かつてトーマスが社長を務めていたウェイン産業は、後任のアールによって方針を転換され、軍需産業への注力や株式公開が行われていた。7年ぶりにゴッサムに帰郷したブルースは、自身も株式を持つウェイン産業に入社し、元役員でトーマスの理解者であったが、現在は応用科学部に左遷されているルーシャス・フォックスの開発したボディーアーマーや特殊装甲車タンブラーなどの試作品を活用し、アルフレッドの協力も得て犯罪と戦う装備を整える。影の同盟での教訓も取り入れ、コウモリを恐怖のモチーフとしたバットマンとしてウェイン邸の地下洞窟を拠点に犯罪者との戦いを始める。またアルフレッドの提案で、活動中の不在や怪我を怪しまれないために普段は型破りなプレイボーイを演じる事になり、再会したレイチェルからは誤解され距離を取られてしまう。
バットマンはゴッサムでは数少ない実直な警官であるジム・ゴードン巡査部長に協力を求め、ファルコーニの麻薬密輸の現場を急襲して手下共々ファルコーニを拘束する。ファルコーニの手下に狙われていたレイチェルも助け、ファルコーニに買収されている判事への圧力となる写真を渡す。ファルコーニは警察に逮捕されたが、拘置所で精神異常を装い、癒着している精神科医、ジョナサン・クレインを呼び出させる。クレインも裏で麻薬取引に関わっており、ファルコーニもその雇い主を恐れていたが収監された事で報復の恐れが無くなったファルコーニはクレインを強請るとクレインから幻覚剤を吹きかけられて正気を失ってしまい、ナローズ島にあるアーカム精神病院に収容される。
麻薬の情報を掴んだバットマンがナローズ島に向かうと、証拠隠滅に訪れたクレインと遭遇。バットマンはクレインの幻覚剤で窮地に陥るが、アルフレッドに助けられ、解毒剤もフォックスにより開発される。アーカムを訪れたレイチェルはファルコーニの症状を怪しんで血液検査を行おうとするがクレインに囚われてしまう。バットマンはレイチェルを助け出すも警察に包囲されるが、ゴードンの助けを得て重症のレイチェルをタンブラーに乗せて追跡から逃れ、用意された解毒剤でレイチェルも助かる。
レイチェルをアルフレッドに託し、屋敷で行われていた自身の誕生パーティーに遅れて登場したブルースの前にラーズ・アル・グールを名乗る男とデュカードが現れる。デュカードこそが本物のラーズ・アル・グールであり、クレインを使って毒薬を水道に流した上でウェイン産業から強奪した軍用のマイクロ波放射器を用いて毒を街中に拡散させ、ゴッサムを市民ごと滅ぼす計画を準備していた。
デュカードは再度ブルースに帰属を求めるもブルースは拒否する。屋敷には火が放たれ、ゴッサムの不況自体が同盟の手によって引き起こされていた事を知らされたブルースはデュカードに挑むが、燃え落ちた木材の下敷きになってしまう。デュカードが立ち去った後にブルースはアルフレッドに助けられ、地下の基地に逃れる。
デュカードらはアーカム精神病院に収容されている犯罪者達を解き放ち、放射器をナローズ島で作動させて一帯をパニックに陥れる。クレインも怪人スケアクロウの本性を現す。ナローズに到着したバットマンはゴードンにタンブラーを託すとレイチェルを暴徒から救出。これが別れになるかもしれないとレイチェルから名前を尋ねられたバットマンは以前レイチェルから聞かされた話をする事で自らの正体をレイチェルに知らせる[8]。
デュカードはゴッサム全体を壊滅すべく放射器をモノレールに載せて中心部に向けて移動する。追い付いたバットマンは車内でデュカードと格闘し、隙を突いて彼を組み伏せる。バットマンは止めこそ刺さなかったがデュカードを残したままモノレールから飛び去り、ゴードンが操るタンブラーの砲撃でレールが倒壊したモノレールは地面に落下してデュカードも死亡し、放射器は破壊されて危機は去った。
マイクロ波放射器強奪の揉み消しを図っていたアールは公開株を買い集めてウェイン産業のオーナーとなったブルースに解任され、フォックスが新社長に就任した。ブルースの許を訪れたレイチェルは過去の発言を謝り、ずっとブルースを想っていたが今のブルースはバットマンであり、ゴッサムがバットマンを必要としなくなる日を待つ事を告げる。
ゴードンは警部補に昇進し、警察署にはバットマンを呼ぶ投光器が設置された。ゴードンはバットマンの活躍を認めつつも抗争の激化を危惧し、ジョーカーのカードを残す犯罪者が現れた事をバットマンに告げる。そしてバットマンがその犯罪者を調査をするためにその場から飛び去ったところで物語は幕を閉じる。 役名俳優日本語吹替
キャスト
劇場公開版日本テレビ版フジテレビ版
ブルース・ウェイン / バットマンクリスチャン・ベール檀臣幸東地宏樹高橋広樹
ヘンリー・デュカード / ラーズ・アル・グールリーアム・ニーソン佐々木勝彦津嘉山正種若本規夫
レイチェル・ドーズ
アルフレッド・ペニーワースマイケル・ケイン小川真司中村正岩崎ひろし