジプシー・アベンジャー
パイロット：ジェイク・ペントコスト、ネイト・ランバート前作の主人公機であるジプシー・デンジャーの後継機。近接戦武器の「エルボーロケット」「チェーン・ソード」、プラズマ砲「プラズマキャスター」はVer2.0に改良されている他、新たに「グラビティ・スリング」を装備し、重量物を捕縛して敵にぶつけることが可能になった。
ブレーサー・フェニックス
パイロット：アマーラ・ナマーニ、ジナイ、ヴィク三人乗りのイェーガー。火力重視の機体で腹部に重機関砲「ボルテックス・キャノン」を備え、パイロットの一人はそのガンナーを務める。砲身は正面だけでなく、背面にも移動でき、死角をカバーする。最終決戦前には無人機との戦闘で大破喪失したタイタン・リディーマーの｢M-19 モーニングスター」を新たに装備している。
セイバー・アテナ
パイロット：レナータ、リョウイチ細身の高機動型イェーガー。イェーガー史上で最速のスピードを誇り、2本の電磁剣による近接戦闘を主にする。電磁剣は2本を組み合わせることで1本の大型剣に変形可能。
ガーディアン・ブラーボ
パイロット：スレシュ、イリヤ遠距離戦型のイェーガー。