ゴッサム・シティの富豪、トーマス・ウェインの息子ブルース・ウェインは、幼少期に幼馴染のレイチェル・ドーズと遊んでいた時に庭の古井戸に落ち、コウモリの群れに襲われる。以来コウモリに怯える様になり、両親と観劇していたオペラでコウモリ姿の役者を怖がって退場したところ、路地で強盗に襲われて両親は射殺されてしまう。孤児となったブルースは執事のアルフレッドに育てられていた。

ウェイン夫妻殺害の犯人ジョー・チルは逮捕されて服役していたが、14年後、マフィアのボス、カーマイン・ファルコーニの犯罪を証言する事で仮釈放が認められた。ブルースはチルに復讐すべく銃を隠して待ち伏せていたが、ブルースの眼前でチルはファルコーニの手下に射殺される。地方検事の補佐となっていたレイチェルはチルの殺害を正当化するブルースを咎め、不況の街に犯罪を溢れさせるファルコーニこそが元凶だと説く。ブルースはファルコーニと対峙するが、司法と癒着する犯罪者の前に自分は無力である事を思い知らされる。

ブルースは世界を巡り、敢えて犯罪者と共に行動して犯罪者の心理を理解しようとしていた。アジア[6]で収監されていた時にラーズ・アル・グールの代理人を名乗るデュカードから忍者集団影の同盟（League of Shadows）に誘われ、悪と戦う術を雪山[7]で学ぶ。コウモリへの恐怖も克服したブルースは同盟の一員として認められたが、仕上げとして命じられた殺人犯の処刑を断り、また同盟の目的が腐敗したゴッサムの破壊である事を知って決別し、館に火を放って脱出する。ラーズは崩れてきた瓦礫によって死亡したが、デュカードはブルースが辛うじて助け出した。

かつてトーマスが社長を務めていたウェイン産業は、後任のアールによって方針を転換され、軍需産業への注力や株式公開が行われていた。7年ぶりにゴッサムに帰郷したブルースは、自身も株式を持つウェイン産業に入社し、元役員でトーマスの理解者であったが、現在は応用科学部に左遷されているルーシャス・フォックスの開発したボディーアーマーや特殊装甲車タンブラーなどの試作品を活用し、アルフレッドの協力も得て犯罪と戦う装備を整える。影の同盟での教訓も取り入れ、コウモリを恐怖のモチーフとしたバットマンとしてウェイン邸の地下洞窟を拠点に犯罪者との戦いを始める。またアルフレッドの提案で、活動中の不在や怪我を怪しまれないために普段は型破りなプレイボーイを演じる事になり、再会したレイチェルからは誤解され距離を取られてしまう。

バットマンはゴッサムでは数少ない実直な警官であるジム・ゴードン巡査部長に協力を求め、ファルコーニの麻薬密輸の現場を急襲して手下共々ファルコーニを拘束する。ファルコーニの手下に狙われていたレイチェルも助け、ファルコーニに買収されている判事への圧力となる写真を渡す。ファルコーニは警察に逮捕されたが、拘置所で精神異常を装い、癒着している精神科医、ジョナサン・クレインを呼び出させる。クレインも裏で麻薬取引に関わっており、ファルコーニもその雇い主を恐れていたが収監された事で報復の恐れが無くなったファルコーニはクレインを強請るとクレインから幻覚剤を吹きかけられて正気を失ってしまい、ナローズ島にあるアーカム精神病院に収容される。

麻薬の情報を掴んだバットマンがナローズ島に向かうと、証拠隠滅に訪れたクレインと遭遇。バットマンはクレインの幻覚剤で窮地に陥るが、アルフレッドに助けられ、解毒剤もフォックスにより開発される。アーカムを訪れたレイチェルはファルコーニの症状を怪しんで血液検査を行おうとするがクレインに囚われてしまう。バットマンはレイチェルを助け出すも警察に包囲されるが、ゴードンの助けを得て重症のレイチェルをタンブラーに乗せて追跡から逃れ、用意された解毒剤でレイチェルも助かる。

レイチェルをアルフレッドに託し、屋敷で行われていた自身の誕生パーティーに遅れて登場したブルースの前にラーズ・アル・グールを名乗る男とデュカードが現れる。デュカードこそが本物のラーズ・アル・グールであり、クレインを使って毒薬を水道に流した上でウェイン産業から強奪した軍用のマイクロ波放射器を用いて毒を街中に拡散させ、ゴッサムを市民ごと滅ぼす計画を準備していた。

デュカードは再度ブルースに帰属を求めるもブルースは拒否する。屋敷には火が放たれ、ゴッサムの不況自体が同盟の手によって引き起こされていた事を知らされたブルースはデュカードに挑むが、燃え落ちた木材の下敷きになってしまう。デュカードが立ち去った後にブルースはアルフレッドに助けられ、地下の基地に逃れる。

デュカードらはアーカム精神病院に収容されている犯罪者達を解き放ち、放射器をナローズ島で作動させて一帯をパニックに陥れる。クレインも怪人スケアクロウの本性を現す。ナローズに到着したバットマンはゴードンにタンブラーを託すとレイチェルを暴徒から救出。これが別れになるかもしれないとレイチェルから名前を尋ねられたバットマンは以前レイチェルから聞かされた話をする事で自らの正体をレイチェルに知らせる[8]。

デュカードはゴッサム全体を壊滅すべく放射器をモノレールに載せて中心部に向けて移動する。追い付いたバットマンは車内でデュカードと格闘し、隙を突いて彼を組み伏せる。バットマンは止めこそ刺さなかったがデュカードを残したままモノレールから飛び去り、ゴードンが操るタンブラーの砲撃でレールが倒壊したモノレールは地面に落下してデュカードも死亡し、放射器は破壊されて危機は去った。

マイクロ波放射器強奪の揉み消しを図っていたアールは公開株を買い集めてウェイン産業のオーナーとなったブルースに解任され、フォックスが新社長に就任した。ブルースの許を訪れたレイチェルは過去の発言を謝り、ずっとブルースを想っていたが今のブルースはバットマンであり、ゴッサムがバットマンを必要としなくなる日を待つ事を告げる。

ゴードンは警部補に昇進し、警察署にはバットマンを呼ぶ投光器が設置された。ゴードンはバットマンの活躍を認めつつも抗争の激化を危惧し、ジョーカーのカードを残す犯罪者が現れた事をバットマンに告げる。そしてバットマンがその犯罪者を調査をするためにその場から飛び去ったところで物語は幕を閉じる。
キャスト

役名俳優日本語吹替
劇場公開版日本テレビ版フジテレビ版
ブルース・ウェイン / バットマンクリスチャン・ベール檀臣幸東地宏樹高橋広樹
ヘンリー・デュカード / ラーズ・アル・グールリーアム・ニーソン佐々木勝彦津嘉山正種若本規夫
レイチェル・ドーズ（英語版）ケイティ・ホームズ小島幸子高橋理恵子木下紗華
アルフレッド・ペニーワースマイケル・ケイン小川真司中村正岩崎ひろし
ジェームズ・“ジム”・ゴードンゲイリー・オールドマン納谷六朗山路和弘大塚芳忠
ルーシャス・フォックスモーガン・フリーマン池田勝坂口芳貞阪脩
ジョナサン・クレイン / スケアクロウキリアン・マーフィー遊佐浩二関俊彦内田夕夜
ラーズ・アル・グール（影武者）渡辺謙大川透緒方文興てらそままさき
カーマイン・ファルコーニ（英語版）トム・ウィルキンソン稲葉実石田太郎楠見尚己
リチャード・アールルトガー・ハウアー石田太郎小川真司
アーノルド・フラス刑事マーク・ブーン・ジュニア遠藤純一塩屋浩三北川勝博
ギリアン・B・ローブ市警本部長コリン・マクファーレン石住昭彦秋元羊介
フィンチ検事長ラリー・ホールデン松本大井上倫宏
フェイデン判事ジェラルド・マーフィー牛山茂梁田清之
トーマス・ウェインライナス・ローチ斉藤次郎てらそままさき
マーサ・ウェインサラ・スチュワート西宏子
ブルース・ウェイン（幼少期）ガス・ルイス村上想太矢島晶子中山依里子
レイチェル・ドーズ（幼少期）エマ・ロックハート最上莉奈菊地ゆうみ
ジョー・チルリチャード・ブレイク小形満木村雅史
ジョージ・フレデリックスジョン・ノーラン牛山茂秋元羊介
ミスター・ザーズ/ビクターザーズティモシー・ジョン・ブース