エリザベスとウィルはジョーンズとの戦いで窮地に陥るも、駆けつけたジャックが折れた剣を、手元のジョーンズの心臓にかざしてジョーンズを脅すが、ジョーンズはウィルを突き刺す。ウィルが刺された所を見た父のビル・ターナーがジョーンズに襲い掛かった時、ジョーンズの心臓を折れた剣が突き刺す。剣を握っていたのは、ジャックに手助けされた瀕死のウィルであった。ジョーンズは大渦に落ちて行き、沈み行くフライング・ダッチマン号にウィルを残し、ジャックとエリザベスは脱出する。

フライング・ダッチマン号を呑みこむと嵐と大渦は治まるが、ベケットがエンデヴァー号を筆頭に艦隊を進撃させる。ベケットは弱ったブラックパール号を沈めて、海賊達を一気に壊滅に追い込もうとするが、その時フライング・ダッチマン号が海中から現れる。ジョーンズの心臓を刺したウィルは、ジョーンズの代わりに心臓を取り出されてフライング・ダッチマン号の船長となっていた。ブラックパール号とフライング・ダッチマン号がエンデヴァー号を挟むと、ジャックの号令を皮切りに両号の砲弾がエンデヴァー号を粉々にした。放心したベケットは爆風と共に海中に叩きつけられ、エンデヴァー号は木っ端微塵となる。残った艦隊も散り散りに逃げていきジャック達は勝利する。

その後、夕日が照らす丘で、ウィルはエリザベスに自分の心臓の入った箱を渡し、役割を果たすべく、新たに舵取り係となった父・ビルと共にフライング・ダッチマン号で海へと旅立つ。トルトゥーガ島の港では、ジャックが2人の女を伴い桟橋を歩いていた。桟橋の先で待っていたのは小船と、遠くへと去りゆくブラックパール号、そして泥酔したギブスの姿だった。奪ったブラックパール号で海上に逃れたバルボッサは、部下達に不死身になれる「生命の水」のありかを示すサオ・フェンの海図を広げるが、地図の中心部分はくり貫かれていた。ジャックは自分の海賊旗を掲げた小船の上で、くり貫いた海図を広げ生命の水を探しに出航する。

10年後、エリザベスはヘンリー・ターナーと供に水平線を見つめていた。日没とともに水平線に緑色の光が走ると、ウィルが乗るフライング・ダッチマン号が現れる。（了）
キャストキャラクターの詳細については「パイレーツ・オブ・カリビアンの登場人物」を参照

※括弧内は日本語吹き替え

ジャック・スパロウ - ジョニー・デップ（平田広明）

ウィル・ターナー - オーランド・ブルーム（平川大輔）

エリザベス・スワン - キーラ・ナイトレイ（弓場沙織）

ヘクター・バルボッサ - ジェフリー・ラッシュ（壤晴彦）

サオ・フェン - チョウ・ユンファ（磯部勉）

デイヴィ・ジョーンズ - ビル・ナイ（大塚芳忠）

ジェームズ・ノリントン - ジャック・ダヴェンポート（森田順平）

ビル・ターナー - ステラン・スカルスガルド（柴田秀勝）

カトラー・ベケット - トム・ホランダー（横島亘）

ウェザビー・スワン - ジョナサン・プライス（村松康雄）

ティア・ダルマ - ナオミ・ハリス（高乃麗）

ジョシャミー・ギブス - ケヴィン・マクナリー（青森伸）

ピンテル - リー・アレンバーグ（佐々木梅治）

ラゲッティ - マッケンジー・クルック（高宮俊介）

コットン - デヴィッド・ベイリー

マーティ - マーティン・クレッバ（うすいたかやす）

マーサー - デヴィッド・スコフィールド（佐藤祐四）

タイ・フアン - レジー・リー

マートッグ - ジャイルズ・ニュー（石井隆夫）