なお、事件の起こった12月5日はバミューダトライアングルの日とされている。詳細は「フライト19（英語版）」を参照
原因仮説

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上記捏造説が一般化するまでは様々な説が唱えられたことがあり、現在においても当時の説が繰り返し出版報道されている。それらの主なものは以下のとおりである。
天候急変説

海上竜巻やハリケーン説で、周辺海上では年間500個の海上竜巻が観測されている。[1]
磁力異常説

磁力の異常により、重力が歪められたとする説[1]。
ブラックホール説

バミューダ海域には宇宙で見られるようなブラックホールが密かに存在し異世界と通じていて、それに飲み込まれてしまうと戻れなくなるのだろうという説。確かに残骸が残ることはないだろうが、そもそも周囲の海水はおろか大気すらも際限なく吸い込まれてしまうと考えられるため、少なくとも現代の科学で証明できるような証拠は存在していない。
宇宙人説

宇宙人がUFOを使い、航空機や船舶そのものや乗客・乗員をさらったという説もUFOブームが起きた1940年代後半以降一時盛んに取り沙汰されていたが、これを証明するような証拠が何もない上に、もし本当に宇宙人やUFOが実存していたとしても、なぜこの場所を選んでさらう必要があるのか証明されていないばかりか、さらわれたはずの航空機の残骸と搭乗員の遺体が発見されるなど、辻褄が合わないことがほとんどである。オーストラリアのムービー・ワールド（ワーナー・ブラザース）のアトラクションで再現されている。
メタンハイドレート説

リチャード・マッカイバー博士が唱えた説。バミューダ海域には世界でも最大級の暖流が流れ込んでおり、その水温の変化でメタンガスを放出しやすいメタンハイドレートがなんらかの影響をおよぼしたとするもの。

同様の仮説は、オーストラリアのメルボルンにあるモナシュ大学ジョセフ・モナガン教授と学生デヴィッド・メイによっても、2003年9月にアメリカの物理学雑誌[9] に発表された。

船舶の沈没 - 海底に存在するメタンハイドレートが気化してメタンの泡が大量かつ瞬時に発生し、水より密度の低い泡の塊に船が巻き込まれると浮力を失い沈没する。あるいは海中でメタンの爆発が起き、発生した大きな穴に海水と共に船舶が落ち込んでしまうとする説。

航空機の墜落 - エンジンがメタンを吸い込み酸欠によって不完全燃焼を起こし、出力低下から揚力を失い墜落する。この現象はエンジンがレシプロ、タービンどちらでも説明可能であり、レーダーやコンパスの異常も、爆発によって電磁波が生じるためだと主張された。

航空機や船舶の残骸が発見されない理由 - 海底の土壌に含まれるメタンガスの放出により舞い上がった土砂が、放出が止んだ後で残骸の上に降り積もり覆い隠してしまうため。あるいは、残骸が強い海流によって事故現場から流されてしまうため、現場を捜索しても発見できない。

実際には航空機や船舶の残骸が発見されているほか、メタンハイドレートが発生したことと遭難の因果関係を証明できる事案は1件も確認されていないとの反論がある。
マイクロバースト説

冷気の塊が海面に落下し、バースト（破裂）したように強風を引き起こす現象という説。これは従来のレーダーに捉えられず、短期間で収まるため、消滅事件の原因として注目された。ただし、マイクロバーストは低空でしか発生しないため、高空を飛行する飛行機で事故が発生する理由としては可能性が低い。

フライト19事件で、テイラー中尉が陥っていたとする説。教官であるテイラーに他の訓練生たちが従ったため、全機行方不明となったとする[1]。
その他

2006年3月16日にフジテレビ系で放送された『奇跡体験!アンビリバボー』内において、「電子雲」なるものが原因ではないかとされる考察が特集されていた。この説はワームホールができることによって、この近辺を飛行する航空機、航行する船舶が「タイムスリップ」することが、残骸を残さず行方不明になる事故を起こしていると考えるものである。なお、電子雲は原子核の「周辺を回っている」としばしば形容される電子が、量子論的には確率的にぼんやりと存在するものであることを比喩的に表現したミクロの世界の用語であり、水蒸気から細かい水滴が発生することで見える通常の雲のようにふわふわとその辺りに浮かんでいるといったようなものではない。

近世以降探検家たちに恐れられた粘りつく海、サルガッソ海は、この海域にあり、海難事故がそれによって起こると考えられる（詳細はサルガッソ海参照のこと）。

30年ほど前に消えた旅客機と戦闘機がまったく同じ状態で中の人間のみがミイラ化、または白骨化した状態で見つかったという奇談もあり、日本のバラエティ番組などで真実であるかのように語られている。